Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5GL0	9520	2023-05-04	2016-07-07	4.2	4.40	—	4.2	0.018	1.72	17.0	0.10	11.34	0.01	1.957	21.25	0.51	6.5	90.6	2.9	-2.58	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GKZ	9519	2023-05-04	2016-07-07	4.0	4.10	—	4.0	0.019	1.71	36.0	0.11	11.29	0.01	1.755	15.04	0.51	6.5	91.2	2.3	-2.89	0.72	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GKY	9518	2023-05-04	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GJW	9515	2023-05-09	2016-07-02	3.9	4.02	—	4.0	0.012	1.51	20.0	0.08	11.56	0.01	1.844	12.82	1.50	12.8	85.5	1.7	-5.28	0.55	0.80	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21561	2676	14	0	29	0	0	logfile
✘	5GJV	9513	2023-05-09	2016-07-02	3.6	3.69	—	3.7	0.013	1.62	32.0	0.08	14.85	0.01	1.695	18.01	4.57	11.6	86.4	2.0	-5.08	0.54	0.79	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21904	2661	14	0	43	0	0	logfile
✘	5GJR	9512	2023-05-16	2016-07-01	3.5	3.65	—	3.5	0.013	1.53	38.0	0.08	16.77	0.01	1.114	63.72	11.56	13.2	81.8	5.0	-4.66	0.71	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142753	19945	76	0	12	0	0	logfile
✘	5GJQ	9511	2023-05-16	2016-07-01	4.35	4.02	—	3.8	0.016	1.83	29.0	0.09	16.70	0.01	1.073	47.82	10.02	11.3	84.5	4.2	-4.17	0.79	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98461	13520	54	0	6	0	0	logfile
✘	5BK4	9400	2023-05-05	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.24	0.0	0.06	14.44	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	0	logfile
✘	6MZU	9307	2023-05-13	2018-11-05	3.4	3.56	—	3.5	0.006	0.72	0.0	0.05	8.11	0.01	2.309	6.63	0.03	2.5	97.5	0.0	-4.73	0.78	0.85	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2023-05-09	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	10.62	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6MiX	9132	2023-05-16	2018-09-20	3.6	4.57	—	14.0	0.007	1.19	0.0	0.07	16.40	0.01	2.212	9.79	2.30	14.6	85.0	0.4	-5.69	-0.03	0.00	0.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43120	5348	4	0	0	0	0	logfile
✘	6Mi8	9126	2023-05-03	2018-09-19	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7139	911	6	0	2	0	0	logfile
✘	6MHZ	9124	2023-05-03	2018-09-18	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7112	908	6	0	2	0	0	logfile
✘	6E88	9004	2023-05-16	2018-07-27	4.8	4.77	—	4.7	0.003	0.75	0.0	0.05	11.59	0.01	2.258	7.24	0.27	4.5	95.5	0.0	-4.16	0.72	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40908	5160	24	6	6	0	0	logfile
✘	6DZV	8940	2023-05-03	2018-07-05	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6121	765	5	0	4	0	0	logfile
✘	6DVW	8919	2023-05-09	2018-06-25	4.3	4.35	—	4.3	0.008	1.19	0.0	0.06	11.88	0.01	1.840	5.62	0.87	15.9	83.7	0.4	-5.79	0.68	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.90	—	—	—	—	21004	2576	4	0	0	0	0	logfile
✘	5WP6	8871	2023-05-12	2017-08-03	3.8	4.03	—	3.8	0.062	4.81	0.0	0.06	10.88	0.01	2.083	3.10	0.30	6.7	93.3	0.0	-3.61	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29036	3908	8	0	8	0	0	logfile
✘	5WEL	8820	2023-05-11	2017-07-10	4.4	4.52	—	4.4	0.006	0.98	0.0	0.64	9.59	0.01	2.206	6.86	0.61	6.5	93.4	0.1	-4.07	0.69	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27638	3484	8	0	6	0	0	logfile
✘	5WC3	8795	2023-05-06	2017-06-29	3.5	3.53	—	3.5	0.015	1.18	0.0	0.06	9.37	0.01	1.925	12.86	0.00	8.0	90.5	1.5	-5.20	0.79	0.76	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65880	4170	30	0	0	0	33390	logfile
✘	5W9o	8790	2023-05-14	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.013	1.66	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	7.98	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →