cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	# H	Logfile
✘	7E1X	30945	2023-05-16	2021-02-03	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42679	5132	34	59	0	0	logfile
✘	7E1V	30943	2023-05-16	2021-02-03	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42279	5122	34	59	0	0	logfile
✘	5VFR	8665	2023-05-16	2017-04-09	4.9	5.02	—	4.8	0.006	1.24	5.0	0.07	11.75	0.01	2.042	10.70	0.74	9.6	89.8	0.6	-4.40	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99908	12868	51	5	0	0	logfile
✘	5GJR	9512	2023-05-16	2016-07-01	3.5	3.65	—	3.5	0.013	1.53	38.0	0.08	16.77	0.01	1.114	63.72	11.56	13.2	81.8	5.0	-4.66	0.71	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142753	19945	76	12	0	0	logfile
✘	7ZK5	14755	2023-05-04	2022-04-12	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9435	1177	1	10	33	0	logfile
✘	5Go9	9528	2023-05-17	2016-07-26	4.4	4.59	—	4.4	0.020	1.79	36.0	0.11	12.27	0.01	2.185	7.55	0.88	8.7	90.7	0.6	-4.90	0.78	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105068	13692	8	4	0	0	logfile
✘	8APG	15570	2023-05-10	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	61	36	0	62387	logfile
✘	7ZK7	14757	2023-05-04	2022-04-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9112	1157	1	4	0	0	logfile
✘	7A92	11682	2023-05-04	2020-09-01	4.2	4.58	4.29	4.2	0.007	0.84	0.0	0.06	14.53	0.01	2.222	3.92	1.19	5.2	94.7	0.1	-2.44	0.77	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10040	1231	5	10	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2023-05-03	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	11.75	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	11	0	0	logfile
✘	7SG7	25106	2023-05-15	2021-10-05	2.83	3.42	—	3.2	0.004	0.65	0.0	0.05	14.50	0.00	2.092	4.54	0.69	9.1	90.9	0.0	-2.02	0.64	0.89	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38802	4974	24	0	0	0	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-05-04	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	9	4	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2023-05-04	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	562	0	0	logfile
✘	8HG6	34736	2023-05-03	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	60	0	0	logfile
✘	8HG5	34735	2023-05-03	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	64	0	0	logfile
✘	7Y8A	33683	2023-05-02	2022-06-23	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53404	4518	49	502	0	0	logfile
✘	8G99	29862	2023-05-12	2023-02-21	2.8	3.52	2.71	3.0	0.003	0.47	0.0	0.04	16.85	0.00	2.205	2.32	0.00	3.1	96.9	0.0	0.58	0.86	0.86	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30205	1875	5	3	0	15109	logfile
✘	8H00	34407	2023-05-12	2022-09-27	3.41	3.86	3.29	3.6	0.005	0.61	0.0	0.05	13.23	0.00	2.184	7.71	0.00	3.6	96.4	0.1	-0.21	0.84	0.86	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30181	3803	27	45	0	0	logfile
✘	8H01	34408	2023-05-12	2022-09-27	3.7	4.17	3.57	3.7	0.004	0.57	0.0	0.05	13.16	0.00	2.203	9.28	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.08	0.85	0.84	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30144	3803	27	44	0	0	logfile
✘	8ESZ	28582	2023-05-08	2022-10-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67757	8114	68	95	0	0	logfile