Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7E0H	30932	2023-03-12	2021-01-28	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	0	57	0	0	logfile
✘	7CFS	30346	2023-03-13	2020-06-28	3.56	3.72	—	3.7	0.008	0.94	0.0	0.06	15.94	0.01	1.835	5.64	0.60	5.9	94.1	0.0	-5.35	0.79	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9974	1278	6	0	10	0	0	logfile
✘	7MJo	23880	2023-03-17	2021-04-20	4.0	4.18	—	4.1	0.008	1.06	0.0	0.05	13.98	0.01	1.857	8.45	0.00	9.0	91.0	0.0	-1.30	0.57	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19977	2981	13	0	25	0	0	logfile
✘	7A92	11682	2023-03-13	2020-09-01	4.2	4.58	4.29	4.2	0.007	0.84	0.0	0.06	14.53	0.01	2.222	3.92	1.19	5.2	94.7	0.1	-2.44	0.77	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10040	1231	5	0	10	0	0	logfile
✘	7N6B	24206	2023-03-12	2021-06-08	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5942	757	1	0	2	0	0	logfile
✘	7T4K	25678	2023-03-12	2021-12-10	3.25	3.56	3.27	3.4	0.005	0.88	0.0	0.05	12.76	0.01	2.287	3.74	0.15	2.3	97.7	0.0	0.51	0.73	0.84	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6180	782	2	0	0	0	0	logfile
✘	6KN8	0729	2023-03-14	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	7EK1	31165	2023-03-11	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	7VDM	31923	2023-03-13	2021-09-07	2.98	2.90	—	3.0	0.008	1.29	0.0	0.07	13.54	0.01	2.261	4.17	0.22	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.66	0.77	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8563	1096	7	0	1	0	0	logfile
✘	7WPP	32687	2023-03-16	2022-01-24	2.85	2.43	—	2.8	0.009	1.17	0.0	0.14	10.74	0.01	2.041	3.55	0.74	10.0	89.9	0.1	-4.29	0.70	0.74	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18252	2372	8	0	16	0	0	logfile
✘	6D7T	7825	2023-03-17	2018-04-25	4.44	4.50	—	4.4	0.010	1.49	0.0	0.07	14.79	0.01	1.997	11.74	5.48	10.7	88.8	0.5	-5.38	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19654	2444	8	0	6	0	0	logfile
✘	7oZS	13134	2023-03-14	2021-06-28	3.5	4.00	—	3.6	0.004	0.79	0.0	0.05	13.79	0.01	2.282	3.82	0.29	3.7	96.3	0.0	-1.44	0.89	0.85	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12770	1314	7	119	23	0	0	logfile
✘	7M3G	23654	2023-03-14	2021-03-18	2.5	2.29	—	1.8	0.007	0.96	14.0	0.06	17.07	0.01	2.281	2.21	0.93	3.0	97.0	0.0	-2.02	0.84	0.85	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13298	1627	11	0	41	0	0	logfile
✘	7VFF	31951	2023-03-14	2021-09-13	4.1	3.76	3.90	4.0	0.007	0.72	0.0	0.05	13.87	0.00	2.334	2.40	0.41	3.6	96.4	0.0	-0.82	0.79	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12579	1581	3	0	0	0	0	logfile
✘	6WHA	21669	2023-03-12	2020-04-07	3.36	3.16	—	3.4	0.012	1.20	2.0	0.08	13.68	0.01	2.284	6.97	2.99	4.1	95.9	0.0	-0.19	0.78	0.85	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7888	1074	6	0	1	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2023-03-13	2020-05-02	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	5T4D	8354	2023-03-15	2016-08-29	3.0	3.12	2.96	3.1	0.010	0.81	0.0	0.05	8.91	0.00	2.120	12.34	0.26	4.4	95.6	0.0	-2.69	0.75	0.79	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14876	1852	8	0	12	0	0	logfile
✘	7TSZ	26105	2023-03-17	2022-01-31	4.5	4.77	—	4.6	0.005	0.89	0.0	0.05	11.13	0.01	2.032	6.90	0.00	1.2	98.8	0.0	0.72	0.73	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19722	1286	6	0	0	0	9670	logfile
✘	5LNK	4479	2023-03-14	2016-08-04	3.9	3.83	7.93	96.0	0.007	1.05	0.0	1.04	10.85	0.01	2.038	25.44	0.32	12.6	86.9	0.5	-4.85	0.00	0.00	-0.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63760	7918	61	0	144	0	0	logfile
✘	7AA5	11690	2023-03-17	2020-09-03	4.18	4.64	—	4.4	0.006	0.92	2.0	0.04	14.67	0.00	2.119	21.41	2.04	15.1	84.7	0.2	-4.78	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19705	2448	5	0	1	0	8	logfile

• ← previous
• Page 3 of 29
• next →