Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7UV9	26809	2023-03-15	2022-04-29	3.2	2.64	3.07	3.0	0.009	0.89	0.0	0.06	26.20	0.01	1.561	5.75	0.30	1.4	98.6	0.0	1.22	0.77	0.75	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15342	1164	11	292	2	0	0	logfile
✘	6RoH	32512	2023-03-14	2019-05-13	2.8	2.20	—	40.0	0.006	0.89	0.0	0.05	13.56	0.01	1.709	4.00	0.23	3.4	96.6	0.0	-4.73	0.04	0.00	0.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11758	1449	7	0	9	2	0	logfile
✘	7TD1	25820	2023-03-15	2021-12-30	3.08	3.31	—	3.3	0.003	0.43	0.0	0.04	11.99	0.00	2.168	2.81	0.28	1.9	98.1	0.0	-0.56	0.52	0.74	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13492	906	5	0	1	0	6593	logfile
✘	5oAF	3773	2023-03-17	2017-06-21	4.06	4.15	—	4.1	0.001	0.47	0.0	0.04	9.13	0.00	2.165	12.39	0.28	2.4	97.6	0.0	-2.75	0.69	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19748	2538	12	0	6	0	0	logfile
✘	7M74	23708	2023-03-15	2021-03-26	3.93	4.17	—	3.1	0.003	0.73	0.0	0.11	9.61	0.01	1.330	3.92	0.00	3.0	97.0	0.0	-3.25	0.91	0.78	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13457	1699	10	0	6	0	0	logfile
✘	6TM2	10517	2023-03-12	2019-12-03	2.95	3.12	—	3.1	0.008	1.01	0.0	0.06	9.31	0.01	2.181	3.02	0.10	11.3	88.7	0.0	-4.14	0.44	0.47	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55254	7230	60	0	54	138	0	logfile
✘	5BK4	9400	2023-03-14	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.23	0.0	0.06	14.44	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	0	logfile
✘	7EGM	31136	2023-03-17	2021-03-24	3.6	3.90	—	3.7	0.005	0.81	0.0	0.05	15.46	0.01	1.440	6.88	8.61	6.3	93.4	0.3	-3.86	0.81	0.81	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19819	2431	8	0	0	0	0	logfile
✘	8ADW	15372	2023-03-12	2022-07-11	2.95	2.93	2.87	3.0	0.009	1.46	0.0	0.07	22.42	0.01	2.469	8.01	23.33	7.7	92.3	0.0	-4.02	0.51	0.80	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6920	990	10	0	0	0	0	logfile
✘	6S1N	10081	2023-03-17	2019-06-19	4.86	4.98	—	4.8	0.009	1.13	2.0	0.06	17.87	0.01	1.929	9.59	0.83	6.3	93.4	0.4	-3.47	0.73	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	7ATE	11921	2023-03-13	2020-10-30	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9056	1098	10	0	9	145	0	logfile
✘	6W1J	21511	2023-03-16	2020-03-04	2.92	3.34	2.83	3.2	0.010	1.17	0.0	0.10	10.28	0.01	2.337	2.46	0.82	5.6	94.4	0.0	-5.20	0.76	0.88	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16861	1965	25	0	41	0	0	logfile
✘	7TC0	25803	2023-03-15	2021-12-22	3.1	3.02	2.78	3.2	0.003	0.59	3.0	0.04	13.32	0.01	1.817	8.24	2.49	4.1	95.9	0.0	-1.78	0.74	0.81	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13809	1781	4	0	11	0	0	logfile
✘	7BSP	30163	2023-03-14	2020-03-31	4.0	4.12	—	4.0	0.005	0.66	0.0	0.04	13.90	0.01	1.928	53.93	0.00	14.6	85.4	0.0	-7.27	0.68	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11010	1352	5	0	5	0	0	logfile
✘	6S1M	10080	2023-03-17	2019-06-19	4.27	4.52	—	4.3	0.010	1.22	2.0	0.08	17.72	0.01	1.193	13.31	1.46	7.2	91.9	0.8	-3.67	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6VUM	21390	2023-03-15	2020-02-16	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14388	1636	8	0	22	0	0	logfile
✘	7oPL	13020	2023-03-17	2021-06-01	4.12	5.46	3.80	3.9	0.004	0.77	1.0	0.05	14.34	0.01	2.116	18.14	0.05	4.5	95.5	0.1	-0.84	0.90	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19743	2442	8	0	4	0	0	logfile
✘	6S5T	10100	2023-03-12	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	7DEG	30657	2023-03-14	2020-11-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12852	1520	12	0	18	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-03-16	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 29
• next →