Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7V00	26924	2023-05-08	2022-05-09	3.87	4.80	3.89	3.9	0.006	0.86	0.0	0.05	13.67	0.00	1.987	15.28	0.32	4.7	95.3	0.0	-1.00	0.85	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20420	2430	12	30	2	0	0	logfile
✘	7FJJ	31622	2023-05-16	2021-08-04	3.6	3.87	—	3.4	0.012	1.65	80.0	0.13	16.39	0.01	1.789	17.52	9.73	5.1	94.3	0.5	-0.42	0.81	0.72	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39474	4847	26	48	9	0	0	logfile
✘	7oF0	12865	2023-05-16	2021-05-04	2.2	3.01	2.23	2.8	0.005	0.59	0.0	0.04	14.90	0.00	1.851	7.32	0.08	2.7	97.3	0.0	1.19	0.86	0.87	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99476	8446	62	1432	64	0	0	logfile
✘	7VFV	31960	2023-05-08	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19776	2383	8	0	40	0	0	logfile
✘	8DLY	27520	2023-05-02	2022-07-08	3.0	3.63	2.92	3.6	0.005	0.94	0.0	0.06	12.37	0.01	2.317	1.86	0.37	3.5	96.5	0.0	-1.46	0.63	0.81	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2483	314	3	0	1	0	0	logfile
✘	7WEB	32445	2023-05-12	2021-12-23	3.7	3.99	—	3.7	0.004	0.65	1.0	0.05	13.84	0.00	2.109	11.89	0.15	5.7	94.2	0.1	-1.30	0.84	0.82	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30413	3754	30	0	74	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2023-05-09	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	6VQ9	21345	2023-05-15	2020-02-04	3.6	3.93	—	3.8	0.010	0.90	0.0	0.06	11.23	0.00	1.809	1.10	0.10	2.7	97.1	0.2	0.25	0.65	0.71	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36114	4578	17	0	2	0	0	logfile
✘	7S6C	24868	2023-05-05	2021-09-13	3.1	3.69	—	3.3	0.005	0.74	0.0	0.04	14.16	0.01	2.068	4.24	0.00	4.0	96.0	0.0	-0.30	0.82	0.76	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47369	3190	10	0	2	0	23420	logfile
✘	6WNQ	21854	2023-05-15	2020-04-23	3.4	3.73	—	3.5	0.012	1.16	2.0	0.06	14.48	0.01	1.781	3.91	2.16	3.0	97.0	0.0	-1.62	0.76	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37024	4857	28	0	12	0	0	logfile
✘	6VQG	21349	2023-05-09	2020-02-05	4.2	4.51	—	4.3	0.008	0.98	0.0	0.07	11.37	0.00	2.219	5.30	1.36	2.6	97.2	0.3	0.61	0.64	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20946	2813	18	0	0	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2023-05-09	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	8DBU	27307	2023-05-15	2022-06-14	3.4	3.79	3.34	3.4	0.004	0.83	3.0	0.05	14.18	0.01	1.900	2.64	0.76	1.6	98.4	0.0	-0.05	0.77	0.84	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.80	—	—	—	2.11	36917	4845	28	0	11	0	0	logfile
✘	7EWP	31360	2023-05-11	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	7K1J	22624	2023-05-15	2020-09-07	3.9	3.96	—	3.9	0.010	1.24	0.0	0.07	17.63	0.01	2.066	7.83	1.09	14.5	85.0	0.5	-5.24	0.68	0.71	1.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38040	4600	7	74	0	0	0	logfile
✘	8DLW	27518	2023-05-12	2022-07-08	2.16	3.12	2.26	2.6	0.007	1.05	0.0	0.06	11.12	0.01	2.290	1.95	0.19	2.3	97.7	0.1	0.82	0.87	0.86	4.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30267	3768	33	0	78	0	0	logfile
✘	6oQT	20169	2023-05-15	2019-04-29	3.1	3.48	—	3.3	0.008	0.86	1.0	0.05	14.36	0.00	1.781	3.86	1.96	2.9	97.1	0.0	-2.11	0.78	0.88	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36971	4851	28	0	12	0	0	logfile
✘	6oQW	20172	2023-05-15	2019-04-29	3.1	3.49	—	3.3	0.005	0.82	5.0	0.05	14.42	0.00	1.924	4.66	1.75	3.3	96.6	0.1	-2.30	0.77	0.83	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36901	4847	28	0	12	0	0	logfile
✘	6oQV	20171	2023-05-15	2019-04-29	3.3	3.60	—	3.4	0.010	0.94	1.0	0.05	14.75	0.00	1.740	5.27	2.95	4.1	95.9	0.0	-2.77	0.76	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36971	4851	28	0	12	0	0	logfile
✘	7K0Y	22618	2023-05-16	2020-09-06	3.7	3.80	—	3.7	0.009	1.18	2.0	0.06	17.54	0.01	1.890	6.94	1.27	14.9	84.6	0.5	-5.42	0.74	0.76	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39835	4814	7	74	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 55
• next →