Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6YEF	10791	2023-10-17	2020-03-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141837	5351	60	4639	288	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2023-10-04	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	9.71	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2023-10-07	2022-08-05	4.18	4.67	4.33	4.4	0.019	1.34	0.0	0.06	17.92	0.03	2.222	7.46	0.35	8.5	91.5	0.0	-3.94	0.84	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	3JAP	3048	2023-10-18	2015-06-18	4.9	5.03	5.08	5.0	0.007	1.39	79.0	0.11	22.42	0.01	1.307	9.48	13.17	10.9	85.8	3.4	-1.68	0.68	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98333	7272	53	1869	255	0	0	logfile
✘	7RWA	24712	2023-10-08	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	6UZZ	20965	2023-10-08	2019-11-16	3.1	3.48	—	3.4	0.009	0.92	0.0	0.06	10.61	0.01	2.325	2.53	0.24	1.8	98.0	0.2	-4.22	0.60	0.81	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15832	1984	12	0	8	0	0	logfile
✘	7KE9	22835	2023-10-11	2020-10-10	3.08	3.62	—	3.5	0.013	1.74	0.0	0.09	12.23	0.01	2.491	0.11	0.04	5.8	94.0	0.2	-0.81	0.80	0.80	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22365	2875	18	0	59	0	0	logfile
✘	7WTM	32791	2023-10-20	2022-02-05	3.5	3.32	—	3.2	0.006	0.89	0.0	0.05	15.98	0.01	2.110	6.36	0.00	7.6	92.4	0.1	-1.86	0.80	0.78	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44623	2651	18	1106	1	0	0	logfile
✘	7LN4	23448	2023-10-17	2021-02-06	3.0	3.91	3.03	3.5	0.009	0.65	0.0	0.04	12.72	0.01	2.019	7.53	0.03	2.1	97.9	0.0	1.49	0.80	0.71	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35094	4432	13	0	42	0	0	logfile
✘	7LWJ	23547	2023-10-11	2021-03-01	3.24	3.45	—	3.3	0.014	1.83	2.0	0.10	13.55	0.01	2.482	0.34	0.84	7.0	92.8	0.2	-1.78	0.70	0.68	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23840	3003	6	0	30	0	0	logfile
✘	8B5L	15860	2023-10-18	2022-09-23	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145148	7621	64	3890	183	0	0	logfile
✘	7ZJ7	14743	2023-10-06	2022-04-08	3.95	4.15	3.84	4.0	0.013	1.90	0.0	0.09	15.37	0.02	2.329	1.87	0.55	4.8	95.2	0.0	-3.03	0.80	0.81	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11958	1458	18	0	36	0	0	logfile
✘	6Zoo	11326	2023-10-18	2020-07-07	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38497	3341	33	0	243	2	0	logfile
✘	7WoR	32656	2023-10-14	2022-01-22	3.7	2.87	—	3.2	0.003	0.53	0.0	0.05	9.19	0.01	2.216	8.02	5.34	7.7	92.2	0.1	-4.04	0.72	0.71	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29670	3799	9	0	23	0	0	logfile
✘	8DK2	27481	2023-10-11	2022-07-01	4.1	4.81	4.17	4.1	0.002	0.47	0.0	0.04	13.54	0.00	1.988	7.72	2.88	3.7	96.3	0.0	2.05	0.84	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23727	2840	12	52	4	0	0	logfile
✘	6KAF	9957	2023-10-20	2019-06-22	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104363	9607	104	0	552	0	0	logfile
✘	6Vi0	21208	2023-10-10	2020-01-10	3.43	3.96	3.49	3.8	0.008	1.12	3.0	0.10	13.99	0.01	2.241	6.11	1.23	7.8	92.0	0.2	-5.43	0.80	0.83	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20823	2418	45	0	135	0	0	logfile
✘	7NAP	24277	2023-10-10	2021-06-22	3.2	3.90	—	3.6	0.005	0.74	0.0	0.05	13.06	0.01	2.090	2.71	0.00	1.2	98.7	0.1	1.23	0.86	0.84	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69762	9240	42	0	0	0	0	logfile
✘	6L7o	0849	2023-10-17	2019-11-02	3.2	3.37	—	3.5	0.008	1.35	0.0	2.04	19.93	0.01	1.354	12.19	0.00	5.3	94.7	0.0	-2.60	0.57	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35037	4120	34	0	83	0	0	logfile
✘	6JPA	9868	2023-10-11	2019-03-26	2.6	2.76	—	2.8	0.013	1.51	3.0	0.12	17.16	0.01	1.921	38.35	11.40	8.8	89.5	1.7	-3.83	0.54	0.61	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22232	2694	14	0	42	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 58
• next →