Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8B14	15802	2023-05-08	2022-09-09	2.6	2.13	2.61	2.0	0.007	0.68	0.0	0.05	16.80	0.01	2.163	5.79	0.79	2.8	97.2	0.0	0.27	0.80	0.81	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18810	1243	3	0	2	0	9112	logfile
✘	6o90	0660	2023-05-13	2019-03-12	3.49	3.96	—	3.5	0.007	1.04	0.0	0.05	15.53	0.01	2.125	5.34	0.46	13.8	85.9	0.3	-4.68	0.86	0.82	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138532	5232	53	4547	4	0	0	logfile
✘	8AVV	15684	2023-05-03	2022-08-27	3.4	3.53	3.39	3.5	0.008	1.38	0.0	0.08	18.27	0.01	2.580	1.80	5.03	4.7	95.1	0.2	-3.08	0.76	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	1010	4	0	2	0	0	logfile
✘	6Z43	11068	2023-05-11	2020-05-22	3.3	3.43	—	3.4	0.006	0.61	0.0	0.05	10.89	0.00	2.094	4.31	0.68	3.5	96.5	0.0	-0.78	0.78	0.84	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26725	3351	29	0	66	0	0	logfile
✘	6Y5R	10703	2023-05-06	2020-02-25	3.76	3.87	3.73	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	11.47	0.00	2.147	7.90	0.07	4.4	95.6	0.0	-2.26	0.68	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13592	1758	6	0	8	0	0	logfile
✘	7QWQ	14191	2023-05-16	2022-01-25	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	143809	7312	59	3936	158	0	0	logfile
✘	8CYi	27078	2023-05-06	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	8GWN	34317	2023-05-09	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	0	logfile
✘	7WK0	32554	2023-05-04	2022-01-08	3.32	2.37	—	2.2	0.004	0.65	0.0	0.04	11.04	0.01	2.233	9.59	7.71	12.2	87.5	0.2	-4.96	0.75	0.75	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9724	1264	8	0	2	0	0	logfile
✘	8APC	15565	2023-05-10	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	59	0	36	0	62392	logfile
✘	7ZGU	14713	2023-05-16	2022-04-04	3.4	2.24	3.39	2.1	0.003	0.68	0.0	0.04	14.94	0.00	2.201	11.55	0.55	6.2	93.8	0.0	-0.91	0.69	0.68	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38940	4854	12	0	6	0	0	logfile
✘	8FWJ	29506	2023-05-15	2023-01-22	2.7	2.88	—	3.0	0.003	0.72	0.0	0.04	14.77	0.01	1.976	31.45	3.45	2.7	97.3	0.0	0.43	0.59	0.69	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60204	7644	48	0	48	48	24	logfile
✘	8APA	15563	2023-05-10	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	7QiX	14002	2023-05-13	2021-12-16	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	83517	2911	42	1110	81	570	35777	logfile
✘	8APJ	15572	2023-05-10	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	7Pi5	13430	2023-05-11	2021-08-19	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76287	7455	123	0	343	718	0	logfile
✘	7WPB	32681	2023-05-03	2022-01-23	2.79	2.94	—	2.9	0.005	0.74	0.0	0.05	15.22	0.01	2.101	3.78	0.29	3.0	97.0	0.0	-4.67	0.68	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6491	793	2	0	5	0	0	logfile
✘	7oUi	13078	2023-05-13	2021-06-11	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	84427	8342	108	0	374	139	0	logfile
✘	7RBU	24402	2023-05-03	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.53	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	7EWK	31350	2023-05-16	2021-05-25	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32765	3110	27	0	196	0	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →