Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8T1E	40961	2023-10-10	2023-06-02	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22115	2516	12	0	43	36	0	logfile
✘	6XXE	10648	2023-10-06	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.471	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	7VDM	31923	2023-10-04	2021-09-07	2.98	2.90	—	3.0	0.008	1.29	0.0	0.07	13.54	0.01	2.261	4.17	0.22	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.66	0.77	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8563	1096	7	0	1	0	0	logfile
✘	7EK1	31165	2023-10-02	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	8C29	16389	2023-10-10	2022-12-21	2.785	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71174	6772	117	0	358	280	0	logfile
✘	3A5X	1641	2023-10-02	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2023-10-04	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	6RQT	4985	2023-10-19	2019-05-16	4.0	4.06	—	4.1	0.007	1.20	2.0	0.07	13.82	0.01	1.938	13.90	1.35	14.8	85.0	0.1	-5.39	0.64	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39820	4915	22	32	6	0	0	logfile
✘	7NJ3	12371	2023-10-14	2021-02-15	4.48	4.72	—	4.6	0.004	0.70	1.0	0.05	13.64	0.00	1.907	8.92	0.38	4.2	95.8	0.0	-0.73	0.57	0.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28778	1795	6	23	0	0	13868	logfile
✘	8EiR	28162	2023-10-03	2022-09-15	2.49	3.15	2.50	3.0	0.005	0.81	0.0	0.05	16.40	0.01	1.960	4.05	2.61	2.2	97.4	0.3	-1.27	0.86	0.84	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	632	4	0	0	0	0	logfile
✘	6M0S	30035	2023-10-20	2020-02-22	3.6	3.77	—	3.7	0.004	0.65	0.0	0.04	8.18	0.00	2.205	1.30	0.00	1.9	98.1	0.0	-4.94	0.71	0.74	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44660	2909	15	0	0	0	22618	logfile
✘	8B3o	15831	2023-10-10	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8SS7	40746	2023-10-09	2023-05-08	2.76	2.92	2.87	3.0	0.022	1.64	0.0	0.36	17.40	0.01	2.252	6.95	1.45	5.7	93.8	0.5	-5.34	0.68	0.77	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19437	2266	12	0	46	0	0	logfile
✘	2XEA	1730	2023-10-05	2010-05-12	4.6	4.10	—	4.2	0.012	2.12	0.0	0.12	20.46	0.02	1.226	2.63	3.68	8.6	90.1	1.3	-3.51	0.39	0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62671	7546	98	147	0	0	0	logfile
✘	8ADW	15372	2023-10-03	2022-07-11	2.95	2.93	2.87	3.0	0.009	1.46	0.0	0.07	22.42	0.01	2.469	8.01	23.33	7.7	92.3	0.0	-4.02	0.51	0.80	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6920	990	10	0	0	0	0	logfile
✘	8BQW	16189	2023-10-08	2023-01-18	2.3	2.12	2.14	2.2	0.008	1.14	0.0	0.07	8.96	0.00	0.052	12.77	0.00	9.6	90.4	0.0	-3.78	0.46	0.75	7.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17385	2310	90	0	270	135	0	logfile
✘	8DMG	27536	2023-10-08	2022-07-08	4.4	5.39	4.50	4.6	0.029	2.33	20.0	0.12	16.89	0.01	0.312	28.72	6.80	6.0	92.3	1.7	-2.43	0.79	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16844	2068	4	0	18	0	202	logfile
✘	5LJV	4062	2023-10-07	2016-07-21	3.64	3.75	—	3.7	0.030	2.85	85.0	0.16	18.81	0.02	2.070	21.28	11.82	7.4	89.7	2.9	-4.53	0.71	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15000	1950	12	0	12	0	0	logfile
✘	6BZE	7314	2023-10-07	2017-12-23	4.0	4.03	—	4.0	0.009	1.42	0.0	0.08	17.34	0.01	1.648	79.81	9.00	13.2	86.4	0.4	-5.34	0.37	0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7072	848	8	0	0	0	0	logfile
✘	8oR2	17115	2023-10-08	2023-04-12	3.2	2.36	3.12	3.0	0.007	0.76	13.0	0.06	14.65	0.00	1.805	7.23	1.24	3.3	96.7	0.0	1.99	0.72	0.66	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16558	2072	5	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 58
• next →