Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6NT5	0502	2023-05-03	2019-01-28	4.1	4.28	—	4.1	0.006	0.93	0.0	0.05	10.32	0.01	2.300	3.59	0.41	4.7	95.3	0.0	-2.40	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4586	584	2	0	0	0	0	logfile
✘	6o58	0625	2023-05-08	2019-03-01	3.8	4.03	—	3.8	0.005	1.07	0.0	0.06	11.59	0.01	2.271	4.13	0.31	4.5	95.5	0.0	-3.97	0.64	0.76	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20554	2512	18	0	2	0	0	logfile
✘	6o6C	0633	2023-05-12	2019-03-05	3.1	3.26	—	3.2	0.011	1.23	0.0	0.05	12.34	0.01	0.570	3.74	0.09	6.7	90.7	2.5	-1.64	0.83	0.81	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30166	3660	19	52	9	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2023-05-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.3	0.004	0.69	0.0	0.04	15.44	0.00	2.073	20.70	0.00	8.3	91.3	0.4	-1.56	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6o90	0660	2023-05-13	2019-03-12	3.49	3.96	—	3.5	0.007	1.04	0.0	0.05	15.53	0.01	2.125	5.34	0.46	13.8	85.9	0.3	-4.68	0.86	0.82	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138532	5232	53	4547	4	0	0	logfile
✘	6J6G	0686	2023-05-12	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.09	14.14	0.01	1.903	15.53	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	6J6N	0691	2023-05-12	2019-01-15	3.86	3.99	—	3.8	0.008	1.02	1.0	0.09	14.52	0.01	1.820	15.60	2.51	5.1	94.2	0.8	-3.41	0.60	0.63	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78937	8982	47	544	14	0	0	logfile
✘	6J6Q	0692	2023-05-12	2019-01-15	3.7	3.85	—	3.7	0.008	0.99	0.0	0.09	14.74	0.01	1.463	18.21	2.93	4.9	94.2	0.9	-3.65	0.62	0.66	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80535	9167	50	549	15	0	0	logfile
✘	6KMW	0726	2023-05-05	2019-08-01	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64083	5739	63	0	366	627	0	logfile
✘	6KMX	0727	2023-05-06	2019-08-01	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65112	5919	72	0	363	636	0	logfile
✘	6KN8	0729	2023-05-04	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	6KNG	0731	2023-05-03	2019-08-05	2.85	3.15	—	3.1	0.005	0.65	0.0	0.05	14.34	0.00	2.093	4.97	3.68	0.9	99.1	0.0	-2.31	0.83	0.91	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7749	1002	6	0	6	0	0	logfile
✘	6L35	0821	2023-05-14	2019-10-09	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34822	3260	30	0	205	0	0	logfile
✘	6L4T	0834	2023-05-10	2019-10-21	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23863	1851	26	0	192	12	0	logfile
✘	6L4U	0835	2023-05-05	2019-10-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62199	5075	72	0	557	156	0	logfile
✘	6L7o	0849	2023-05-14	2019-11-02	3.2	3.37	—	3.5	0.008	1.35	0.0	2.04	19.93	0.01	1.354	12.19	0.00	5.3	94.7	0.0	-2.60	0.57	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35037	4120	34	0	83	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2023-05-04	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2023-05-09	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6LHU	0899	2023-05-09	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6LMK	0917	2023-05-04	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.02	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →