cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	7Eo4	31226	2023-05-03	2021-04-21	2.86	2.93	—	2.9	0.019	1.00	0.0	0.17	14.00	0.01	2.220	2.30	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.38	0.60	0.71	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8302	1059	6	0	1	0	logfile
✘	7F3T	31440	2023-05-03	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	logfile
✘	8DW2	27749	2023-05-04	2022-07-30	4.11	4.56	4.33	4.3	0.003	0.81	0.0	0.05	17.02	0.01	2.127	18.20	0.48	6.2	93.7	0.1	-0.94	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9364	1223	7	0	3	0	logfile
✘	6WHG	21672	2023-05-07	2020-04-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17116	2092	8	0	12	0	logfile
✘	7W77	32341	2023-05-05	2021-12-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12051	1424	7	0	30	0	logfile
✘	6VVZ	21408	2023-05-12	2020-02-18	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29860	3508	12	127	4	0	logfile
✘	6WHR	21673	2023-05-09	2020-04-08	3.99	4.51	—	4.3	0.015	1.23	0.0	0.07	14.89	0.01	1.968	30.82	2.94	21.2	78.0	0.8	-5.90	0.69	0.73	1.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23370	3166	10	0	14	0	logfile
✘	6YBP	10770	2023-05-15	2020-03-17	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36410	4702	24	0	12	0	logfile
✘	8DCX	27330	2023-05-04	2022-06-17	2.8	3.32	3.33	3.4	0.003	0.58	0.0	0.04	14.71	0.00	2.195	13.47	0.00	5.4	94.6	0.1	-0.04	0.48	0.60	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9627	1166	2	0	0	0	logfile
✘	6WHT	21675	2023-05-08	2020-04-08	4.39	5.00	—	4.6	0.006	0.85	0.0	0.05	12.85	0.01	1.983	23.64	0.63	17.3	82.3	0.3	-5.16	0.65	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20532	3082	10	0	8	0	logfile
✘	6V3H	21037	2023-05-04	2019-11-25	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9926	1232	8	0	21	0	logfile
✘	7XR6	33408	2023-05-04	2022-05-09	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10199	1272	6	0	39	0	logfile
✘	7oY2	13108	2023-05-03	2021-06-23	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7166	858	7	0	7	24	logfile
✘	7EW0	31343	2023-05-05	2021-05-24	3.42	4.10	—	4.1	0.003	0.63	0.0	0.04	14.13	0.00	2.087	6.86	0.71	2.9	97.1	0.0	-1.47	0.59	0.76	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8987	1142	6	0	1	0	logfile
✘	6oo4	20145	2023-05-08	2019-04-22	3.3	3.45	3.23	3.5	0.013	1.10	0.0	0.06	9.30	0.01	1.858	2.96	0.00	3.4	96.6	0.0	-2.86	0.47	0.64	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18452	2440	8	0	4	0	logfile
✘	8C8Q	16491	2023-05-06	2023-01-20	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14787	1798	17	0	37	0	logfile
✘	8DNC	27563	2023-05-05	2022-07-11	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1300	6	0	5	0	logfile
✘	7XK2	33241	2023-05-04	2022-04-19	3.1	3.31	3.13	3.3	0.006	1.03	0.0	0.06	16.71	0.01	2.251	6.29	0.32	6.7	93.3	0.0	-2.41	0.64	0.76	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8791	1128	6	0	1	0	logfile
✘	7K4B	22663	2023-05-09	2020-09-15	3.1	3.39	—	3.4	0.013	1.53	0.0	0.07	16.51	0.01	2.287	4.75	0.95	8.9	91.0	0.1	-6.09	0.56	0.82	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21118	2428	8	0	62	0	logfile
✘	8FE1	29019	2023-05-06	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	logfile