Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6SWC	10322	2023-05-09	2019-09-20	3.3	4.36	3.31	3.3	0.015	0.97	0.0	0.05	16.16	0.04	1.823	9.66	0.13	13.4	86.6	0.0	-5.19	0.83	0.72	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	48	1593	41	42	0	logfile
✘	6SW9	10320	2023-05-09	2019-09-20	4.2	5.88	4.46	3.0	0.016	1.26	0.0	0.06	18.23	0.04	1.769	31.76	0.80	19.0	80.8	0.2	-5.60	0.85	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	47	1593	41	42	0	logfile
✘	7L20	23121	2023-05-04	2020-12-15	3.15	3.39	—	3.4	0.007	0.87	0.0	0.05	16.21	0.01	0.505	10.97	0.84	7.3	92.2	0.5	-3.38	0.69	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110234	9454	67	1583	171	0	0	logfile
✘	3J7Y	2762	2023-05-15	2014-08-26	3.4	3.45	—	3.4	0.008	1.34	31.0	0.10	19.93	0.01	1.708	8.61	8.93	7.9	89.9	2.2	-1.78	0.72	0.83	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94121	7469	56	1530	208	0	0	logfile
✘	7PD3	13329	2023-05-03	2021-08-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108076	9276	76	1522	125	0	0	logfile
✘	4CE4	2490	2023-05-06	2013-11-08	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✘	7oF0	12865	2023-05-16	2021-05-04	2.2	3.01	2.23	2.8	0.005	0.59	0.0	0.04	14.90	0.00	1.851	7.32	0.08	2.7	97.3	0.0	1.19	0.86	0.87	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99476	8446	62	1432	64	0	0	logfile
✘	8C95	16502	2023-05-16	2023-01-21	4.92	6.10	5.53	4.8	0.002	0.42	0.0	0.03	14.45	0.00	1.886	8.94	0.09	5.1	94.9	0.0	0.20	0.84	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40172	1460	16	1339	0	0	0	logfile
✘	7WTo	32793	2023-05-17	2022-02-05	3.5	3.41	—	3.3	0.005	0.84	0.0	0.04	15.98	0.01	2.105	6.35	0.05	7.9	92.0	0.1	-2.03	0.85	0.84	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44490	2383	17	1200	1	0	0	logfile
✘	5ooM	3843	2023-05-14	2017-08-08	3.03	5.11	3.03	4.9	0.016	1.29	1.0	0.07	14.23	0.01	1.296	6.33	0.94	5.4	94.5	0.1	-3.55	0.77	0.61	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	90739	8105	61	1148	80	0	0	logfile
✘	7QiX	14002	2023-05-13	2021-12-16	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	83517	2911	42	1110	81	570	35777	logfile
✘	7oi7	12920	2023-05-14	2021-05-11	3.5	3.35	—	3.3	0.006	0.95	1.0	0.05	15.05	0.01	2.041	6.91	0.10	4.3	95.7	0.0	-1.48	0.73	0.75	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89747	8101	60	1110	52	0	0	logfile
✘	8CSR	26968	2023-05-09	2022-05-13	2.54	2.48	2.56	2.6	0.004	0.65	0.0	0.38	14.52	0.01	1.910	2.68	0.00	1.7	98.3	0.0	1.19	0.72	0.78	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69868	6354	42	854	43	46	0	logfile
✘	7R72	24290	2023-05-16	2021-06-24	3.07	3.12	3.04	3.1	0.003	0.53	0.0	0.04	13.98	0.00	2.007	6.67	0.41	3.7	96.3	0.0	0.87	0.73	0.84	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39443	3040	25	700	1	0	0	logfile
✘	5ZWM	6972	2023-05-04	2018-05-16	3.4	3.37	—	3.3	0.007	1.15	10.0	0.06	12.54	0.01	1.786	18.95	0.72	5.9	93.5	0.6	-3.22	0.51	0.43	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111041	12858	61	634	8	0	0	logfile
✘	6Y5D	10694	2023-05-12	2020-02-25	4.1	5.00	—	4.0	0.013	1.23	0.0	0.07	25.87	0.01	2.251	1.31	0.11	2.0	97.9	0.1	0.59	0.86	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30372	2218	31	612	11	0	0	logfile
✘	6N7R	0361	2023-05-15	2018-11-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	19	568	91	0	0	logfile
✘	7DCo	30637	2023-05-10	2020-10-26	2.5	2.59	—	2.6	0.010	1.11	8.0	0.08	13.06	0.01	2.079	5.90	1.87	4.4	95.1	0.5	-3.91	0.53	0.65	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	129875	15294	91	556	24	1714	0	logfile
✘	6J6G	0686	2023-05-12	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.09	14.14	0.01	1.903	15.53	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	6J6Q	0692	2023-05-12	2019-01-15	3.7	3.85	—	3.7	0.008	0.99	0.0	0.09	14.74	0.01	1.463	18.21	2.93	4.9	94.2	0.9	-3.65	0.62	0.66	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80535	9167	50	549	15	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →