Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UMM	20820	2023-10-11	2019-10-09	3.7	6.74	4.15	4.0	0.006	0.79	0.0	0.04	13.23	0.00	2.203	11.97	0.17	4.8	95.2	0.0	-2.07	0.55	0.56	-0.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23658	3184	10	0	0	0	0	logfile
✘	7SGZ	25121	2023-10-10	2021-10-07	3.17	3.52	—	3.5	0.002	0.53	0.0	0.04	15.13	0.00	2.128	7.19	0.04	5.5	94.5	0.0	0.10	0.68	0.74	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21055	2558	15	23	10	0	0	logfile
✘	7ZDB	14640	2023-10-04	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8803	1122	4	0	6	0	0	logfile
✘	8BDR	15984	2023-10-17	2022-10-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36256	2173	8	43	3	0	17940	logfile
✘	8DGJ	27427	2023-10-06	2022-06-23	4.02	4.32	4.05	4.1	0.007	1.24	2.0	0.06	14.25	0.01	2.213	11.07	0.13	7.4	92.3	0.3	-2.71	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13574	1689	2	0	0	0	0	logfile
✘	7W59	32317	2023-10-16	2021-11-29	3.6	3.96	—	3.6	0.013	1.67	139.0	0.11	14.72	0.01	1.346	16.10	3.80	5.6	93.7	0.7	-2.96	0.66	0.63	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92315	12086	56	416	18	0	0	logfile
✘	7W5A	32319	2023-10-17	2021-11-29	3.6	3.89	—	3.6	0.012	1.64	129.0	0.11	14.83	0.01	1.346	18.76	3.67	6.0	93.3	0.8	-2.96	0.66	0.62	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96822	12633	61	416	19	0	0	logfile
✘	7W5B	32321	2023-10-02	2021-11-29	4.3	4.80	—	4.3	0.012	1.56	60.0	0.10	14.18	0.01	1.346	16.34	2.51	5.8	93.5	0.7	-3.06	0.65	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106538	14610	62	416	19	0	0	logfile
✘	8SL0	40570	2023-10-02	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	7JMH	22394	2023-10-08	2020-07-31	4.5	5.68	—	4.4	0.005	1.02	0.0	0.05	10.48	0.01	1.373	9.43	0.46	11.7	88.2	0.1	-4.60	0.56	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	7oTo	13063	2023-10-05	2021-06-10	3.4	2.27	—	1.3	0.013	1.84	0.0	0.11	15.17	0.01	1.799	3.86	0.00	1.5	98.5	0.0	2.59	0.76	0.74	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10333	1313	4	0	4	0	0	logfile
✘	6o90	0660	2023-10-14	2019-03-12	3.49	3.96	—	3.5	0.007	1.04	0.0	0.05	15.53	0.01	2.125	5.34	0.46	13.8	85.9	0.3	-4.68	0.86	0.82	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138532	5232	53	4547	4	0	0	logfile
✘	7ZAH	14580	2023-10-10	2022-03-22	2.7	3.02	2.71	2.8	0.017	0.83	0.0	0.05	14.11	0.06	1.407	3.78	1.24	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.88	0.92	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69366	4289	58	1596	70	379	0	logfile
✘	5N8N	3600	2023-10-10	2017-02-23	3.28	3.38	—	3.4	0.019	1.34	0.0	0.12	11.08	0.01	1.755	21.54	0.81	4.4	95.6	0.0	-2.91	0.40	0.82	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70035	8895	30	0	0	0	0	logfile
✘	6L31	0816	2023-10-10	2019-10-07	4.18	4.92	—	4.8	0.007	1.26	7.0	0.07	16.23	0.01	1.738	16.77	2.27	11.7	88.0	0.3	-4.45	0.38	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20905	2670	6	0	0	0	0	logfile
✘	6RDZ	4836	2023-10-02	2019-04-12	3.5	3.36	—	3.4	0.009	0.96	1.0	0.06	14.94	0.01	1.846	6.04	0.43	5.4	94.4	0.2	-4.22	0.69	0.82	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	7A6H	11673	2023-10-19	2020-08-25	3.3	4.27	3.33	3.2	0.010	1.04	0.0	0.06	10.13	0.01	1.851	3.94	0.27	5.2	94.7	0.1	-3.66	0.89	0.83	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40216	5057	23	0	9	0	0	logfile
✘	6ZZX	11588	2023-10-04	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	6WUB	21909	2023-10-16	2020-05-04	3.2	2.63	—	2.9	0.009	0.97	0.0	0.05	16.48	0.01	2.029	6.59	18.19	13.4	86.2	0.4	-4.06	0.71	0.84	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33949	1253	12	1121	0	0	0	logfile
✘	7TFJ	25874	2023-10-10	2022-01-06	3.3	3.54	—	3.5	0.003	0.62	0.0	0.04	14.87	0.00	2.088	7.61	0.09	2.8	97.2	0.0	0.19	0.76	0.81	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20607	2486	15	42	9	0	0	logfile

• Page 1 of 58
• next →