Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BQV	16188	2023-03-13	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	1.01	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.01	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	7JGE	22324	2023-03-17	2020-07-19	4.0	4.23	—	4.2	0.002	0.44	0.0	0.05	13.35	0.00	2.115	14.01	0.00	3.7	96.3	0.0	1.11	0.54	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20315	1437	1	0	0	0	8508	logfile
✘	7JGH	22327	2023-03-17	2020-07-19	3.36	3.67	—	3.6	0.007	0.83	1.0	0.08	11.51	0.00	2.092	7.77	0.39	5.3	94.7	0.0	-0.15	0.55	0.63	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	1421	3	0	12	0	7725	logfile
✘	6RDD	4814	2023-03-17	2019-04-12	3.2	3.32	3.04	3.3	0.012	1.03	0.0	0.06	13.79	0.01	2.126	4.62	0.19	4.9	94.8	0.3	-5.88	0.55	0.85	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19856	2597	19	0	1	30	0	logfile
✘	7WF7	32461	2023-03-12	2021-12-26	3.4	3.19	—	3.2	0.004	0.83	0.0	0.05	13.56	0.00	2.288	2.88	0.00	4.4	95.6	0.0	-1.14	0.55	0.64	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8136	1034	6	0	1	0	0	logfile
✘	7JMJ	22396	2023-03-16	2020-07-31	4.5	5.51	—	4.3	0.007	1.08	0.0	0.05	10.58	0.01	1.373	9.90	0.62	11.3	88.5	0.3	-4.67	0.56	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	6WWZ	21950	2023-03-13	2020-05-09	3.34	3.53	—	3.5	0.014	1.77	0.0	0.09	13.13	0.00	2.318	2.07	0.10	4.4	95.6	0.0	-3.33	0.56	0.77	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9450	1211	6	0	0	0	0	logfile
✘	7JMH	22394	2023-03-16	2020-07-31	4.5	5.68	—	4.4	0.005	1.02	0.0	0.05	10.48	0.01	1.373	9.43	0.46	11.7	88.2	0.1	-4.60	0.56	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	6WPW	21866	2023-03-13	2020-04-28	3.1	3.57	—	3.5	0.007	0.95	0.0	0.06	10.18	0.01	1.735	6.24	0.00	5.9	94.1	0.0	-4.62	0.57	0.80	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9262	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	7K4F	22667	2023-03-17	2020-09-15	3.75	4.23	—	4.2	0.012	1.38	0.0	0.06	12.35	0.01	2.231	4.24	1.50	12.1	87.9	0.0	-5.98	0.57	0.85	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19875	2456	8	0	6	0	0	logfile
✘	7MYo	24082	2023-03-14	2021-05-21	2.92	3.27	2.93	3.3	0.005	0.89	0.0	0.05	15.08	0.01	2.225	9.92	0.59	5.9	94.1	0.0	-1.97	0.57	0.66	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10634	1278	2	0	1	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2023-03-13	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	16.75	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	7JMG	22393	2023-03-16	2020-07-31	4.5	7.15	—	4.3	0.005	0.93	0.0	0.05	9.82	0.01	1.373	7.38	0.27	10.3	89.6	0.1	-4.77	0.57	0.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	7MJo	23880	2023-03-17	2021-04-20	4.0	4.18	—	4.1	0.008	1.06	0.0	0.05	13.98	0.01	1.857	8.45	0.00	9.0	91.0	0.0	-1.30	0.57	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19977	2981	13	0	25	0	0	logfile
✘	6XS6	22301	2023-03-16	2020-07-15	3.7	2.21	—	2.2	0.004	0.83	0.0	0.05	14.26	0.01	2.240	4.49	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.99	0.57	0.59	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18294	2357	3	0	0	0	0	logfile
✘	6L3V	0827	2023-03-17	2019-10-15	2.63	2.90	2.72	2.9	0.009	0.92	0.0	0.04	17.16	0.01	2.218	1.00	5.45	0.5	99.5	0.0	-5.00	0.57	0.85	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19416	1206	12	0	6	0	9528	logfile
✘	5GM6	9524	2023-03-13	2016-07-12	3.5	3.61	—	3.6	0.012	1.33	11.0	0.08	13.79	0.01	1.303	18.95	3.36	6.6	92.1	1.2	-3.54	0.58	0.83	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112064	12796	55	361	881	0	0	logfile
✘	5MPA	3535	2023-03-17	2016-12-16	4.5	4.58	—	4.5	0.026	2.51	100.0	0.13	15.51	0.02	1.354	4.50	1.95	7.7	90.6	1.8	-4.17	0.58	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67883	8674	40	0	12	0	0	logfile
✘	7N4U	24178	2023-03-15	2021-06-04	3.34	3.91	—	3.8	0.014	1.80	0.0	0.29	15.32	0.01	2.102	4.84	1.79	5.3	94.5	0.2	-2.74	0.58	0.74	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15396	1906	10	0	28	0	0	logfile
✘	7NHo	12335	2023-03-17	2021-02-11	2.66	3.46	—	3.3	0.014	2.16	1.0	0.44	18.54	0.02	1.974	2.75	1.77	5.4	94.4	0.1	-2.33	0.58	0.79	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19800	2086	26	0	62	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 29
• next →