Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	3J5Q	5776	2023-05-08	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	8	0	44	0	292	logfile
✘	7ZDV	14671	2023-05-04	2022-03-29	3.05	3.19	2.98	3.1	0.006	0.74	0.0	0.05	14.00	0.00	1.993	8.93	0.11	2.2	97.8	0.0	-2.81	0.73	0.88	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8877	1141	2	0	2	0	0	logfile
✘	7D74	30601	2023-05-15	2020-10-02	3.1	2.42	—	3.0	0.009	1.38	1.0	0.08	19.73	0.01	1.922	10.36	8.87	4.8	94.8	0.4	-2.46	0.51	0.65	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35353	4503	24	0	12	0	0	logfile
✘	8E97	27958	2023-05-08	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	13.30	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	6SJE	10215	2023-05-10	2019-08-13	4.1	4.27	—	4.1	0.003	0.59	0.0	0.04	13.69	0.01	2.264	4.40	3.06	2.1	97.9	0.0	-3.60	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24115	2847	4	68	0	0	0	logfile
✘	6PCV	20308	2023-05-04	2019-06-18	3.2	2.93	3.33	3.3	0.006	0.98	0.0	0.06	14.31	0.01	2.235	6.90	0.71	4.0	96.0	0.0	-3.37	0.71	0.72	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1155	3	0	0	0	0	logfile
✘	6LRS	0960	2023-05-12	2020-01-16	3.37	2.99	—	3.4	0.006	1.04	0.0	0.06	10.05	0.01	2.260	10.82	0.38	6.7	93.3	0.0	-5.21	0.63	0.74	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30156	3832	12	0	0	0	0	logfile
✘	6SMH	10235	2023-05-16	2019-08-21	4.3	4.36	—	4.3	0.009	1.33	2.0	0.07	17.19	0.04	0.292	54.32	14.61	12.0	85.8	2.2	-4.97	0.68	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39744	5025	16	0	0	0	0	logfile
✘	7WYZ	32899	2023-05-09	2022-02-16	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22682	2654	22	0	78	4	0	logfile
✘	7QFQ	13947	2023-05-04	2021-12-06	3.6	3.83	3.58	4.0	0.002	0.54	0.0	0.04	12.93	0.00	2.177	8.31	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.65	0.70	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10659	1291	1	0	0	0	0	logfile
✘	6NQ2	0479	2023-05-04	2019-01-18	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	7D72	30599	2023-05-15	2020-10-02	3.4	3.58	—	3.5	0.009	1.23	4.0	0.07	17.20	0.01	1.640	10.15	8.56	4.9	94.8	0.2	-2.44	0.74	0.83	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35458	4505	27	0	15	6	0	logfile
✘	7BKD	12210	2023-05-10	2021-01-15	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24799	3177	18	0	26	0	0	logfile
✘	7SWP	25478	2023-05-03	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	5G5L	3439	2023-05-15	2016-05-26	4.8	5.08	—	4.8	0.010	1.38	14.0	0.09	16.60	0.01	0.675	31.05	7.76	6.0	92.2	1.8	-2.38	0.81	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37349	4686	20	0	7	0	0	logfile
✘	7W9T	32372	2023-05-06	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14841	1709	8	0	39	0	0	logfile
✘	7QBA	13885	2023-05-12	2021-11-18	3.78	3.61	—	3.7	0.006	1.07	18.0	0.06	13.93	0.01	1.363	16.56	0.72	5.6	94.1	0.4	-1.57	0.50	0.82	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20986	2694	11	0	6	0	0	logfile
✘	6NQ0	0477	2023-05-04	2019-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	6C9A	7435	2023-05-05	2018-01-25	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12182	1446	6	0	8	0	0	logfile
✘	6HiN	0225	2023-05-06	2018-08-30	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14220	1675	20	0	30	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 55
• next →