Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6BQW	7134	2023-03-17	2017-11-28	4.2	4.44	—	4.3	0.016	1.28	0.0	0.07	13.45	0.01	2.307	8.25	0.00	10.3	83.9	5.9	-3.51	0.73	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19953	2475	18	0	9	0	0	logfile
✘	6BZE	7314	2023-03-15	2017-12-23	4.0	4.03	—	4.0	0.009	1.42	0.0	0.08	17.34	0.01	1.648	79.81	9.00	13.2	86.4	0.4	-5.34	0.37	0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7072	848	8	0	0	0	0	logfile
✘	6C26	7336	2023-03-16	2018-01-06	3.5	3.64	—	3.6	0.011	1.41	0.0	0.07	15.78	0.01	1.833	6.82	2.07	9.8	90.2	0.0	-4.59	0.67	0.80	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17188	2077	16	0	19	0	0	logfile
✘	6C24	7335	2023-03-15	2018-01-06	3.5	3.56	3.57	3.5	0.017	1.56	2.0	0.09	12.28	0.01	1.246	14.34	1.75	15.6	82.9	1.5	-4.74	0.75	0.83	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13346	1637	12	0	135	0	0	logfile
✘	6C9A	7435	2023-03-14	2018-01-25	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12182	1446	6	0	8	0	0	logfile
✘	6CFW	7468	2023-03-17	2018-02-17	3.7	3.82	—	3.8	0.010	1.27	1.0	0.07	12.05	0.01	1.968	4.52	1.60	10.7	89.0	0.4	-4.93	0.70	0.86	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19589	2530	17	0	4	0	0	logfile
✘	6CMX	7526	2023-03-13	2018-03-06	3.1	3.31	—	3.3	0.009	1.01	0.0	0.14	10.09	0.01	1.638	21.48	1.51	9.6	90.2	0.2	-3.85	0.72	0.76	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10139	1300	4	0	17	0	0	logfile
✘	6G1K	4339	2023-03-17	2018-03-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21428	2592	8	0	8	0	0	logfile
✘	6G1X	4341	2023-03-13	2018-03-22	3.93	4.03	3.76	4.0	0.012	0.99	0.0	0.05	9.45	0.01	2.008	12.96	0.00	12.7	87.3	0.0	-3.99	0.59	0.75	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9989	648	4	30	1	0	4182	logfile
✘	6GDG	4390	2023-03-12	2018-04-23	4.11	3.92	—	4.0	0.008	1.10	0.0	0.06	12.81	0.00	2.449	0.87	2.07	4.9	94.6	0.5	-3.15	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7223	997	6	0	1	0	0	logfile
✘	6D7T	7825	2023-03-17	2018-04-25	4.44	4.50	—	4.4	0.010	1.49	0.0	0.07	14.79	0.01	1.997	11.74	5.48	10.7	88.8	0.5	-5.38	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19654	2444	8	0	6	0	0	logfile
✘	5ZWM	6972	2023-03-13	2018-05-16	3.4	3.37	—	3.3	0.007	1.15	10.0	0.06	12.54	0.01	1.786	18.95	0.72	5.9	93.5	0.6	-3.22	0.51	0.43	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111041	12858	61	634	8	0	0	logfile
✘	6DG7	7882	2023-03-16	2018-05-17	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16720	1955	29	0	40	5	0	logfile
✘	6DG8	7883	2023-03-16	2018-05-17	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16715	1955	24	0	40	0	0	logfile
✘	6DWB	8924	2023-03-16	2018-06-26	3.3	3.43	—	3.4	0.007	0.66	0.0	0.04	7.21	0.01	2.161	2.34	0.00	5.1	94.9	0.0	-6.22	0.61	0.75	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18360	2340	30	0	0	0	0	logfile
✘	6A69	6987	2023-03-12	2018-06-27	4.11	4.21	—	4.1	0.011	1.47	0.0	0.07	11.86	0.01	2.275	7.51	1.81	13.5	86.4	0.1	-4.69	0.61	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1038	2	0	1	0	0	logfile
✘	6DZV	8940	2023-03-12	2018-07-05	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6121	765	5	0	4	0	0	logfile
✘	6Hio	0226	2023-03-16	2018-08-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16085	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6HiN	0225	2023-03-15	2018-08-30	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14220	1675	20	0	30	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-03-16	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 29
• next →