Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7oPL	13020	2023-03-17	2021-06-01	4.12	5.46	3.80	3.9	0.004	0.77	1.0	0.05	14.34	0.01	2.116	18.14	0.05	4.5	95.5	0.1	-0.84	0.90	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19743	2442	8	0	4	0	0	logfile
✘	6S5T	10100	2023-03-12	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	7P13	13154	2023-03-15	2021-07-01	2.29	1.96	2.28	1.7	0.016	1.06	0.0	0.07	14.07	0.01	2.430	5.24	0.00	3.3	96.7	0.0	2.06	0.82	0.87	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13727	1743	7	0	0	0	154	logfile
✘	7DGR	30674	2023-03-11	2020-11-12	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	107305	13811	102	0	37	0	0	logfile
✘	6PV8	20488	2023-03-17	2019-07-19	3.87	4.04	3.94	4.0	0.006	1.07	1.0	0.07	9.81	0.01	2.057	5.07	0.69	4.9	95.1	0.0	-2.83	0.70	0.79	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20051	2379	28	0	57	8	0	logfile
✘	6TM5	10518	2023-03-14	2019-12-03	3.9	4.07	—	4.1	0.010	1.11	0.0	0.05	15.92	0.01	1.619	28.83	0.76	11.9	87.8	0.3	-4.46	0.36	0.48	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63885	8117	23	0	3	0	0	logfile
✘	6RX4	10049	2023-03-12	2019-06-07	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7347	884	8	0	31	7	0	logfile
✘	7QDS	13925	2023-03-15	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	7KoE	22973	2023-03-16	2020-11-08	2.9	3.08	—	3.0	0.013	1.42	0.0	0.09	15.93	0.02	1.984	10.90	2.18	6.7	93.2	0.1	-4.90	0.76	0.83	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18348	2296	16	0	12	0	0	logfile
✘	6ND1	0440	2023-03-13	2018-12-13	4.1	4.15	—	4.1	0.009	1.23	14.0	0.08	16.24	0.01	2.249	7.63	0.10	3.7	96.2	0.2	-3.89	0.60	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9186	1179	6	0	0	0	0	logfile
✘	6ToA	10542	2023-03-17	2019-12-11	3.47	3.57	—	3.5	0.009	1.24	0.0	0.07	10.85	0.01	2.110	11.06	0.54	11.8	88.0	0.1	-5.85	0.77	0.86	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67896	9006	42	0	0	0	0	logfile
✘	6Bo4	7118	2023-03-16	2017-11-18	4.0	4.00	—	3.8	0.008	1.32	0.0	0.06	11.91	0.01	2.208	16.53	0.75	9.5	90.3	0.2	-4.58	0.78	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18432	2500	4	0	0	0	0	logfile
✘	7CoY	30420	2023-03-13	2020-08-05	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57966	6096	66	0	279	84	0	logfile
✘	7KSL	23019	2023-03-16	2020-11-23	3.5	2.75	3.35	3.3	0.007	0.78	0.0	0.05	14.07	0.01	2.133	8.85	0.12	8.7	91.3	0.0	-3.52	0.73	0.81	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18306	2551	10	0	5	0	0	logfile
✘	7PKN	13473	2023-03-17	2021-08-25	3.2	3.78	—	3.4	0.002	0.55	0.0	0.04	12.63	0.00	2.106	6.10	0.00	2.6	97.4	0.0	2.14	0.77	0.75	1.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18616	2310	12	0	0	1	0	logfile
✘	6JSi	9882	2023-03-14	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	7W4L	32307	2023-03-16	2021-11-28	3.1	3.14	—	3.1	0.007	0.82	2.0	0.05	17.34	0.01	2.198	8.90	0.28	4.2	95.6	0.1	0.78	0.79	0.88	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66469	8140	65	0	36	0	0	logfile
✘	6N9X	0382	2023-03-17	2018-12-04	4.1	4.18	—	4.1	0.006	0.84	0.0	0.05	13.69	0.02	2.131	3.65	0.60	3.9	96.1	0.0	-4.04	0.74	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile
✘	7DUW	30869	2023-03-14	2021-01-12	2.96	2.75	—	3.0	0.008	1.02	0.0	0.05	16.61	0.01	2.162	13.66	0.15	4.0	96.0	0.0	1.16	0.78	0.82	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13276	1640	6	0	12	2	0	logfile
✘	6PPL	20442	2023-03-12	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 29
• next →