Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6QoZ	4610	2023-05-08	2019-02-13	3.4	3.65	3.13	3.5	0.011	1.46	4.0	0.09	15.40	0.01	1.243	4.20	5.13	6.0	93.1	0.9	-3.28	0.40	0.62	0.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17987	2307	9	0	0	0	0	logfile
✘	6L4T	0834	2023-05-10	2019-10-21	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23863	1851	26	0	192	12	0	logfile
✘	7F4V	31455	2023-05-07	2021-06-21	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67641	6336	78	0	453	402	0	logfile
✘	7DR0	30820	2023-05-09	2020-12-25	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22745	2171	20	0	111	0	0	logfile
✘	8EQM	28539	2023-05-16	2022-10-08	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42502	4678	74	0	132	590	0	logfile
✘	7XAV	33100	2023-05-03	2022-03-19	2.87	3.03	2.89	3.1	0.009	1.05	0.0	0.06	14.14	0.01	1.494	7.90	0.71	8.3	91.7	0.0	-4.66	0.63	0.77	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8410	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	6XWR	10636	2023-05-04	2020-01-24	3.22	3.96	—	3.7	0.008	0.75	0.0	0.05	12.81	0.00	2.122	11.13	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.71	0.74	0.85	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9564	1278	3	0	0	0	0	logfile
✘	8F0A	28754	2023-05-07	2022-11-02	2.6	3.77	2.61	3.4	0.031	1.77	0.0	0.13	9.86	0.01	2.388	0.56	0.00	0.8	99.2	0.0	0.72	0.68	0.66	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18060	1212	9	0	0	0	9189	logfile
✘	5XTH	6775	2023-05-05	2017-06-19	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115642	14193	113	0	63	0	0	logfile
✘	7X93	33065	2023-05-05	2022-03-15	3.3	4.15	3.28	3.9	0.003	0.54	0.0	0.07	13.01	0.00	1.890	6.39	0.00	5.6	94.3	0.1	-0.89	0.81	0.82	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12742	828	8	0	8	0	6162	logfile
✘	8AXN	15702	2023-05-15	2022-08-31	3.34	3.51	3.30	3.5	0.003	0.58	0.0	0.04	9.93	0.00	2.125	6.78	3.52	5.4	94.6	0.0	-0.25	0.76	0.84	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94656	11704	64	0	0	0	0	logfile
✘	8EAM	27981	2023-05-10	2022-08-29	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	8DMM	27544	2023-05-04	2022-07-08	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9314	1152	4	0	4	0	0	logfile
✘	7XT9	33443	2023-05-06	2022-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14875	927	4	0	7	0	7351	logfile
✘	8A57	15161	2023-05-15	2022-06-14	2.3	1.87	2.34	2.1	0.011	1.72	2.0	0.12	15.42	0.02	1.972	3.26	2.49	7.1	91.7	1.2	-3.32	0.61	0.75	3.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92760	3527	39	3022	167	0	0	logfile
✘	7D5i	30582	2023-05-03	2020-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✘	8EAJ	27978	2023-05-12	2022-08-29	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8EAF	27974	2023-05-12	2022-08-29	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8EP0	28494	2023-05-10	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8EAH	27976	2023-05-12	2022-08-29	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →