Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6FKH	4271	2023-05-16	2018-01-24	4.2	4.29	4.16	4.2	0.015	1.45	28.0	0.09	11.91	0.01	0.343	62.34	0.15	3.9	96.0	0.1	-0.16	0.63	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39231	5201	31	0	10	0	0	logfile
✘	6J6G	0686	2023-05-12	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.09	14.14	0.01	1.903	15.53	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	6VQB	21347	2023-05-15	2020-02-04	3.6	3.97	—	3.9	0.010	0.89	0.0	0.06	10.80	0.00	2.221	1.58	0.05	2.6	97.2	0.2	0.25	0.69	0.75	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36113	4578	17	0	1	0	0	logfile
✘	7JMC	22391	2023-05-17	2020-07-31	2.5	2.76	2.68	2.7	0.010	1.29	0.0	0.06	13.90	0.01	2.249	2.77	0.57	1.6	98.4	0.0	3.40	0.62	0.82	4.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39828	2304	36	0	144	168	18576	logfile
✘	7K0Y	22618	2023-05-16	2020-09-06	3.7	3.80	—	3.7	0.009	1.18	2.0	0.06	17.54	0.01	1.890	6.94	1.27	14.9	84.6	0.5	-5.42	0.74	0.76	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39835	4814	7	74	0	0	0	logfile
✘	8E6Z	27931	2023-05-16	2022-08-23	4.1	4.60	4.10	4.0	0.010	1.19	5.0	0.07	15.55	0.01	1.038	16.64	4.31	8.8	90.6	0.6	-4.36	0.74	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39505	3358	10	97	3	0	11239	logfile
✘	6HD7	0202	2023-05-15	2018-08-17	3.4	3.54	—	3.3	0.002	0.43	0.0	0.03	14.93	0.00	0.345	24.96	0.08	11.1	87.1	1.9	-3.26	0.66	0.65	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141153	7514	52	3767	234	0	0	logfile
✘	8E6X	27930	2023-05-16	2022-08-23	4.27	4.49	4.25	3.9	0.010	1.19	6.0	0.07	15.40	0.01	1.038	16.48	4.27	8.7	90.7	0.6	-4.35	0.74	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39532	3361	10	97	3	0	11239	logfile
✘	7EWR	31363	2023-05-15	2021-05-26	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25779	2516	6	0	0	0	6804	logfile
✘	6DZV	8940	2023-05-03	2018-07-05	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6121	765	5	0	4	0	0	logfile
✘	7TU5	26126	2023-05-15	2022-02-02	2.1	1.97	2.06	1.8	0.009	0.85	6.0	0.06	15.88	0.01	1.910	4.33	1.54	1.4	98.6	0.0	0.64	0.84	0.82	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19656	2574	18	0	6	6	0	logfile
✘	7K1B	22623	2023-05-12	2020-09-07	4.3	4.45	—	4.3	0.005	1.05	0.0	0.06	17.37	0.01	2.268	7.67	0.55	12.2	87.5	0.3	-4.94	0.79	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29321	3589	4	48	0	0	0	logfile
✘	6N7R	0361	2023-05-15	2018-11-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	19	568	91	0	0	logfile
✘	6V22	21025	2023-05-15	2019-11-22	3.2	3.50	—	3.4	0.014	1.41	0.0	0.06	17.77	0.02	2.257	5.84	0.21	4.3	95.7	0.0	-3.73	0.73	0.86	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	4380	16	0	100	0	0	logfile
✘	7QV7	14169	2023-05-16	2022-01-19	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41236	5276	32	0	58	0	0	logfile
✘	6oQU	20170	2023-05-15	2019-04-29	3.2	3.50	—	3.3	0.009	0.93	2.0	0.05	14.95	0.00	1.718	4.70	2.92	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.75	0.86	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36971	4851	28	0	12	0	0	logfile
✘	6RWN	10043	2023-05-07	2019-06-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18346	2076	26	86	16	8	0	logfile
✘	5GL0	9520	2023-05-04	2016-07-07	4.2	4.40	—	4.2	0.018	1.72	17.0	0.10	11.34	0.01	1.957	21.25	0.51	6.5	90.6	2.9	-2.58	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	3J8H	2807	2023-05-04	2014-10-26	3.8	3.95	—	3.8	0.006	1.31	4.0	0.05	10.89	0.01	1.488	33.49	2.47	5.3	92.8	1.9	-2.06	0.65	0.64	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111160	12796	12	0	2276	0	0	logfile
✘	6PLR	20373	2023-05-06	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14685	1735	15	0	75	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →