Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8AC0	15329	2023-05-11	2022-07-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27948	3188	9	143	3	0	0	logfile
✘	7WEA	32444	2023-05-12	2021-12-23	3.3	3.61	—	3.5	0.004	0.78	0.0	0.05	14.03	0.00	2.111	10.04	0.03	5.8	94.1	0.1	-2.05	0.80	0.81	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30413	3754	30	0	74	0	0	logfile
✘	7W9K	32368	2023-05-06	2021-12-09	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14933	1705	9	0	43	9	0	logfile
✘	7UTA	26764	2023-05-10	2022-04-26	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24323	3068	20	0	22	55	0	logfile
✘	7UEA	26469	2023-05-11	2022-03-21	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26313	2793	16	0	77	0	0	logfile
✘	8ABZ	15328	2023-05-10	2022-07-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25739	3166	9	47	3	0	0	logfile
✘	8ED8	28032	2023-05-13	2022-09-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	7LLK	23424	2023-05-16	2021-02-04	4.8	7.00	4.88	4.8	0.015	2.15	14.0	0.12	16.38	0.02	2.051	2.44	4.52	12.6	84.8	2.6	-3.42	0.81	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38982	2397	47	0	108	0	18627	logfile
✘	7WSF	32756	2023-05-06	2022-01-29	2.87	3.08	—	3.1	0.003	0.44	0.0	0.04	11.23	0.00	2.016	6.14	3.87	2.7	97.3	0.0	-0.12	0.72	0.81	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7170	879	3	0	1	0	0	logfile
✘	8EE6	28047	2023-05-06	2022-09-06	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14475	1808	5	0	37	0	0	logfile
✘	7WST	32766	2023-05-04	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7ZQ9	14867	2023-05-04	2022-04-29	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92130	4713	47	0	397	88	35670	logfile
✘	6YMY	10848	2023-05-06	2020-04-10	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1766	19	0	16	0	0	logfile
✘	5WVE	6690	2023-05-12	2016-12-24	4.4	4.90	—	5.1	0.008	1.34	7.0	0.08	19.34	0.01	1.493	69.05	16.86	7.1	89.5	3.4	-0.75	0.49	0.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78605	9766	39	0	21	0	0	logfile
✘	6i3M	4404	2023-05-15	2018-11-06	3.93	4.04	3.89	4.0	0.007	1.24	6.0	0.07	13.81	0.01	2.201	6.76	2.83	11.3	88.4	0.3	-4.16	0.66	0.66	1.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37012	4682	16	0	0	0	0	logfile
✘	7ZMD	14795	2023-05-11	2022-04-19	2.93	3.18	2.97	3.2	0.002	0.52	0.0	0.08	13.13	0.01	2.146	3.80	0.00	2.5	97.5	0.0	0.93	0.68	0.78	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18400	1191	2	0	0	0	9106	logfile
✘	6VXK	21442	2023-05-07	2020-02-22	3.1	3.57	—	3.2	0.011	0.84	0.0	0.05	14.73	0.00	2.122	15.37	8.05	10.5	89.5	0.0	-3.69	0.86	0.88	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17418	2254	8	0	18	0	0	logfile
✘	6U9W	20703	2023-05-11	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	12	3	42	0	12885	logfile
✘	6UZA	20954	2023-05-09	2019-11-14	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23284	2936	8	0	20	0	0	logfile
✘	7WTo	32793	2023-05-17	2022-02-05	3.5	3.41	—	3.3	0.005	0.84	0.0	0.04	15.98	0.01	2.105	6.35	0.05	7.9	92.0	0.1	-2.03	0.85	0.84	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44490	2383	17	1200	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →