Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6J99	9783	2023-10-10	2019-01-22	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.88	—	—	—	4.1	0.004	0.79	0.0	0.04	27.39	0.00	2.135	19.54	0.20	5.7	94.3	0.0	-0.95	—	0.78	0.78	—	15266	1164	12	289	0	0	0	logfile
✘	6PPE	20434	2023-10-20	2019-07-06	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.78	—	—	4.24	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	14.59	0.00	1.924	5.42	0.00	2.3	97.7	0.0	1.70	—	0.77	0.86	3.68	43736	2814	42	0	0	14	21896	logfile
✘	6PPD	20433	2023-10-10	2019-07-06	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.49	—	—	2.40	3.6	0.004	0.72	0.0	0.04	15.94	0.00	2.084	10.22	0.40	4.9	95.0	0.0	-1.64	—	0.50	0.82	2.02	68769	8728	16	0	0	0	0	logfile
✘	8F8S	28935	2023-10-10	2022-11-22	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.35	—	—	3.68	1.9	0.003	0.66	0.0	0.05	17.12	0.00	1.972	7.88	1.88	3.5	96.5	0.0	0.36	—	0.79	0.84	3.18	20371	2579	14	0	14	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2023-10-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.005	0.71	0.0	0.04	15.42	0.01	2.070	22.73	0.00	8.6	91.0	0.4	-1.53	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6o9K	0662	2023-10-21	2019-03-14	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.96	—	—	—	4.0	0.003	0.71	0.0	0.03	16.29	0.01	2.027	24.45	0.78	8.9	90.5	0.5	-2.16	—	0.92	0.85	—	146597	6162	55	4594	0	0	0	logfile
✘	6PV6	20486	2023-10-08	2019-07-19	4.5	5.79	—	3.8	0.006	1.04	0.0	0.05	10.65	0.01	1.373	9.47	0.31	11.0	88.9	0.1	-4.72	0.60	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	7JMG	22393	2023-10-08	2020-07-31	4.5	7.15	—	4.3	0.005	0.93	0.0	0.05	9.82	0.01	1.373	7.38	0.27	10.3	89.6	0.1	-4.77	0.57	0.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	7LWD	23545	2023-10-03	2021-03-01	3.65	3.91	3.58	3.9	0.011	0.97	0.0	0.04	14.88	0.00	2.024	11.24	0.00	6.4	93.6	0.0	-4.15	0.67	0.81	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6163	769	4	0	3	0	0	logfile
✘	7MGW	23830	2023-10-03	2021-04-13	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6223	765	5	0	18	0	0	logfile
✘	7ZDL	14653	2023-10-04	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9029	1152	4	0	5	0	0	logfile
✘	7DWQ	30882	2023-10-09	2021-01-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19961	1943	18	0	100	0	0	logfile
✘	7TFJ	25874	2023-10-10	2022-01-06	3.3	3.54	—	3.5	0.003	0.62	0.0	0.04	14.87	0.00	2.088	7.61	0.09	2.8	97.2	0.0	0.19	0.76	0.81	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20607	2486	15	42	9	0	0	logfile
✘	6UMM	20820	2023-10-11	2019-10-09	3.7	6.74	4.15	4.0	0.006	0.79	0.0	0.04	13.23	0.00	2.203	11.97	0.17	4.8	95.2	0.0	-2.07	0.55	0.56	-0.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23658	3184	10	0	0	0	0	logfile
✘	7JMJ	22396	2023-10-08	2020-07-31	4.5	5.51	—	4.3	0.007	1.08	0.0	0.05	10.58	0.01	1.373	9.90	0.62	11.3	88.5	0.3	-4.67	0.56	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	5WSG	6684	2023-10-12	2016-12-07	4.0	4.08	—	4.0	0.015	1.47	46.0	0.08	14.82	0.01	1.580	27.87	1.96	12.5	85.9	1.6	-4.87	0.46	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76730	8620	51	376	883	0	0	logfile
✘	8DGJ	27427	2023-10-06	2022-06-23	4.02	4.32	4.05	4.1	0.007	1.24	2.0	0.06	14.25	0.01	2.213	11.07	0.13	7.4	92.3	0.3	-2.71	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13574	1689	2	0	0	0	0	logfile
✘	8BDR	15984	2023-10-17	2022-10-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36256	2173	8	43	3	0	17940	logfile
✘	5WP6	8871	2023-10-14	2017-08-03	3.8	4.03	—	3.8	0.062	4.81	0.0	0.06	10.88	0.01	2.083	3.10	0.30	6.7	93.3	0.0	-3.61	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29036	3908	8	0	8	0	0	logfile
✘	7ZDB	14640	2023-10-04	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8803	1122	4	0	6	0	0	logfile

• Page 1 of 58
• next →