Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8HJ9	34835	2023-05-03	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	7S9Y	24941	2023-05-03	2021-09-21	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7395	901	1	0	3	0	0	logfile
✘	7P03	13142	2023-05-09	2021-06-29	3.45	3.78	—	3.7	0.006	0.68	0.0	0.04	13.86	0.00	1.801	6.52	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.62	0.71	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21149	1333	1	0	0	0	10498	logfile
✘	5A7U	3079	2023-05-02	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	7ZK5	14755	2023-05-04	2022-04-12	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9435	1177	1	0	10	33	0	logfile
✘	7PQ5	13587	2023-05-03	2021-09-16	3.17	3.58	3.09	3.4	0.005	0.85	0.0	0.05	15.55	0.01	2.255	3.50	2.82	4.5	95.3	0.2	-0.13	0.85	0.87	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8512	1047	1	0	0	0	0	logfile
✘	7P06	13145	2023-05-09	2021-06-29	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21476	1350	1	0	3	0	10638	logfile
✘	7M5V	23683	2023-05-07	2021-03-24	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16295	1046	1	0	24	6	7985	logfile
✘	7M5Y	23685	2023-05-07	2021-03-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15447	1000	1	0	24	8	7534	logfile
✘	7MYo	24082	2023-05-04	2021-05-21	2.92	3.27	2.93	3.3	0.005	0.89	0.0	0.05	15.08	0.01	2.225	9.92	0.59	5.9	94.1	0.0	-1.97	0.57	0.66	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10634	1278	2	0	1	0	0	logfile
✘	7ZDV	14671	2023-05-04	2022-03-29	3.05	3.19	2.98	3.1	0.006	0.74	0.0	0.05	14.00	0.00	1.993	8.93	0.11	2.2	97.8	0.0	-2.81	0.73	0.88	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8877	1141	2	0	2	0	0	logfile
✘	7ZEC	14689	2023-05-04	2022-03-30	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8987	1148	2	0	3	0	0	logfile
✘	8CVP	27012	2023-05-04	2022-05-18	3.4	3.75	3.50	3.7	0.003	0.58	0.0	0.04	13.05	0.00	2.231	4.87	0.12	6.1	93.8	0.1	-1.69	0.69	0.74	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10112	1484	2	0	1	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2023-05-09	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6WCZ	21618	2023-05-04	2020-03-31	4.0	4.24	—	4.0	0.009	1.22	0.0	0.06	12.53	0.01	2.085	14.60	2.55	12.9	87.1	0.0	-4.79	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9894	1231	2	0	2	0	0	logfile
✘	6A69	6987	2023-05-03	2018-06-27	4.11	4.21	—	4.1	0.011	1.48	0.0	0.07	11.86	0.01	2.275	7.51	1.81	13.5	86.4	0.1	-4.69	0.61	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1038	2	0	1	0	0	logfile
✘	8DGJ	27427	2023-05-06	2022-06-23	4.02	4.32	4.05	4.1	0.007	1.24	2.0	0.06	14.25	0.01	2.213	11.07	0.13	7.4	92.3	0.3	-2.71	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13574	1689	2	0	0	0	0	logfile
✘	7ZDC	14642	2023-05-04	2022-03-29	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8960	1147	2	0	3	0	0	logfile
✘	6VAD	21137	2023-05-11	2019-12-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37613	2321	2	0	0	0	19096	logfile
✘	7BC4	12138	2023-05-11	2020-12-18	3.1	2.99	2.99	3.0	0.008	0.88	1.0	0.06	15.49	0.01	2.285	5.33	1.19	6.4	93.6	0.0	-5.07	0.51	0.85	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27610	3514	2	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →