Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8iTU	35328	2023-05-12	2023-03-23	3.68	3.82	3.61	3.7	0.004	0.58	0.0	0.05	13.18	0.00	2.203	9.40	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.09	0.72	0.74	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30144	3803	27	0	44	0	0	logfile
✘	8HRB	34966	2023-05-16	2022-12-15	3.78	3.89	3.82	3.8	0.002	0.48	0.0	0.04	14.55	0.00	2.187	8.99	0.02	4.4	95.6	0.0	-0.91	0.78	0.79	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96352	11778	28	102	8	0	0	logfile
✘	8HK1	34841	2023-05-12	2022-11-24	2.7	2.81	2.75	2.9	0.005	0.89	3.0	0.13	16.22	0.01	1.262	10.95	5.96	3.6	96.3	0.1	-2.81	0.56	0.61	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30236	4205	24	148	5	0	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-05-03	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	8HGo	34744	2023-05-04	2022-11-15	3.31	2.35	3.32	2.2	0.004	0.71	0.0	0.05	7.94	0.01	2.284	4.45	0.00	8.0	91.8	0.2	-3.74	0.71	0.68	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9227	1178	6	0	8	0	0	logfile
✘	8HG6	34736	2023-05-03	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	0	60	0	0	logfile
✘	8HG5	34735	2023-05-03	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	8HG3	34733	2023-05-03	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	8HCB	34658	2023-05-16	2022-11-01	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35187	4449	24	0	54	0	0	logfile
✘	8HCA	34657	2023-05-16	2022-11-01	4.35	3.96	4.32	3.6	0.003	0.60	0.0	0.05	13.62	0.00	2.250	5.79	0.44	4.6	95.4	0.0	-0.50	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35187	4449	24	0	54	0	0	logfile
✘	8H0X	34417	2023-05-10	2022-09-30	2.57	2.80	2.62	2.7	0.008	0.93	0.0	0.06	12.74	0.01	2.257	1.76	1.11	3.3	96.7	0.0	-0.82	0.81	0.86	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25122	3117	6	0	48	0	0	logfile
✘	8H01	34408	2023-05-12	2022-09-27	3.7	4.17	3.57	3.7	0.004	0.57	0.0	0.05	13.16	0.00	2.203	9.28	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.08	0.85	0.84	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30144	3803	27	0	44	0	0	logfile
✘	8H00	34407	2023-05-12	2022-09-27	3.41	3.86	3.29	3.6	0.005	0.61	0.0	0.05	13.23	0.00	2.184	7.71	0.00	3.6	96.4	0.1	-0.21	0.84	0.86	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30181	3803	27	0	45	0	0	logfile
✘	8GWN	34317	2023-05-09	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	0	logfile
✘	8GWA	34307	2023-05-15	2022-09-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37660	4006	27	0	160	0	0	logfile
✘	8GVC	34290	2023-05-03	2022-09-14	2.89	3.10	2.90	3.2	0.002	0.48	0.0	0.04	14.66	0.00	1.670	13.40	1.14	2.0	97.8	0.2	2.06	0.64	0.82	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8080	1022	4	0	2	0	0	logfile
✘	8GNJ	34166	2023-05-03	2022-08-24	3.78	3.60	3.67	3.6	0.012	1.34	0.0	0.07	15.38	0.01	1.811	12.03	0.00	4.6	95.4	0.0	-3.73	0.66	0.81	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5832	746	4	0	1	0	0	logfile
✘	8G99	29862	2023-05-12	2023-02-21	2.8	3.52	2.71	3.0	0.003	0.47	0.0	0.04	16.85	0.00	2.205	2.32	0.00	3.1	96.9	0.0	0.58	0.86	0.86	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30205	1875	5	0	3	0	15109	logfile
✘	8G6X	29787	2023-05-15	2023-02-16	2.31	1.96	2.20	2.0	0.011	0.99	0.0	0.06	15.24	0.03	1.474	7.58	5.85	4.1	95.8	0.2	-2.02	0.68	0.83	5.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93873	3177	72	3037	252	3462	0	logfile
✘	8FWJ	29506	2023-05-15	2023-01-22	2.7	2.88	—	3.0	0.003	0.72	0.0	0.04	14.77	0.01	1.976	31.45	3.45	2.7	97.3	0.0	0.43	0.59	0.69	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60204	7644	48	0	48	48	24	logfile

• Page 1 of 55
• next →