Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6KAC	9955	2023-05-12	2019-06-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77947	7858	126	0	318	595	0	logfile
✘	8EQM	28539	2023-05-16	2022-10-08	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42502	4678	74	0	132	590	0	logfile
✘	7QiX	14002	2023-05-13	2021-12-16	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	83517	2911	42	1110	81	570	35777	logfile
✘	6ZKB	11243	2023-05-16	2020-06-30	2.9	3.24	—	3.2	0.008	0.99	0.0	0.16	12.41	0.01	2.219	5.13	0.05	3.4	96.5	0.0	-3.03	0.67	0.86	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39924	4703	72	0	25	446	0	logfile
✘	4UY8	2773	2023-05-15	2014-08-29	3.8	4.07	—	4.1	0.010	1.50	8.0	0.07	15.49	0.01	0.879	12.34	11.16	16.3	76.9	6.8	-5.04	0.53	0.64	0.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92995	3468	47	3049	144	439	8	logfile
✘	7VBL	31881	2023-05-16	2021-08-31	2.6	2.63	—	2.6	0.009	1.08	7.0	0.06	16.48	0.01	1.707	12.57	0.98	3.8	96.0	0.2	-0.18	0.72	0.88	4.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40142	4727	63	0	28	431	0	logfile
✘	7VYS	32214	2023-05-16	2021-11-15	2.5	2.59	—	2.6	0.008	0.85	0.0	0.04	18.82	0.01	1.328	6.47	0.97	3.5	96.4	0.1	1.73	0.76	0.91	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40113	4727	64	0	27	425	0	logfile
✘	7VC0	31887	2023-05-16	2021-09-01	2.6	2.60	—	2.6	0.008	0.88	0.0	0.04	16.03	0.01	2.024	8.05	0.05	3.3	96.6	0.1	1.52	0.74	0.89	4.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40048	4727	69	0	26	424	0	logfile
✘	7QHM	13976	2023-05-16	2021-12-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94633	5886	67	0	88	416	45103	logfile
✘	7UT7	26757	2023-05-07	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	7UT6	26756	2023-05-07	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	6PUY	20484	2023-05-05	2019-07-18	2.8	3.15	2.88	3.1	0.015	0.90	0.0	0.06	19.66	0.01	0.000	4.36	0.19	3.0	97.0	0.0	-3.07	0.75	0.90	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11784	1232	28	72	10	404	0	logfile
✘	7F4V	31455	2023-05-07	2021-06-21	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67641	6336	78	0	453	402	0	logfile
✘	7UK4	26574	2023-05-06	2022-03-31	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14487	1856	6	0	2	390	0	logfile
✘	7ZL1	14774	2023-05-11	2022-04-13	2.5	2.06	2.45	2.4	0.007	0.88	0.0	0.06	14.64	0.01	2.033	2.59	0.65	5.7	93.3	1.0	-0.02	0.73	0.86	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27257	1720	24	0	8	379	13574	logfile
✘	7oY8	13110	2023-05-09	2021-06-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	0	68	372	0	logfile
✘	7VBP	31884	2023-05-16	2021-09-01	2.8	2.85	—	2.8	0.007	0.88	0.0	0.04	15.55	0.01	1.741	9.47	0.32	4.3	95.7	0.1	1.21	0.75	0.89	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39022	4652	61	0	21	349	0	logfile
✘	7FiX	31605	2023-05-11	2021-08-01	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73929	7137	96	0	444	348	0	logfile
✘	7VWL	32155	2023-05-16	2021-11-11	2.7	2.79	—	2.8	0.007	0.88	2.0	0.05	15.56	0.01	2.079	12.06	0.20	4.0	95.9	0.1	1.41	0.74	0.87	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39049	4652	62	0	22	345	0	logfile
✘	7VZ8	32222	2023-05-15	2021-11-15	2.7	2.77	—	2.7	0.006	0.81	0.0	0.04	18.09	0.01	2.199	7.97	1.35	3.8	96.1	0.1	1.51	0.76	0.91	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39019	4648	64	0	21	345	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →