Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ToA	10542	2023-03-17	2019-12-11	3.47	3.57	—	3.5	0.009	1.24	0.0	0.07	10.85	0.01	2.110	11.06	0.54	11.8	88.0	0.1	-5.85	0.77	0.86	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67896	9006	42	0	0	0	0	logfile
✘	7JMH	22394	2023-03-16	2020-07-31	4.5	5.68	—	4.4	0.005	1.02	0.0	0.05	10.48	0.01	1.373	9.43	0.46	11.7	88.2	0.1	-4.60	0.56	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	6JGZ	9824	2023-03-13	2019-02-16	4.6	4.96	—	4.6	0.007	1.13	0.0	0.06	11.54	0.01	2.171	11.98	0.73	11.3	88.3	0.4	-4.06	0.78	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109824	14368	12	0	4	0	0	logfile
✘	6Jii	9834	2023-03-14	2019-02-21	4.2	4.38	—	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	11.41	0.01	2.208	7.63	0.57	11.2	88.4	0.4	-4.07	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115028	15012	16	0	16	0	0	logfile
✘	7JMJ	22396	2023-03-16	2020-07-31	4.5	5.51	—	4.3	0.007	1.08	0.0	0.05	10.58	0.01	1.373	9.90	0.62	11.3	88.5	0.3	-4.67	0.56	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	7K4C	22664	2023-03-17	2020-09-15	3.78	4.46	—	4.3	0.009	1.09	0.0	0.06	11.45	0.01	2.296	5.28	0.00	11.4	88.5	0.2	-5.34	0.74	0.80	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19744	2444	8	0	7	0	0	logfile
✘	7D06	30525	2023-03-16	2020-09-09	3.1	3.23	—	3.2	0.012	1.54	0.0	0.06	19.08	0.02	2.021	10.56	4.91	10.4	88.6	1.0	-5.86	0.75	0.85	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18328	2374	15	0	12	0	0	logfile
✘	6TM2	10517	2023-03-12	2019-12-03	2.95	3.12	—	3.1	0.008	1.01	0.0	0.06	9.31	0.01	2.181	3.02	0.10	11.3	88.7	0.0	-4.14	0.44	0.47	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55254	7230	60	0	54	138	0	logfile
✘	6D7T	7825	2023-03-17	2018-04-25	4.44	4.50	—	4.4	0.010	1.49	0.0	0.07	14.79	0.01	1.997	11.74	5.48	10.7	88.8	0.5	-5.38	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19654	2444	8	0	6	0	0	logfile
✘	6UE9	20751	2023-03-16	2019-09-20	2.9	3.89	—	4.2	0.007	1.05	0.0	0.06	13.69	0.01	2.241	3.10	0.32	11.2	88.8	0.0	-3.87	0.59	0.37	0.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18227	2475	17	0	12	0	0	logfile
✘	6PV6	20486	2023-03-16	2019-07-19	4.5	5.79	—	3.8	0.006	1.04	0.0	0.05	10.65	0.01	1.373	9.47	0.31	11.0	88.9	0.1	-4.72	0.60	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	5TAQ	8382	2023-03-16	2016-09-10	4.1	4.24	4.25	4.1	0.005	0.97	0.0	0.05	10.16	0.01	1.373	4.58	0.43	10.9	88.9	0.2	-5.26	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121456	13500	12	0	3720	0	0	logfile
✘	6SNH	10257	2023-03-13	2019-08-24	3.9	4.16	—	3.9	0.008	1.24	1.0	0.06	14.34	0.00	2.181	19.70	1.49	11.0	88.9	0.1	-4.30	0.65	0.71	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7315	918	4	0	1	1	0	logfile
✘	5M5H	4155	2023-03-11	2016-10-21	4.5	2.29	—	2.2	0.007	1.50	0.0	0.08	12.37	0.01	2.186	39.89	0.00	8.7	88.9	2.4	-5.94	0.14	0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1086	132	1	0	0	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2023-03-13	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	6JH6	9825	2023-03-12	2019-02-17	4.8	5.31	—	4.8	0.006	1.07	1.0	0.05	11.37	0.01	2.197	12.11	0.58	10.8	88.9	0.3	-4.03	0.79	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108924	14244	12	0	8	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2023-03-14	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.471	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6Ji8	9833	2023-03-14	2019-02-20	3.6	3.80	—	3.7	0.010	1.26	8.0	0.06	11.98	0.01	2.196	8.60	1.03	10.5	89.0	0.5	-4.77	0.73	0.77	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115060	15024	16	0	4	0	0	logfile
✘	6CFW	7468	2023-03-17	2018-02-17	3.7	3.82	—	3.8	0.010	1.27	1.0	0.07	12.05	0.01	1.968	4.52	1.60	10.7	89.0	0.4	-4.93	0.70	0.86	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19589	2530	17	0	4	0	0	logfile
✘	6iFK	9653	2023-03-17	2018-09-20	3.2	3.32	—	3.3	0.009	1.20	1.0	0.06	12.74	0.01	2.046	6.33	1.01	10.7	89.0	0.3	-4.87	0.74	0.82	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19448	2256	11	67	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 29
• next →