Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5BK4	9400	2023-05-05	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.24	0.0	0.06	14.44	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	0	logfile
✘	6RBE	4794	2023-05-10	2019-04-10	3.8	4.03	3.73	40.0	0.007	1.27	0.0	0.06	18.44	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.25	0.02	0.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	6K7M	9941	2023-05-04	2019-06-07	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10591	1307	5	0	9	0	0	logfile
✘	8E9B	27962	2023-05-16	2022-08-26	3.5	3.16	3.52	3.4	0.004	0.71	1.0	0.05	15.36	0.01	2.023	10.91	0.24	5.2	94.7	0.1	0.07	0.74	0.77	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39160	4933	25	0	20	0	0	logfile
✘	5WC3	8795	2023-05-06	2017-06-29	3.5	3.53	—	3.5	0.015	1.18	0.0	0.06	9.37	0.01	1.925	12.86	0.00	8.0	90.5	1.5	-5.20	0.79	0.76	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65880	4170	30	0	0	0	33390	logfile
✘	6PV8	20488	2023-05-08	2019-07-19	3.87	4.04	3.94	4.0	0.006	1.07	1.0	0.07	9.81	0.01	2.057	5.07	0.69	4.9	95.1	0.0	-2.83	0.70	0.79	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20051	2379	28	0	57	8	0	logfile
✘	5XNN	6743	2023-05-04	2017-05-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10020	854	8	0	72	0	0	logfile
✘	7DGR	30674	2023-05-02	2020-11-12	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	107305	13811	102	0	37	0	0	logfile
✘	7U1Q	26303	2023-05-09	2022-02-21	3.9	4.05	—	4.0	0.003	0.54	0.0	0.04	13.67	0.00	2.228	6.87	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.11	0.53	0.75	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21013	2791	11	0	25	0	0	logfile
✘	6W1J	21511	2023-05-07	2020-03-04	2.92	3.34	2.83	3.2	0.010	1.17	0.0	0.10	10.28	0.01	2.337	2.46	0.82	5.6	94.4	0.0	-5.20	0.76	0.88	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16861	1965	25	0	41	0	0	logfile
✘	7DD9	30650	2023-05-15	2020-10-28	2.4	2.49	2.37	2.4	0.007	0.71	0.0	0.05	15.88	0.00	1.932	8.69	1.93	7.1	92.9	0.0	-1.19	0.79	0.87	4.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37149	4516	12	0	12	949	0	logfile
✘	7SiD	25141	2023-05-17	2021-10-13	2.53	2.17	—	2.7	0.003	0.53	0.0	0.04	14.33	0.01	2.072	4.12	0.77	1.7	98.3	0.0	2.49	0.61	0.61	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44650	5566	6	0	4	0	0	logfile
✘	7ATE	11921	2023-05-04	2020-10-30	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9056	1098	10	0	9	145	0	logfile
✘	6HYD	0308	2023-05-05	2018-10-19	3.9	4.01	—	4.0	0.004	0.85	0.0	0.05	9.33	0.01	2.319	2.63	0.24	5.7	94.0	0.3	-6.69	0.74	0.77	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12168	1543	1	0	31	0	0	logfile
✘	7XX2	33498	2023-05-15	2022-05-28	3.6	3.49	3.64	3.3	0.006	0.95	4.0	0.06	13.96	0.01	2.033	16.70	1.27	9.9	90.0	0.0	-1.28	0.86	0.82	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36436	4528	11	0	5	0	0	logfile
✘	7NT5	12581	2023-05-16	2021-03-09	3.5	2.99	3.35	3.3	0.013	2.20	210.0	0.16	15.27	0.01	1.889	6.59	1.47	3.3	96.5	0.2	-2.37	0.67	0.73	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40200	5118	14	78	0	0	0	logfile
✘	5FJ8	3178	2023-05-16	2015-10-06	3.9	3.97	—	4.0	0.004	1.21	0.0	0.04	13.54	0.00	2.035	13.90	4.05	16.0	82.9	1.1	-4.73	0.70	0.69	0.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39284	4804	25	47	41	0	0	logfile
✘	6UZV	20963	2023-05-10	2019-11-15	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72606	6711	60	0	408	0	0	logfile
✘	6PTJ	20471	2023-05-14	2019-07-15	3.8	4.13	—	4.0	0.008	1.12	1.0	0.06	14.87	0.01	2.011	6.46	0.39	10.6	89.2	0.2	-5.32	0.86	0.82	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34361	4280	14	0	0	0	0	logfile
✘	7S8B	24892	2023-05-09	2021-09-17	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21124	2448	8	0	46	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 55
• next →