Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ZK7	14757	2023-10-04	2022-04-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9112	1158	1	0	3	0	0	logfile
✘	7QSN	14139	2023-10-10	2022-01-13	2.81	2.74	2.82	2.7	0.008	0.92	0.0	0.85	15.31	0.00	1.443	3.83	0.01	3.3	96.7	0.0	-0.45	0.77	0.87	4.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69320	8201	116	0	59	1096	0	logfile
✘	7QSK	14132	2023-10-10	2022-01-13	2.84	2.93	2.90	2.8	0.008	0.91	0.0	0.84	15.15	0.00	1.435	3.34	0.15	3.1	96.9	0.1	0.26	0.77	0.87	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69987	8291	116	0	59	1060	0	logfile
✘	7QSL	14133	2023-10-10	2022-01-13	2.76	2.80	2.81	2.7	0.010	0.96	0.0	0.84	14.23	0.00	1.561	3.91	0.06	3.1	96.8	0.0	-0.57	0.78	0.89	5.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69734	8287	109	0	56	1024	0	logfile
✘	7R42	14256	2023-10-10	2022-02-08	2.3	2.33	—	2.3	0.008	0.85	0.0	0.84	17.08	0.01	1.921	3.20	1.23	2.6	97.4	0.0	0.55	0.71	0.90	5.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69480	8204	114	0	58	1545	0	logfile
✘	8CGi	16644	2023-10-08	2023-02-04	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17553	841	20	460	43	948	0	logfile
✘	8D85	27247	2023-10-03	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	11.75	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	7Z30	14469	2023-10-19	2022-03-01	2.9	2.45	2.92	2.6	0.004	0.73	0.0	0.05	18.29	0.01	1.908	14.27	2.80	5.5	94.4	0.1	-1.03	0.57	0.76	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40685	5103	25	0	35	1	0	logfile
✘	7R47	14282	2023-10-09	2022-02-08	2.3	2.29	—	2.3	0.008	0.81	0.0	0.85	17.14	0.01	1.921	2.60	1.15	2.1	97.9	0.0	0.85	0.73	0.90	6.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68578	8089	116	0	51	1836	0	logfile
✘	7R41	14251	2023-10-10	2022-02-08	2.3	2.35	—	2.4	0.008	0.85	0.0	0.84	16.93	0.01	1.904	3.40	1.01	2.4	97.5	0.0	0.57	0.71	0.90	5.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69138	8194	111	0	57	1307	0	logfile
✘	7E1V	30943	2023-10-19	2021-02-03	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42279	5122	34	0	59	0	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2023-10-04	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	0	logfile
✘	8Gi9	40063	2023-10-03	2023-03-13	2.84	3.09	2.82	3.1	0.009	1.11	0.0	0.10	15.66	0.00	1.878	8.12	0.00	4.6	95.4	0.0	1.20	0.57	0.79	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6852	720	3	0	39	45	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2023-10-10	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.22	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	8DBY	27317	2023-10-08	2022-06-15	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16794	1998	12	0	8	770	0	logfile
✘	7XUH	33469	2023-10-05	2022-05-18	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11380	1414	6	0	10	4	0	logfile
✘	8HG5	34735	2023-10-03	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	8FC8	28976	2023-10-18	2022-12-01	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39152	2468	8	0	8	0	19384	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-10-04	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	0	9	4	0	logfile
✘	7RBV	24403	2023-10-15	2021-07-06	3.6	3.85	—	3.8	0.005	0.79	0.0	0.05	13.64	0.00	2.167	6.90	0.19	8.0	91.8	0.2	-1.94	0.72	0.74	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30431	3718	40	0	111	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 58
• next →