Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8GAo	29902	2025-01-25	2023-02-23	4.1	2.86	—	3.7	0.003	0.59	0.0	0.04	12.63	0.00	1.924	12.62	3.47	5.5	94.5	0.0	0.19	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23987	2931	16	23	12	0	0	logfile
✘	8GAV	29909	2025-01-22	2023-02-23	2.7	2.16	2.58	1.7	0.011	1.05	0.0	0.07	9.78	0.01	2.021	2.60	0.38	5.7	94.1	0.2	-3.07	0.81	0.82	5.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19088	2464	16	0	12	0	0	logfile
✘	8G9Y	29882	2025-01-21	2023-02-22	4.28	5.75	4.38	4.3	0.008	1.34	4.0	0.07	19.16	0.01	2.193	9.13	0.00	9.6	90.3	0.1	-4.83	0.87	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17135	1983	53	0	120	0	0	logfile
✘	8G7B	29805	2025-01-21	2023-02-16	3.2	3.61	3.45	3.6	0.004	0.73	0.0	0.05	14.80	0.01	2.030	14.09	0.35	4.2	95.6	0.2	-1.49	0.57	0.71	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15406	1928	8	0	7	0	0	logfile
✘	8CL4	16712	2025-01-22	2023-02-16	3.14	3.69	3.44	3.6	0.004	0.82	0.0	0.05	12.07	0.01	2.192	3.59	0.00	0.0	100.0	0.0	-0.83	0.53	0.78	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13335	1725	15	0	0	0	0	logfile
✘	8iD9	35360	2025-01-15	2023-02-12	3.0	3.00	—	2.9	0.005	0.73	0.0	0.05	13.95	0.02	2.182	9.55	0.13	2.7	97.3	0.0	-0.21	0.88	0.84	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7996	1095	6	0	1	0	0	logfile
✘	8G4o	29728	2025-01-22	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile
✘	8CHB	16659	2025-01-16	2023-02-07	3.14	3.61	3.17	3.5	0.012	1.75	2.0	0.09	15.26	0.01	2.512	3.80	1.64	3.6	96.4	0.0	-1.52	0.72	0.77	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8916	1158	2	0	0	0	0	logfile
✘	8CE7	16600	2025-01-16	2023-02-01	2.7	2.34	2.46	2.7	0.010	1.47	12.0	0.09	13.19	0.01	0.000	16.57	3.33	9.0	91.0	0.0	-3.63	0.44	0.73	6.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10512	1512	24	0	0	0	0	logfile
✘	8i6Q	35203	2025-01-13	2023-01-29	4.23	7.65	4.17	4.2	0.005	0.73	0.0	0.04	6.12	0.00	2.031	15.78	0.00	7.3	92.6	0.1	-1.63	0.70	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3975	810	4	0	0	0	0	logfile
✘	8CC6	16555	2025-01-21	2023-01-26	3.2	3.42	3.26	3.4	0.004	0.60	0.0	0.04	14.78	0.00	2.207	4.14	0.05	2.0	98.0	0.0	1.09	0.71	0.85	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16640	1950	20	0	30	0	0	logfile
✘	8CAQ	16532	2025-01-13	2023-01-24	2.3	2.91	2.61	2.7	0.007	1.18	0.0	0.07	12.14	0.01	2.606	1.37	1.52	5.5	94.5	0.0	-3.61	0.48	0.92	7.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2870	375	5	0	0	0	0	logfile
✘	8i42	35162	2025-01-19	2023-01-18	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14060	1560	10	0	40	0	0	logfile
✘	8BQV	16188	2025-01-15	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	1.01	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.13	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	8BQW	16189	2025-01-21	2023-01-18	2.3	2.12	2.14	2.2	0.008	1.14	0.0	0.07	8.96	0.00	0.052	12.77	0.00	9.6	90.4	0.0	-3.78	0.46	0.75	7.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17385	2310	90	0	270	135	0	logfile
✘	8FUK	29459	2025-01-25	2023-01-17	3.36	3.71	3.47	3.7	0.003	0.56	0.0	0.04	17.11	0.01	2.068	8.01	0.24	4.4	95.6	0.0	0.29	0.78	0.85	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23608	2784	11	60	0	0	0	logfile
✘	8FU6	29453	2025-01-15	2023-01-16	2.9	3.13	2.94	3.2	0.002	0.60	0.0	0.04	12.46	0.00	2.199	3.83	0.00	2.6	97.4	0.0	0.07	0.58	0.80	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8834	1112	6	0	0	0	0	logfile
✘	8FQ3	29376	2025-01-15	2023-01-05	3.17	2.87	3.07	3.0	0.015	0.70	0.0	0.06	17.77	0.00	2.185	8.98	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.25	0.56	0.74	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8386	1064	16	0	4	4	0	logfile
✘	8FoB	29344	2025-01-23	2022-12-30	2.71	2.96	2.77	3.0	0.024	1.57	0.0	0.54	21.84	0.01	2.073	8.34	0.39	8.3	91.7	0.0	-5.44	0.60	0.72	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20390	2376	12	0	46	52	0	logfile
✘	8Fo1	29338	2025-01-26	2022-12-29	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24481	1596	4	0	0	0	12140	logfile

• ← previous
• Page 13 of 39
• next →