Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6T0N	10356	2023-03-15	2019-10-03	2.54	2.64	2.56	2.6	0.005	0.69	0.0	0.05	14.69	0.01	2.105	3.18	4.90	4.3	95.4	0.2	-2.43	0.73	0.89	4.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14598	1703	12	29	2	268	0	logfile
✘	7CUB	30471	2023-03-13	2020-08-22	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9842	1199	7	0	9	13	0	logfile
✘	7R1F	14240	2023-03-16	2022-02-02	2.58	3.46	2.66	2.8	0.009	0.62	0.0	0.04	12.11	0.00	2.035	6.90	2.31	3.5	96.5	0.0	0.37	0.91	0.84	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18372	2177	11	42	6	6	0	logfile
✘	8B14	15802	2023-03-17	2022-09-09	2.6	2.13	2.61	2.0	0.007	0.68	0.0	0.05	16.80	0.01	2.163	5.79	0.79	2.8	97.2	0.0	0.27	0.80	0.81	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18810	1243	3	0	2	0	9112	logfile
✘	7K0K	22600	2023-03-12	2020-09-04	2.6	2.96	—	2.9	0.006	0.68	0.0	0.05	12.44	0.00	1.915	7.43	0.00	2.2	97.8	0.0	0.53	0.68	0.85	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7615	964	4	0	2	0	0	logfile
✘	7T6o	25721	2023-03-17	2021-12-14	2.6	2.80	—	2.9	0.004	0.79	0.0	0.05	14.06	0.01	2.302	2.54	0.00	1.3	98.7	0.0	-1.56	0.67	0.84	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1.76	—	—	—	3.34	19412	2424	4	0	0	0	0	logfile
✘	8F0A	28754	2023-03-16	2022-11-02	2.6	3.77	2.61	3.4	0.031	1.77	0.0	0.13	9.86	0.01	2.388	0.56	0.00	0.8	99.2	0.0	0.72	0.68	0.66	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18060	1212	9	0	0	0	9189	logfile
✘	7D8X	30614	2023-03-14	2020-10-11	2.6	2.78	—	2.7	0.010	1.31	0.0	0.06	11.16	0.01	2.221	3.29	0.18	5.1	94.9	0.0	-3.36	0.70	0.86	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10928	1314	13	0	28	0	0	logfile
✘	7DW9	30877	2023-03-13	2021-01-15	2.6	3.41	—	3.1	0.006	0.77	0.0	0.10	12.06	0.01	2.306	1.39	0.09	2.4	97.6	0.0	-0.01	0.73	0.87	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10105	1283	8	0	4	0	0	logfile
✘	6SJL	10218	2023-03-17	2019-08-13	2.6	3.00	2.64	2.9	0.013	0.87	0.0	0.05	14.60	0.01	1.985	13.09	0.05	5.7	94.1	0.2	-2.82	0.70	0.83	5.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19459	2537	6	0	0	0	0	logfile
✘	7ZZQ	15039	2023-03-17	2022-05-26	2.6	3.53	2.62	3.0	0.002	0.46	0.0	0.04	18.37	0.00	2.094	5.12	1.18	1.9	98.1	0.0	1.31	0.88	0.83	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19527	2468	46	0	0	105	0	logfile
✘	7EVN	31330	2023-03-17	2021-05-21	2.6	2.63	—	2.6	0.006	0.86	0.0	0.05	17.47	0.01	2.168	8.61	6.98	4.7	95.2	0.2	-2.09	0.69	0.80	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19668	2649	6	0	3	0	0	logfile
✘	8CV1	27005	2023-03-15	2022-05-17	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14771	1939	6	0	2	7	0	logfile
✘	7CUW	30475	2023-03-13	2020-08-25	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9839	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	6L3V	0827	2023-03-17	2019-10-15	2.63	2.90	2.72	2.9	0.009	0.92	0.0	0.04	17.16	0.01	2.218	1.00	5.45	0.5	99.5	0.0	-5.00	0.57	0.85	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19416	1206	12	0	6	0	9528	logfile
✘	7CUQ	30474	2023-03-13	2020-08-24	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9834	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	7N6B	24206	2023-03-12	2021-06-08	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5942	757	1	0	2	0	0	logfile
✘	7NHo	12335	2023-03-17	2021-02-11	2.66	3.46	—	3.3	0.014	2.16	1.0	0.44	18.54	0.02	1.974	2.75	1.77	5.4	94.4	0.1	-2.33	0.58	0.79	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19800	2086	26	0	62	0	0	logfile
✘	6RKo	4908	2023-03-12	2019-04-30	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7289	875	8	0	9	31	0	logfile
✘	6UWZ	20928	2023-03-16	2019-11-06	2.69	2.88	2.77	2.8	0.011	0.82	0.0	0.05	13.95	0.01	1.501	8.35	0.00	5.6	94.4	0.0	-2.64	0.74	0.87	4.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18330	2178	23	0	40	138	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 29
• next →