Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6KAD	9956	2023-05-17	2019-06-21	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105342	9734	94	0	560	0	0	logfile
✘	6KAC	9955	2023-05-12	2019-06-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77947	7858	126	0	318	595	0	logfile
✘	6K7M	9941	2023-05-04	2019-06-07	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10591	1307	5	0	9	0	0	logfile
✘	6K15	9905	2023-05-09	2019-05-09	3.4	3.68	—	3.6	0.005	0.96	0.0	0.05	10.23	0.01	1.639	5.00	0.33	8.6	91.3	0.1	-4.21	0.74	0.78	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21486	2655	14	0	1	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-05-09	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	6JV2	9889	2023-05-04	2019-04-15	4.4	5.59	—	4.4	0.011	1.30	1.0	0.06	16.74	0.01	2.116	19.38	1.92	13.3	86.5	0.3	-4.61	0.83	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111080	14564	16	0	24	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2023-05-05	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	6JRS	9880	2023-05-04	2019-04-05	3.7	3.86	—	3.7	0.010	1.08	0.0	0.06	16.39	0.01	2.225	8.77	0.90	12.4	87.2	0.3	-5.87	0.74	0.80	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112168	14652	20	0	24	0	0	logfile
✘	6JRR	9879	2023-05-03	2019-04-05	3.9	4.09	—	3.9	0.010	1.14	4.0	0.06	15.90	0.01	1.827	8.44	0.80	10.2	89.5	0.2	-5.20	0.76	0.81	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109132	14268	12	0	16	0	0	logfile
✘	6JPU	9871	2023-05-13	2019-03-28	4.27	5.69	—	6.0	0.007	1.03	0.0	0.06	17.27	0.01	1.984	70.08	9.58	9.8	90.1	0.2	-3.97	0.80	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30378	3462	6	0	0	0	2610	logfile
✘	6JPB	9869	2023-05-09	2019-03-26	2.9	3.09	—	3.1	0.015	1.48	3.0	0.12	13.70	0.01	1.739	21.16	4.38	8.5	91.1	0.4	-4.25	0.61	0.77	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21989	2694	14	0	35	0	0	logfile
✘	6JPA	9868	2023-05-09	2019-03-26	2.6	2.76	—	2.8	0.013	1.51	3.0	0.12	17.16	0.01	1.921	38.35	11.40	8.8	89.5	1.7	-3.83	0.54	0.61	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22232	2694	14	0	42	0	0	logfile
✘	6JP8	9867	2023-05-09	2019-03-26	2.7	2.51	—	2.6	0.013	1.48	8.0	0.12	14.01	0.01	1.877	25.96	6.07	7.2	92.3	0.5	-4.05	0.38	0.52	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21801	2694	14	0	29	0	0	logfile
✘	6JP5	9866	2023-05-09	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.54	4.0	0.13	14.11	0.01	1.921	28.83	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	6Jo6	9854	2023-05-17	2019-03-20	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45099	3899	36	0	285	0	0	logfile
✘	6JiY	9837	2023-05-05	2019-02-24	3.9	4.05	—	3.9	0.008	1.06	1.0	0.05	15.49	0.01	2.203	7.76	0.47	12.2	87.5	0.2	-5.76	0.73	0.78	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115288	15056	20	0	32	0	0	logfile
✘	6JiU	9836	2023-05-04	2019-02-23	4.2	4.52	—	4.2	0.006	1.01	9.0	0.05	15.68	0.01	2.218	10.69	0.51	10.3	89.5	0.2	-5.44	0.78	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112212	14684	20	0	24	0	0	logfile
✘	6Jii	9834	2023-05-05	2019-02-21	4.2	4.38	—	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	11.41	0.01	2.208	7.63	0.57	11.2	88.4	0.4	-4.07	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115028	15012	16	0	16	0	0	logfile
✘	6Ji8	9833	2023-05-05	2019-02-20	3.6	3.80	—	3.7	0.010	1.26	8.0	0.06	11.98	0.01	2.196	8.60	1.03	10.5	89.0	0.5	-4.77	0.73	0.77	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115060	15024	16	0	4	0	0	logfile
✘	6Ji0	9831	2023-05-04	2019-02-19	4.2	4.40	—	4.2	0.007	1.15	0.0	0.06	11.77	0.01	2.204	7.43	0.86	12.9	86.9	0.3	-4.44	0.73	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109772	14332	12	0	16	0	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →