Table showing results for January 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZTL	11419	2021-01-15	2020-07-20	3.5	3.59	3.62	3.5	0.013	1.01	0.0	0.05	16.35	0.02	0.185	14.00	8.89	7.5	92.2	0.3	-3.13	0.82	0.84	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	173036	8895	76	4799	444	0	28	logfile
✘	6Z3R	11063	2021-01-07	2020-05-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35481	2509	6	0	131	0	16494	logfile
✘	6WXV	21964	2021-01-05	2020-05-12	3.3	3.75	—	3.7	0.007	0.88	2.0	0.05	13.16	0.01	1.217	9.50	0.47	5.5	94.4	0.2	-4.42	0.71	0.77	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	6YXR	10995	2021-01-08	2020-05-03	3.4	3.53	3.43	3.5	0.019	2.28	2.0	0.13	20.87	0.02	1.197	26.90	0.44	4.1	95.7	0.3	-3.53	0.67	0.76	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✘	6WoU	21861	2021-01-16	2020-04-25	3.27	3.59	3.48	3.5	0.008	0.96	6.0	0.05	18.03	0.01	2.069	3.64	1.64	13.3	86.5	0.2	-4.35	0.65	0.72	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	245683	16112	12	0	4	0	120439	logfile
✘	6YMX	10847	2021-01-07	2020-04-10	3.17	3.73	3.27	3.6	0.009	1.01	0.0	0.06	15.09	0.01	1.180	6.91	0.39	6.1	93.9	0.1	-5.84	0.76	0.84	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47034	5759	47	0	38	0	0	logfile
✘	6YMY	10848	2021-01-05	2020-04-10	3.41	3.81	3.50	3.7	0.007	1.10	0.0	0.06	15.11	0.01	0.424	7.43	0.27	8.9	91.0	0.1	-6.00	0.68	0.81	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1766	19	0	16	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2021-01-06	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6YJ4	10815	2021-01-05	2020-04-02	2.7	2.35	2.73	2.6	0.011	1.07	0.0	0.66	14.42	0.01	1.172	2.86	0.03	4.1	95.8	0.0	-2.17	0.58	0.79	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66311	8126	94	0	50	275	0	logfile
✘	6XZ7	10655	2021-01-06	2020-02-03	2.1	2.05	2.12	2.1	0.007	0.77	1.0	0.05	14.33	0.01	1.128	6.27	3.26	2.8	96.8	0.4	-2.20	0.41	0.69	5.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94915	3351	45	3169	179	528	0	logfile
✘	6VMi	21242	2021-01-15	2020-01-28	2.96	3.46	—	3.3	0.002	0.45	3.0	0.03	12.07	0.00	1.253	7.62	0.84	10.8	87.5	1.7	-2.79	0.70	0.60	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	176217	14904	107	2592	283	0	0	logfile
✘	6VLZ	21233	2021-01-15	2020-01-27	2.97	3.50	—	3.3	0.002	0.42	1.0	0.03	12.04	0.00	1.115	7.44	0.89	10.8	87.5	1.7	-2.83	0.70	0.61	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	174849	14904	107	2561	243	0	0	logfile
✘	6LSS	0964	2021-01-11	2020-01-20	3.23	3.30	—	3.2	0.011	1.11	5.0	0.06	17.00	0.03	1.330	4.42	0.86	7.7	92.1	0.2	-4.03	0.79	0.81	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140565	7369	67	3750	250	16	20	logfile
✘	6VAD	21137	2021-01-05	2019-12-17	3.3	3.38	—	3.4	0.014	1.71	1.0	0.08	16.59	0.01	1.974	4.90	1.13	6.2	93.5	0.2	-2.40	0.66	0.64	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37613	2321	2	0	0	0	19096	logfile
✘	6VAF	21139	2021-01-06	2019-12-17	3.9	4.03	—	4.0	0.014	1.95	3.0	0.08	18.58	0.01	2.074	4.37	0.54	8.9	90.7	0.4	-3.45	0.73	0.75	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41243	2429	5	58	0	0	20677	logfile
✘	6LHU	0899	2021-01-06	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6LHS	0896	2021-01-06	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6UZV	20963	2021-01-05	2019-11-15	3.1	3.13	—	3.2	0.009	0.97	0.0	0.06	18.91	0.03	1.217	11.42	0.89	4.2	95.8	0.0	-1.85	0.71	0.84	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72606	6711	60	0	408	0	0	logfile
✘	6TF9	10491	2021-01-07	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TCL	10461	2021-01-10	2019-11-06	3.2	3.58	3.22	3.4	0.005	1.02	0.0	0.04	19.84	0.01	1.201	5.37	0.00	3.5	96.4	0.1	-2.83	0.76	0.79	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	169167	9058	88	0	578	0	69563	logfile

• Page 1 of 7
• next →