Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7oWG	13097	2023-10-05	2021-06-18	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	114114	7078	8	0	110	0	57040	logfile
✘	7ZG7	14705	2023-10-18	2022-04-02	1.77	1.79	1.79	1.8	0.004	0.74	0.0	0.04	14.44	0.01	1.952	3.06	0.00	1.8	98.2	0.0	3.49	0.77	0.86	9.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39086	4128	72	0	382	2680	0	logfile
✘	5oJQ	3566	2023-10-04	2017-07-22	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113346	14364	54	0	0	0	0	logfile
✘	7SY3	25515	2023-10-13	2021-11-24	2.95	3.95	—	3.2	0.005	0.82	0.0	0.06	13.42	0.01	2.278	2.67	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.06	0.84	0.82	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27001	3321	26	0	62	0	0	logfile
✘	8GY3	34369	2023-10-05	2022-09-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10320	1326	6	0	7	0	0	logfile
✘	7CQ7	30438	2023-10-06	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.33	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	7DX4	30895	2023-10-04	2021-01-18	3.6	3.96	—	3.8	0.007	1.00	0.0	0.06	9.71	0.01	0.766	7.28	0.23	6.0	93.7	0.3	-4.20	0.71	0.79	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8234	1027	6	0	5	0	0	logfile
✘	8F6C	28879	2023-10-09	2022-11-16	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19344	2396	12	0	12	0	0	logfile
✘	8GF5	29978	2023-10-09	2023-03-07	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19127	2515	9	0	3	0	0	logfile
✘	5ZGB	6929	2023-10-17	2018-03-08	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35011	3102	31	0	215	0	0	logfile
✘	7o7Q	12753	2023-10-19	2021-04-13	3.6	4.18	—	4.0	0.010	1.54	10.0	0.08	14.43	0.01	1.769	11.99	0.63	14.5	84.1	1.4	-4.14	0.83	0.76	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40530	5126	16	0	40	0	0	logfile
✘	7UNL	26626	2023-10-05	2022-04-11	2.45	3.35	2.50	3.1	0.003	0.56	0.0	0.04	14.66	0.00	2.143	2.41	1.94	1.1	98.9	0.0	2.30	0.72	0.83	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11724	734	6	0	8	120	5900	logfile
✘	8H0X	34417	2023-10-12	2022-09-30	2.57	2.80	2.62	2.7	0.008	0.93	0.0	0.06	12.74	0.01	2.257	1.76	1.11	3.3	96.7	0.0	-0.82	0.81	0.86	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25122	3117	6	0	48	0	0	logfile
✘	7WSF	32756	2023-10-06	2022-01-29	2.87	3.08	—	3.1	0.003	0.44	0.0	0.04	11.23	0.00	2.016	6.14	3.87	2.7	97.3	0.0	-0.12	0.72	0.81	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7170	879	3	0	1	0	0	logfile
✘	7LUM	23522	2023-10-06	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.15	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile
✘	6TRD	10559	2023-10-12	2019-12-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74991	6849	84	0	402	51	0	logfile
✘	8G1F	29669	2023-10-16	2023-02-02	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32911	4148	12	0	22	253	0	logfile
✘	7TQU	26072	2023-10-10	2022-01-27	3.8	3.89	3.57	3.8	0.021	1.81	0.0	0.10	9.74	0.01	2.375	0.92	0.00	2.1	97.9	0.0	0.71	0.38	0.84	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20891	2544	17	0	217	0	0	logfile
✘	7KUX	23040	2023-10-17	2020-11-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35803	3259	40	0	215	45	0	logfile
✘	6TRC	10558	2023-10-12	2019-12-18	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 58
• next →