Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7N62	24192	2023-05-03	2021-06-07	4.0	3.42	—	3.9	0.006	0.82	0.0	0.05	13.98	0.01	2.203	21.20	0.00	14.9	85.1	0.0	-2.74	0.73	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5613	712	4	0	5	0	0	logfile
✘	8AVC	15678	2023-05-12	2022-08-26	4.6	5.35	5.50	4.6	0.004	0.80	1.0	0.05	12.05	0.01	1.931	18.34	0.00	4.3	95.4	0.3	-0.17	0.81	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17505	2199	9	0	3	0	0	logfile
✘	6H3i	0133	2023-05-08	2018-07-18	3.5	3.59	—	3.5	0.009	0.92	0.0	0.05	10.08	0.01	2.012	39.59	0.40	21.4	78.4	0.2	-5.64	0.78	0.86	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20599	2597	3	0	0	0	53	logfile
✘	7TU6	26127	2023-05-16	2022-02-02	2.7	2.11	2.73	2.0	0.007	0.79	6.0	0.06	13.43	0.01	1.892	3.29	0.62	3.0	97.0	0.0	0.38	0.77	0.76	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20028	2580	12	0	18	0	0	logfile
✘	7AoC	11840	2023-05-12	2020-10-14	3.84	3.91	—	3.9	0.007	0.88	0.0	0.05	15.05	0.01	1.929	15.82	0.33	11.2	88.5	0.3	-4.08	0.70	0.81	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29724	3746	17	0	6	0	0	logfile
✘	7CUM	30472	2023-05-09	2020-08-23	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	7TU8	26129	2023-05-16	2022-02-02	2.6	2.05	2.59	2.0	0.011	0.81	0.0	0.05	13.32	0.00	1.874	2.75	0.00	2.8	97.0	0.2	0.45	0.81	0.80	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20232	2604	12	0	24	0	0	logfile
✘	7B5P	12043	2023-05-09	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	8A6T	15212	2023-05-09	2022-06-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21132	2704	12	0	28	0	0	logfile
✘	7VB7	31874	2023-05-12	2021-08-30	2.4	2.41	—	2.4	0.007	0.77	1.0	0.05	16.42	0.01	1.988	6.35	1.28	3.0	96.9	0.1	0.48	0.76	0.90	5.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29279	3543	45	0	19	736	0	logfile
✘	7VZB	32224	2023-05-04	2021-11-15	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9524	1170	4	0	4	0	0	logfile
✘	7WYX	32897	2023-05-09	2022-02-16	3.4	3.47	—	3.5	0.011	1.35	0.0	0.07	19.01	0.01	1.893	10.48	10.43	8.3	91.0	0.7	-3.31	0.74	0.80	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22714	2654	22	0	78	6	0	logfile
✘	7CZL	30511	2023-05-17	2020-09-09	3.78	4.08	—	3.9	0.012	1.23	2.0	0.06	16.46	0.02	1.261	28.26	1.63	8.5	91.4	0.1	-4.41	0.73	0.77	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40859	4304	55	0	146	0	0	logfile
✘	7VZR	32229	2023-05-09	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile
✘	7KH1	22873	2023-05-16	2020-10-19	3.2	3.17	—	3.5	0.010	0.97	0.0	0.05	14.82	0.01	2.008	25.57	0.66	11.2	88.8	0.0	-2.62	0.51	0.81	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97344	12588	48	0	0	0	0	logfile
✘	6PPE	20434	2023-05-17	2019-07-06	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.78	—	—	4.24	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	14.59	0.00	1.924	5.42	0.00	2.3	97.7	0.0	1.70	—	0.77	0.86	3.68	43736	2814	42	0	0	14	21896	logfile
✘	7XQi	33397	2023-05-04	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	6WPW	21866	2023-05-04	2020-04-28	3.1	3.57	—	3.5	0.007	0.95	0.0	0.06	10.18	0.01	1.735	6.24	0.00	5.9	94.1	0.0	-4.62	0.57	0.80	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9262	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2023-05-08	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	8	0	44	0	292	logfile
✘	7BKD	12210	2023-05-10	2021-01-15	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24799	3177	18	0	26	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →