Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7o7P	12752	2023-05-16	2021-04-13	4.6	5.15	—	6.0	0.009	1.15	2.0	0.08	14.95	0.01	1.908	11.62	0.13	12.6	87.0	0.3	-4.55	0.80	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40295	5100	16	0	36	0	0	logfile
✘	6H68	0147	2023-05-15	2018-07-26	4.6	4.70	—	4.6	0.005	0.84	0.0	0.05	11.32	0.01	2.243	6.67	0.05	7.3	92.7	0.0	-3.73	0.72	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37103	4497	22	67	6	0	0	logfile
✘	6JGZ	9824	2023-05-04	2019-02-16	4.6	4.96	—	4.6	0.007	1.13	0.0	0.06	11.54	0.01	2.171	11.98	0.73	11.3	88.3	0.4	-4.06	0.78	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109824	14368	12	0	4	0	0	logfile
✘	7BP0	30138	2023-05-16	2020-03-20	4.6	4.05	—	4.2	0.014	2.51	229.0	0.17	20.41	0.02	1.115	151.43	28.18	10.1	84.8	5.1	-1.64	0.62	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41388	5244	12	0	0	0	0	logfile
✘	7P3N	13181	2023-05-15	2021-07-08	4.6	6.89	—	4.7	0.005	0.85	1.0	0.05	13.74	0.00	1.777	31.13	0.21	7.4	92.4	0.1	-1.16	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37114	4895	26	0	8	0	0	logfile
✘	5M64	3449	2023-05-15	2016-10-24	4.6	4.57	—	4.5	0.003	0.69	2.0	0.05	12.90	0.00	1.067	13.00	2.03	4.9	95.0	0.1	-4.55	0.71	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35876	4383	22	51	6	0	0	logfile
✘	6FSZ	4301	2023-05-15	2018-02-20	4.6	4.95	—	4.7	0.010	1.25	0.0	0.06	10.87	0.01	2.147	13.08	0.26	7.3	92.7	0.0	-3.42	0.88	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36972	4821	15	23	11	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2023-05-10	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24990	2610	12	3	6	0	4452	logfile
✘	7DGR	30674	2023-05-02	2020-11-12	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	107305	13811	102	0	37	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2023-05-06	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	12.80	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	8AVC	15678	2023-05-12	2022-08-26	4.6	5.35	5.50	4.6	0.004	0.80	1.0	0.05	12.05	0.01	1.931	18.34	0.00	4.3	95.4	0.3	-0.17	0.81	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17505	2199	9	0	3	0	0	logfile
✘	6K0A	30036	2023-05-09	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	15.45	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6QC4	4496	2023-05-16	2018-12-26	4.6	4.73	4.64	4.6	0.006	1.11	0.0	0.85	11.18	0.01	1.949	7.33	0.38	10.8	89.0	0.1	-3.76	0.73	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96705	12008	81	0	85	0	0	logfile
✘	6PQX	20455	2023-05-04	2019-07-10	4.6	4.84	—	4.7	0.006	0.99	0.0	0.06	23.23	0.01	2.222	15.96	2.35	5.2	94.1	0.6	-3.41	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10116	960	10	120	4	0	0	logfile
✘	5TAY	8389	2023-05-07	2016-09-10	4.6	4.71	4.77	4.5	0.004	0.86	4.0	0.05	9.86	0.01	1.374	4.89	0.46	10.4	89.4	0.2	-4.90	0.75	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121276	13500	12	0	3712	0	0	logfile
✘	6R90	4764	2023-05-16	2019-04-02	4.5	4.77	—	4.6	0.008	0.88	0.0	0.06	22.74	0.01	2.107	4.11	0.24	3.1	96.6	0.3	-1.12	0.76	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40070	1944	12	290	0	0	18802	logfile
✘	6VL5	21230	2023-05-06	2020-01-22	4.5	4.57	4.20	4.4	0.019	1.72	0.0	0.10	10.23	0.01	2.242	0.64	0.20	1.2	98.8	0.0	0.88	0.79	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15039	1719	42	0	105	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2023-05-04	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6PVM	20493	2023-05-09	2019-07-21	4.5	4.24	—	4.3	0.006	1.18	0.0	0.06	12.60	0.01	2.154	6.75	0.87	15.6	84.1	0.3	-6.13	0.49	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21006	2576	6	0	2	0	0	logfile
✘	5ADY	3133	2023-05-16	2015-08-25	4.5	4.75	—	4.5	0.011	1.28	0.0	0.06	18.75	0.01	1.391	57.89	0.21	11.7	81.7	6.7	-3.35	0.72	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97364	4197	35	3020	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →