Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UXB	20932	2023-05-04	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	8A5E	15166	2023-05-06	2022-06-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13611	1769	8	0	19	0	0	logfile
✘	7VF9	31948	2023-05-10	2021-09-10	4.04	4.13	—	4.1	0.001	0.38	0.0	0.04	9.65	0.00	2.176	3.71	0.05	1.5	98.5	0.0	-4.44	0.74	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24247	3425	7	0	3	0	0	logfile
✘	7X28	32961	2023-05-15	2022-02-25	2.49	2.72	—	1.8	0.013	1.52	5.0	0.11	13.24	0.00	1.606	7.72	7.98	2.7	97.0	0.2	2.21	0.57	0.40	0.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31583	4119	7	0	0	0	0	logfile
✘	7PKP	13476	2023-05-08	2021-08-26	3.1	3.25	—	3.2	0.008	0.69	0.0	0.04	14.18	0.00	2.238	15.25	0.00	8.7	91.3	0.0	-4.06	0.76	0.83	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20360	2504	8	0	0	0	0	logfile
✘	7PKo	13474	2023-05-08	2021-08-26	3.9	4.01	—	3.9	0.004	0.66	0.0	0.04	14.59	0.00	2.205	10.80	0.00	7.5	92.5	0.0	-4.16	0.76	0.82	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20368	2504	8	0	0	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-05-09	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-05-03	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6G1K	4339	2023-05-09	2018-03-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21428	2592	8	0	8	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2023-05-04	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	7L6o	23124	2023-05-13	2020-12-23	3.9	4.18	3.92	3.9	0.016	2.00	2.0	0.12	14.17	0.02	2.534	0.23	0.70	8.2	91.1	0.7	-1.91	0.83	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29270	1776	51	0	132	0	13598	logfile
✘	6o7K	0643	2023-05-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.3	0.004	0.69	0.0	0.04	15.44	0.00	2.073	20.70	0.00	8.3	91.3	0.4	-1.56	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6QCT	4512	2023-05-07	2018-12-30	3.2	3.59	—	3.2	0.008	0.85	0.0	0.05	14.84	0.01	2.075	4.28	5.87	5.0	95.0	0.0	-3.92	0.90	0.84	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18266	2186	8	38	3	0	0	logfile
✘	7WU3	32818	2023-05-03	2022-02-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7877	1013	5	0	1	0	0	logfile
✘	5Z96	6901	2023-05-09	2018-02-02	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21494	2665	8	0	13	0	0	logfile
✘	8DDX	27345	2023-05-15	2022-06-19	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35500	4295	14	0	81	0	0	logfile
✘	6Z85	11114	2023-05-15	2020-06-02	2.9	3.09	—	3.1	0.009	1.05	0.0	0.06	9.34	0.01	2.301	3.75	0.49	3.1	96.9	0.0	-4.47	0.62	0.69	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18880	2360	30	0	20	0	0	logfile
✘	6HUo	0282	2023-05-06	2018-10-09	3.26	3.38	3.25	3.3	0.006	0.89	0.0	0.06	8.62	0.01	2.257	4.69	0.00	3.8	96.2	0.0	-4.15	0.74	0.83	4.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15227	1808	16	0	35	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-05-11	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	7N6B	24206	2023-05-03	2021-06-08	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5942	757	1	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 55
• next →