Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7V69	31739	2023-05-04	2021-08-20	3.4	2.24	—	2.0	0.003	0.65	0.0	0.04	12.64	0.00	2.096	13.28	0.00	2.9	97.1	0.0	-2.02	0.68	0.64	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8539	1122	5	0	0	0	0	logfile
✘	7Fii	31598	2023-05-04	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.66	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	0	0	logfile
✘	7VZ8	32222	2023-05-15	2021-11-15	2.7	2.77	—	2.7	0.006	0.81	0.0	0.04	18.09	0.01	2.199	7.97	1.35	3.8	96.1	0.1	1.51	0.76	0.91	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39019	4648	64	0	21	345	0	logfile
✘	6VE2	21152	2023-05-12	2019-12-28	4.3	4.80	4.34	4.2	0.006	1.23	0.0	0.07	5.37	0.01	2.173	16.97	0.00	4.7	94.9	0.5	-0.93	0.83	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30198	6153	21	0	0	0	0	logfile
✘	7VWL	32155	2023-05-16	2021-11-11	2.7	2.79	—	2.8	0.007	0.88	2.0	0.05	15.56	0.01	2.079	12.06	0.20	4.0	95.9	0.1	1.41	0.74	0.87	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39049	4652	62	0	22	345	0	logfile
✘	8GVC	34290	2023-05-03	2022-09-14	2.89	3.10	2.90	3.2	0.002	0.48	0.0	0.04	14.66	0.00	1.670	13.40	1.14	2.0	97.8	0.2	2.06	0.64	0.82	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8080	1022	4	0	2	0	0	logfile
✘	7LX0	23563	2023-05-10	2021-03-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72462	6699	60	0	447	0	0	logfile
✘	6oo5	20146	2023-05-07	2019-04-22	4.2	4.30	4.10	4.2	0.012	1.05	0.0	0.06	9.23	0.01	2.246	3.18	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.65	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17548	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	7WGX	32491	2023-05-10	2021-12-29	3.5	3.82	—	3.8	0.017	1.20	0.0	0.05	13.43	0.00	2.256	4.67	0.00	3.9	95.6	0.5	-0.06	0.79	0.83	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25629	3165	21	0	60	0	0	logfile
✘	8B4o	15851	2023-05-03	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile
✘	6NR3	0488	2023-05-10	2019-01-22	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25180	3232	8	0	196	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2023-05-07	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7VBL	31881	2023-05-16	2021-08-31	2.6	2.63	—	2.6	0.009	1.08	7.0	0.06	16.48	0.01	1.707	12.57	0.98	3.8	96.0	0.2	-0.18	0.72	0.88	4.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40142	4727	63	0	28	431	0	logfile
✘	7W7F	32343	2023-05-05	2021-12-04	3.35	3.74	—	3.7	0.015	1.03	0.0	0.07	17.29	0.01	2.144	13.75	0.31	8.1	91.6	0.3	-1.42	0.42	0.74	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11987	1424	7	0	29	0	0	logfile
✘	6oMF	20090	2023-05-12	2019-04-18	3.26	3.79	—	3.7	0.012	1.03	1.0	0.06	19.51	0.01	1.800	9.63	12.34	7.2	92.6	0.2	-4.28	0.70	0.72	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30251	3616	10	92	3	0	0	logfile
✘	7ZDW	14675	2023-05-04	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9039	1159	2	0	3	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2023-05-09	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	8.64	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6oo3	20143	2023-05-07	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	7W9L	32369	2023-05-06	2021-12-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14915	1712	8	0	40	0	0	logfile
✘	7MD3	23764	2023-05-08	2021-04-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45992	3133	13	0	8	0	22961	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →