Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7D73	30600	2023-05-15	2020-10-02	3.0	2.48	—	2.7	0.011	1.23	7.0	0.07	19.92	0.01	1.302	10.00	10.36	6.3	93.4	0.3	-3.01	0.55	0.71	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35292	4495	24	0	12	0	0	logfile
✘	7X0X	32928	2023-05-12	2022-02-22	2.56	3.09	2.66	3.0	0.008	1.00	0.0	0.06	15.31	0.01	2.280	3.83	1.15	4.7	95.3	0.0	-5.09	0.74	0.82	4.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15680	1904	8	0	4	0	0	logfile
✘	7NNL	12478	2023-05-05	2021-02-25	3.1	3.27	3.06	3.2	0.006	0.91	0.0	0.05	15.46	0.01	2.230	6.05	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.05	0.70	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11099	1456	6	0	13	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2023-05-04	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	7XEo	33157	2023-05-08	2022-03-31	2.89	3.27	3.13	3.3	0.003	0.70	4.0	0.05	12.94	0.00	2.214	13.56	0.74	4.3	94.7	1.0	0.03	0.75	0.82	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19980	2456	4	0	0	0	0	logfile
✘	7W01	32233	2023-05-05	2021-11-17	3.3	3.43	—	3.4	0.011	1.11	1.0	0.06	15.95	0.01	1.717	9.85	0.60	13.3	85.9	0.8	-4.55	0.68	0.86	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12724	1598	1	0	7	0	0	logfile
✘	8FE1	29019	2023-05-06	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	0	logfile
✘	7UNL	26626	2023-05-05	2022-04-11	2.45	3.35	2.50	3.1	0.003	0.56	0.0	0.04	14.66	0.00	2.143	2.41	1.94	1.1	98.9	0.0	2.30	0.72	0.83	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11724	734	6	0	8	120	5900	logfile
✘	7AR8	11876	2023-05-05	2020-10-23	3.53	3.65	3.41	3.6	0.004	0.73	0.0	0.07	14.85	0.00	2.002	12.79	0.03	7.3	92.7	0.0	-0.59	0.78	0.83	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61461	7676	64	0	55	0	0	logfile
✘	7VYS	32214	2023-05-16	2021-11-15	2.5	2.59	—	2.6	0.008	0.85	0.0	0.04	18.82	0.01	1.328	6.47	0.97	3.5	96.4	0.1	1.73	0.76	0.91	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40113	4727	64	0	27	425	0	logfile
✘	7VoY	32062	2023-05-09	2021-10-15	4.2	3.14	—	3.1	0.009	0.97	0.0	0.10	14.41	0.01	2.056	16.17	1.25	4.6	95.4	0.0	0.99	0.45	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22119	2479	71	0	44	0	0	logfile
✘	6NT4	0501	2023-05-05	2019-01-28	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11924	1406	5	0	20	0	0	logfile
✘	6NT3	0500	2023-05-05	2019-01-28	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10934	1278	5	0	20	0	0	logfile
✘	7MDi	23773	2023-05-13	2021-04-05	4.3	4.42	—	4.3	0.006	0.75	0.0	0.04	13.13	0.00	2.089	11.76	0.17	10.8	89.2	0.1	-4.24	0.78	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30608	4348	20	0	24	24	0	logfile
✘	7PD3	13329	2023-05-03	2021-08-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108076	9276	76	1522	125	0	0	logfile
✘	7V7N	31775	2023-05-10	2021-08-21	2.9	3.77	—	3.2	0.005	0.62	0.0	0.05	13.70	0.00	2.171	6.62	0.00	5.4	94.4	0.1	0.11	0.89	0.87	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25430	3101	42	0	85	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2023-05-04	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	11.12	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7WRF	32725	2023-05-13	2022-01-26	3.04	3.32	—	3.3	0.008	0.99	0.0	0.06	10.46	0.01	2.294	4.47	0.12	6.2	93.8	0.0	-3.74	0.71	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30469	3720	8	0	9	0	0	logfile
✘	6JP8	9867	2023-05-09	2019-03-26	2.7	2.51	—	2.6	0.013	1.48	8.0	0.12	14.01	0.01	1.877	25.96	6.07	7.2	92.3	0.5	-4.05	0.38	0.52	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21801	2694	14	0	29	0	0	logfile
✘	7AoC	11840	2023-05-12	2020-10-14	3.84	3.91	—	3.9	0.007	0.88	0.0	0.05	15.05	0.01	1.929	15.82	0.33	11.2	88.5	0.3	-4.08	0.70	0.81	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29724	3746	17	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 55
• next →