Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6R0W	4699	2023-05-16	2019-03-13	3.6	3.72	—	3.6	0.015	1.26	0.0	0.07	10.44	0.01	2.125	5.21	0.65	8.2	91.8	0.1	-3.98	0.87	0.87	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40181	5846	28	0	3	0	0	logfile
✘	6QUM	4640	2023-05-17	2019-02-27	3.25	3.47	—	3.4	0.007	1.10	0.0	0.06	10.75	0.01	2.095	4.88	0.82	6.7	93.2	0.0	-3.78	0.83	0.87	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44900	5874	27	0	3	0	0	logfile
✘	3JA8	6338	2023-05-12	2015-05-09	3.8	3.83	—	3.8	0.014	1.57	0.0	0.06	10.98	0.01	1.749	29.23	0.37	7.9	91.0	1.1	-4.26	0.68	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29838	3786	12	0	6	0	0	logfile
✘	7TT3	26109	2023-05-08	2022-01-31	4.3	4.47	—	4.4	0.006	0.99	0.0	0.05	10.46	0.01	2.059	4.09	0.00	1.1	98.9	0.0	1.09	0.73	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20524	1338	6	0	0	0	10060	logfile
✘	6WTi	21897	2023-05-04	2020-05-02	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	7ZC5	14620	2023-05-15	2022-03-25	3.0	2.69	—	2.6	0.007	0.85	0.0	1.48	15.51	0.01	2.216	5.43	1.96	3.0	97.0	0.0	-0.62	0.89	0.87	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36692	4645	24	0	23	0	0	logfile
✘	5T4D	8354	2023-05-06	2016-08-29	3.0	3.12	2.96	3.1	0.010	0.81	0.0	0.05	8.91	0.00	2.120	12.34	0.26	4.4	95.6	0.0	-2.69	0.75	0.79	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14876	1852	8	0	12	0	0	logfile
✘	6WHA	21669	2023-05-03	2020-04-07	3.36	3.16	—	3.4	0.012	1.20	2.0	0.08	13.68	0.01	2.284	6.97	2.99	4.1	95.9	0.0	-0.19	0.78	0.85	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7888	1074	6	0	1	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2023-05-05	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	5GAQ	8015	2023-05-08	2016-01-05	3.1	3.36	—	3.2	0.006	1.02	0.0	0.08	11.97	0.00	2.289	1.94	0.80	7.3	92.7	0.0	-3.69	0.56	0.50	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20574	2592	9	0	0	0	0	logfile
✘	6R0Z	4702	2023-05-16	2019-03-13	3.8	3.83	—	3.8	0.007	0.97	1.0	0.06	9.78	0.01	2.152	4.34	0.19	6.2	93.8	0.0	-3.88	0.85	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40184	5847	27	0	3	0	0	logfile
✘	6R10	4703	2023-05-15	2019-03-13	4.3	4.31	—	4.2	0.007	0.96	0.0	0.06	9.71	0.01	2.155	5.28	0.11	7.6	92.4	0.0	-3.74	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38522	5842	28	0	3	0	0	logfile
✘	7o3E	12705	2023-05-17	2021-04-01	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44039	5417	45	0	34	0	0	logfile
✘	6FSZ	4301	2023-05-15	2018-02-20	4.6	4.95	—	4.7	0.010	1.25	0.0	0.06	10.87	0.01	2.147	13.08	0.26	7.3	92.7	0.0	-3.42	0.88	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36972	4821	15	23	11	0	0	logfile
✘	7A5R	11648	2023-05-04	2020-08-21	3.7	3.90	3.68	3.8	0.004	0.81	0.0	0.05	13.99	0.01	2.218	3.92	0.67	7.6	92.3	0.2	-1.97	0.73	0.78	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10608	1358	8	0	4	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2023-05-08	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6RAK	4778	2023-05-04	2019-04-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10180	1280	5	0	4	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2023-05-04	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	8A5E	15166	2023-05-06	2022-06-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13611	1769	8	0	19	0	0	logfile
✘	6RAJ	4777	2023-05-04	2019-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10198	1282	5	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →