Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6o58	0625	2023-05-08	2019-03-01	3.8	4.03	—	3.8	0.005	1.07	0.0	0.06	11.59	0.01	2.271	4.13	0.31	4.5	95.5	0.0	-3.97	0.64	0.76	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20554	2512	18	0	2	0	0	logfile
✘	6CRQ	7568	2023-05-08	2018-03-19	4.2	3.69	4.20	4.1	0.015	1.50	1.0	0.09	11.52	0.01	1.839	7.27	1.06	2.3	97.7	0.0	1.77	0.68	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20271	2391	54	0	105	0	0	logfile
✘	6Zoo	11326	2023-05-15	2020-07-07	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38497	3341	33	0	243	2	0	logfile
✘	6YEF	10791	2023-05-15	2020-03-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141837	5351	60	4639	288	0	0	logfile
✘	5ADY	3133	2023-05-16	2015-08-25	4.5	4.75	—	4.5	0.011	1.28	0.0	0.06	18.75	0.01	1.391	57.89	0.21	11.7	81.7	6.7	-3.35	0.72	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97364	4197	35	3020	2	0	0	logfile
✘	6JPU	9871	2023-05-13	2019-03-28	4.27	5.69	—	6.0	0.007	1.03	0.0	0.06	17.27	0.01	1.984	70.08	9.58	9.8	90.1	0.2	-3.97	0.80	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30378	3462	6	0	0	0	2610	logfile
✘	5XNL	6741	2023-05-16	2017-05-23	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98986	9364	136	0	490	1076	0	logfile
✘	6L7o	0849	2023-05-14	2019-11-02	3.2	3.37	—	3.5	0.008	1.35	0.0	2.04	19.93	0.01	1.354	12.19	0.00	5.3	94.7	0.0	-2.60	0.57	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35037	4120	34	0	83	0	0	logfile
✘	7BLZ	12228	2023-05-09	2021-01-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55800	2817	41	0	206	249	21916	logfile
✘	7DX4	30895	2023-05-04	2021-01-18	3.6	3.96	—	3.8	0.007	1.00	0.0	0.06	9.71	0.01	0.766	7.28	0.23	6.0	93.7	0.3	-4.20	0.71	0.79	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8234	1027	6	0	5	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2023-05-04	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	9.71	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2023-05-06	2022-08-05	4.18	4.67	4.33	4.4	0.019	1.34	0.0	0.06	17.92	0.03	2.222	7.46	0.35	8.5	91.5	0.0	-3.94	0.84	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	7QTi	14141	2023-05-16	2022-01-14	3.04	3.98	—	3.7	0.004	0.71	1.0	0.05	13.45	0.01	2.151	8.80	0.91	5.5	94.2	0.3	-0.44	0.72	0.68	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40094	5061	31	0	64	0	0	logfile
✘	7RWA	24712	2023-05-07	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7RH5	24455	2023-05-15	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93342	6072	44	0	66	0	44380	logfile
✘	7TLB	25986	2023-05-09	2022-01-18	3.06	3.26	—	3.2	0.012	1.74	1.0	0.09	13.14	0.01	2.531	0.11	0.82	5.3	94.7	0.1	-1.00	0.54	0.56	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22806	2916	3	0	0	0	0	logfile
✘	7KE9	22835	2023-05-09	2020-10-10	3.08	3.62	—	3.5	0.013	1.74	0.0	0.09	12.23	0.01	2.491	0.11	0.04	5.8	94.0	0.2	-0.81	0.80	0.80	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22365	2875	18	0	59	0	0	logfile
✘	7LN4	23448	2023-05-14	2021-02-06	3.0	3.91	3.03	3.5	0.009	0.65	0.0	0.04	12.72	0.01	2.019	7.53	0.03	2.1	97.9	0.0	1.49	0.80	0.71	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35094	4432	13	0	42	0	0	logfile
✘	7LWJ	23547	2023-05-10	2021-03-01	3.24	3.45	—	3.3	0.014	1.83	2.0	0.10	13.55	0.01	2.482	0.34	0.84	7.0	92.8	0.2	-1.78	0.70	0.68	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23840	3003	6	0	30	0	0	logfile
✘	5W9o	8790	2023-05-14	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.013	1.66	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	7.98	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →