Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6KAD	9956	2023-05-17	2019-06-21	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105342	9734	94	0	560	0	0	logfile
✘	7ZQC	14870	2023-05-17	2022-04-29	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	82030	4165	39	0	351	621	31531	logfile
✘	7L02	23094	2023-05-17	2020-12-10	3.2	3.91	—	3.7	0.015	1.55	4.0	0.10	11.97	0.01	2.370	1.29	0.70	3.3	96.7	0.0	-0.25	0.80	0.74	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44110	3776	23	0	69	0	13841	logfile
✘	6GiQ	0004	2023-05-17	2018-05-15	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44120	5439	42	0	57	0	0	logfile
✘	7Z15	14441	2023-05-17	2022-02-24	1.93	2.40	1.98	2.3	0.012	1.01	9.0	0.06	15.49	0.01	1.723	3.87	0.83	1.6	98.4	0.0	1.32	0.83	0.86	6.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46112	2888	32	0	16	1171	22357	logfile
✘	7PKS	13479	2023-05-17	2021-08-26	3.6	4.27	3.31	2.8	0.004	0.78	0.0	0.05	14.44	0.01	1.638	5.38	0.00	4.0	95.9	0.0	-0.87	0.76	0.62	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	101147	13139	41	74	118	0	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2023-05-17	2018-03-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✘	7QXX	14205	2023-05-17	2022-01-27	4.4	4.95	—	4.7	0.009	1.22	5.0	0.06	11.93	0.01	1.006	17.58	1.25	9.8	89.8	0.4	-4.44	0.82	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	100121	12891	53	0	12	0	0	logfile
✘	7RKH	24497	2023-05-17	2021-07-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.45	—	—	3.48	2.9	0.003	0.53	0.0	0.04	16.56	0.00	1.842	4.99	0.97	2.9	97.1	0.0	0.90	—	0.59	0.79	3.31	35352	2236	8	0	16	0	17564	logfile
✘	7JMC	22391	2023-05-17	2020-07-31	2.5	2.76	2.68	2.7	0.010	1.29	0.0	0.06	13.90	0.01	2.249	2.77	0.57	1.6	98.4	0.0	3.40	0.62	0.82	4.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39828	2304	36	0	144	168	18576	logfile
✘	7VD5	31905	2023-05-17	2021-09-06	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	100884	9450	143	0	670	52	0	logfile
✘	6UT7	20868	2023-05-17	2019-10-29	4.26	4.38	4.21	4.3	0.005	0.84	0.0	0.06	14.74	0.01	2.117	5.40	0.44	5.8	94.2	0.0	-5.22	0.74	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45062	5522	26	4	20	0	0	logfile
✘	7CZL	30511	2023-05-17	2020-09-09	3.78	4.08	—	3.9	0.012	1.23	2.0	0.06	16.46	0.02	1.261	28.26	1.63	8.5	91.4	0.1	-4.41	0.73	0.77	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40859	4304	55	0	146	0	0	logfile
✘	7EY6	31321	2023-05-17	2021-05-30	4.3	4.22	—	4.2	0.009	1.56	60.0	0.11	18.03	0.01	2.089	20.79	16.41	6.0	93.8	0.2	-0.70	0.53	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44028	5628	12	0	0	0	0	logfile
✘	5A0Q	2981	2023-05-17	2015-04-22	3.5	3.34	—	3.3	0.019	2.22	14.0	0.11	15.42	0.02	0.702	33.75	1.99	4.5	95.1	0.4	-3.18	0.60	0.61	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43448	5582	34	0	6	0	0	logfile
✘	6PPE	20434	2023-05-17	2019-07-06	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.78	—	—	4.24	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	14.59	0.00	1.924	5.42	0.00	2.3	97.7	0.0	1.70	—	0.77	0.86	3.68	43736	2814	42	0	0	14	21896	logfile
✘	7WTo	32793	2023-05-17	2022-02-05	3.5	3.41	—	3.3	0.005	0.84	0.0	0.04	15.98	0.01	2.105	6.35	0.05	7.9	92.0	0.1	-2.03	0.85	0.84	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44490	2383	17	1200	1	0	0	logfile
✘	7XU5	33459	2023-05-17	2022-05-18	3.1	3.44	2.94	3.2	0.008	0.76	0.0	0.05	13.78	0.00	2.104	2.92	0.00	3.9	96.1	0.0	-1.17	0.84	0.82	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44292	2814	12	0	45	0	21549	logfile
✘	5GoA	9529	2023-05-17	2016-07-26	4.2	4.52	—	4.2	0.022	1.86	60.0	0.12	12.40	0.01	1.505	7.29	1.03	8.5	90.9	0.7	-4.96	0.81	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105072	13692	8	0	4	0	0	logfile
✘	7S4K	24829	2023-05-17	2021-09-09	2.36	2.82	—	2.6	0.009	1.05	3.0	0.05	18.91	0.00	1.448	13.70	3.29	5.4	94.4	0.2	0.71	0.74	0.82	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22589	2577	27	0	63	110	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →