Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RBD	4792	2023-05-13	2019-04-10	3.47	3.74	3.51	2.5	0.006	0.97	0.0	0.05	16.65	0.01	2.223	6.31	0.28	5.3	94.6	0.0	-3.01	0.90	0.81	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81048	5450	35	1777	0	0	0	logfile
✘	7BQT	30155	2023-05-16	2020-03-25	4.8	4.89	—	4.8	0.006	1.07	0.0	0.06	15.96	0.01	2.230	11.08	0.66	6.3	93.7	0.0	-4.15	0.57	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39180	4860	12	0	0	0	0	logfile
✘	7L6U	23208	2023-05-05	2020-12-23	3.3	3.73	3.39	3.7	0.009	0.79	0.0	0.05	14.09	0.01	2.365	6.06	0.72	8.7	91.3	0.0	-1.06	0.71	0.83	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12675	1555	5	0	0	0	0	logfile
✘	7YPQ	34011	2023-05-02	2022-08-04	3.1	3.22	2.15	3.2	0.005	0.63	0.0	0.05	17.29	0.00	2.261	7.93	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.66	0.52	0.79	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2915	327	2	11	0	0	0	logfile
✘	5VLZ	8709	2023-05-16	2017-04-26	4.4	4.55	—	4.4	0.006	0.89	0.0	0.00	5.88	0.00	2.272	2.04	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.92	0.80	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96897	24179	181	0	0	0	0	logfile
✘	7VXD	32176	2023-05-12	2021-11-12	4.0	4.60	—	4.2	0.003	0.50	0.0	0.04	7.89	0.00	2.091	7.52	0.03	4.0	95.9	0.2	-2.30	0.70	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30194	3829	4	0	0	0	0	logfile
✘	6R94	4768	2023-05-09	2019-04-02	3.5	2.44	—	3.6	0.012	1.01	1.0	0.07	26.38	0.01	2.114	1.78	0.00	3.0	96.6	0.4	0.29	0.74	0.70	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22367	803	10	290	0	0	9995	logfile
✘	8AXN	15702	2023-05-15	2022-08-31	3.34	3.51	3.30	3.5	0.003	0.58	0.0	0.04	9.93	0.00	2.125	6.78	3.52	5.4	94.6	0.0	-0.25	0.76	0.84	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94656	11704	64	0	0	0	0	logfile
✘	6RW6	10033	2023-05-16	2019-06-04	2.75	2.81	—	2.7	0.011	0.96	0.0	0.06	9.75	0.01	2.148	4.16	0.00	2.2	97.8	0.0	-3.68	0.85	0.87	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98645	12425	5	0	0	0	0	logfile
✘	6XWR	10636	2023-05-04	2020-01-24	3.22	3.96	—	3.7	0.008	0.75	0.0	0.05	12.81	0.00	2.122	11.13	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.71	0.74	0.85	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9564	1278	3	0	0	0	0	logfile
✘	6QXM	4669	2023-05-15	2019-03-07	4.1	2.35	—	3.5	0.008	1.25	0.0	0.06	18.91	0.01	2.333	6.84	8.63	9.3	90.7	0.0	-4.78	0.68	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37164	4704	12	0	0	0	0	logfile
✘	8F0A	28754	2023-05-07	2022-11-02	2.6	3.77	2.61	3.4	0.031	1.77	0.0	0.13	9.86	0.01	2.388	0.56	0.00	0.8	99.2	0.0	0.72	0.68	0.66	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18060	1212	9	0	0	0	9189	logfile
✘	6R93	4767	2023-05-09	2019-04-02	4.0	4.29	—	4.1	0.010	1.48	2.0	0.10	28.72	0.01	1.600	2.04	0.00	2.5	97.0	0.5	0.30	0.78	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22961	775	10	290	0	0	10123	logfile
✘	7EQ9	31256	2023-05-05	2021-04-30	3.3	3.70	3.42	3.6	0.002	0.47	0.0	0.04	15.65	0.00	2.267	3.70	0.00	3.3	96.7	0.0	1.85	0.60	0.53	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62520	7620	60	0	0	0	0	logfile
✘	6RPL	4978	2023-05-15	2019-05-14	3.85	3.98	—	3.9	0.007	0.95	0.0	0.06	14.56	0.01	0.703	18.70	0.60	12.3	87.7	0.0	-4.26	0.75	0.83	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93960	11340	60	0	0	0	0	logfile
✘	7E8C	31014	2023-05-16	2021-03-01	3.16	2.56	3.11	2.5	0.006	0.98	3.0	0.06	16.36	0.01	1.508	13.70	9.23	7.7	92.0	0.3	-1.93	0.71	0.70	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40225	5218	21	0	0	0	0	logfile
✘	7VXK	32182	2023-05-12	2021-11-12	3.7	4.06	—	3.9	0.002	0.50	0.0	0.04	7.67	0.00	2.235	7.48	0.00	3.8	96.1	0.1	-2.36	0.55	0.60	1.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30079	3814	4	0	0	0	0	logfile
✘	7NHR	12338	2023-05-15	2021-02-11	2.85	3.06	—	3.0	0.006	0.70	0.0	0.05	11.67	0.00	1.796	9.28	0.02	3.6	96.4	0.0	-0.14	0.78	0.87	3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37011	4772	8	0	0	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2023-05-05	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7NG8	12309	2023-05-08	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →