Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8A6T	15212	2023-05-09	2022-06-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21132	2704	12	0	28	0	0	logfile
✘	7VB7	31874	2023-05-12	2021-08-30	2.4	2.41	—	2.4	0.007	0.77	1.0	0.05	16.42	0.01	1.988	6.35	1.28	3.0	96.9	0.1	0.48	0.76	0.90	5.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29279	3543	45	0	19	736	0	logfile
✘	6XZR	10666	2023-05-06	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7WYX	32897	2023-05-09	2022-02-16	3.4	3.47	—	3.5	0.011	1.35	0.0	0.07	19.01	0.01	1.893	10.48	10.43	8.3	91.0	0.7	-3.31	0.74	0.80	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22714	2654	22	0	78	6	0	logfile
✘	7CZL	30511	2023-05-17	2020-09-09	3.78	4.08	—	3.9	0.012	1.23	2.0	0.06	16.46	0.02	1.261	28.26	1.63	8.5	91.4	0.1	-4.41	0.73	0.77	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40859	4304	55	0	146	0	0	logfile
✘	7AoH	11844	2023-05-16	2020-10-14	2.7	3.03	—	2.8	0.005	0.65	0.0	0.05	13.68	0.00	1.978	3.51	1.59	3.1	96.9	0.0	-0.51	0.83	0.87	4.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39496	4675	16	77	5	0	0	logfile
✘	7KH1	22873	2023-05-16	2020-10-19	3.2	3.17	—	3.5	0.010	0.97	0.0	0.05	14.82	0.01	2.008	25.57	0.66	11.2	88.8	0.0	-2.62	0.51	0.81	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97344	12588	48	0	0	0	0	logfile
✘	7D74	30601	2023-05-15	2020-10-02	3.1	2.42	—	3.0	0.009	1.38	1.0	0.08	19.73	0.01	1.922	10.36	8.87	4.8	94.8	0.4	-2.46	0.51	0.65	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35353	4503	24	0	12	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2023-05-04	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	6RH3	4882	2023-05-11	2019-04-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26300	3207	9	58	4	0	0	logfile
✘	7TU6	26127	2023-05-16	2022-02-02	2.7	2.11	2.73	2.0	0.007	0.79	6.0	0.06	13.43	0.01	1.892	3.29	0.62	3.0	97.0	0.0	0.38	0.77	0.76	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20028	2580	12	0	18	0	0	logfile
✘	7ZDV	14671	2023-05-04	2022-03-29	3.05	3.19	2.98	3.1	0.006	0.74	0.0	0.05	14.00	0.00	1.993	8.93	0.11	2.2	97.8	0.0	-2.81	0.73	0.88	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8877	1141	2	0	2	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2023-05-08	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	8	0	44	0	292	logfile
✘	8E97	27958	2023-05-08	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	13.30	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	6SJE	10215	2023-05-10	2019-08-13	4.1	4.27	—	4.1	0.003	0.59	0.0	0.04	13.69	0.01	2.264	4.40	3.06	2.1	97.9	0.0	-3.60	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24115	2847	4	68	0	0	0	logfile
✘	6PCV	20308	2023-05-04	2019-06-18	3.2	2.93	3.33	3.3	0.006	0.98	0.0	0.06	14.31	0.01	2.235	6.90	0.71	4.0	96.0	0.0	-3.37	0.71	0.72	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1155	3	0	0	0	0	logfile
✘	6LRS	0960	2023-05-12	2020-01-16	3.37	2.99	—	3.4	0.006	1.04	0.0	0.06	10.05	0.01	2.260	10.82	0.38	6.7	93.3	0.0	-5.21	0.63	0.74	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30156	3832	12	0	0	0	0	logfile
✘	6SMH	10235	2023-05-16	2019-08-21	4.3	4.36	—	4.3	0.009	1.33	2.0	0.07	17.19	0.04	0.292	54.32	14.61	12.0	85.8	2.2	-4.97	0.68	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39744	5025	16	0	0	0	0	logfile
✘	6H3i	0133	2023-05-08	2018-07-18	3.5	3.59	—	3.5	0.009	0.92	0.0	0.05	10.08	0.01	2.012	39.59	0.40	21.4	78.4	0.2	-5.64	0.78	0.86	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20599	2597	3	0	0	0	53	logfile
✘	6LQM	0948	2023-05-14	2020-01-14	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139464	7108	53	3808	251	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →