Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7A92	11682	2023-05-04	2020-09-01	4.2	4.58	4.29	4.2	0.007	0.84	0.0	0.06	14.53	0.01	2.222	3.92	1.19	5.2	94.7	0.1	-2.44	0.77	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10040	1231	5	0	10	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2023-05-03	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	11.75	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	8C95	16502	2023-05-16	2023-01-21	4.92	6.10	5.53	4.8	0.002	0.42	0.0	0.03	14.45	0.00	1.886	8.94	0.09	5.1	94.9	0.0	0.20	0.84	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40172	1460	16	1339	0	0	0	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-05-04	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	0	9	4	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2023-05-04	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	0	logfile
✘	8HG6	34736	2023-05-03	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	0	60	0	0	logfile
✘	8HG5	34735	2023-05-03	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	7Y8A	33683	2023-05-02	2022-06-23	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53404	4518	49	0	502	0	0	logfile
✘	8G99	29862	2023-05-12	2023-02-21	2.8	3.52	2.71	3.0	0.003	0.47	0.0	0.04	16.85	0.00	2.205	2.32	0.00	3.1	96.9	0.0	0.58	0.86	0.86	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30205	1875	5	0	3	0	15109	logfile
✘	8H00	34407	2023-05-12	2022-09-27	3.41	3.86	3.29	3.6	0.005	0.61	0.0	0.05	13.23	0.00	2.184	7.71	0.00	3.6	96.4	0.1	-0.21	0.84	0.86	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30181	3803	27	0	45	0	0	logfile
✘	8H01	34408	2023-05-12	2022-09-27	3.7	4.17	3.57	3.7	0.004	0.57	0.0	0.05	13.16	0.00	2.203	9.28	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.08	0.85	0.84	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30144	3803	27	0	44	0	0	logfile
✘	7YCA	33737	2023-05-06	2022-07-01	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64832	5632	60	0	450	4	0	logfile
✘	7ZK8	14758	2023-05-04	2022-04-12	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9331	1181	1	0	7	4	0	logfile
✘	8HG3	34733	2023-05-03	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	8iTU	35328	2023-05-12	2023-03-23	3.68	3.82	3.61	3.7	0.004	0.58	0.0	0.05	13.18	0.00	2.203	9.40	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.09	0.72	0.74	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30144	3803	27	0	44	0	0	logfile
✘	7YiJ	33860	2023-05-09	2022-07-16	3.8	4.24	3.93	4.1	0.004	0.92	0.0	0.05	14.45	0.01	2.135	19.50	0.00	13.3	85.3	1.4	-2.71	0.57	0.71	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21313	2640	5	0	1	0	0	logfile
✘	7YiH	33859	2023-05-09	2022-07-16	3.5	3.85	3.58	3.8	0.004	0.78	0.0	0.05	14.23	0.01	2.066	16.72	0.00	13.9	85.0	1.1	-2.65	0.61	0.68	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21321	2640	8	0	5	4	0	logfile
✘	8ESZ	28582	2023-05-08	2022-10-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67757	8114	68	0	95	0	0	logfile
✘	7oZS	13134	2023-05-05	2021-06-28	3.5	4.00	—	3.6	0.004	0.79	0.0	0.05	13.79	0.01	2.282	3.82	0.29	3.7	96.3	0.0	-1.44	0.89	0.85	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12770	1314	7	119	23	0	0	logfile
✘	7ZK7	14757	2023-05-04	2022-04-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9112	1157	1	0	4	0	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →