cryo-EM Re-Refine

Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7UTZ	26795	2025-01-25	2022-04-28	2.4	2.07	—	2.4	0.004	0.69	0.0	0.04	12.46	0.01	2.137	3.96	0.08	3.0	97.0	0.0	-0.05	0.66	0.68	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23679	1536	10	0	8	0	11632	logfile
✘	7XMV	33306	2025-01-20	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile
✘	7XMU	33305	2025-01-20	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	0	logfile
✘	7XKF	33250	2025-01-18	2022-04-19	2.4	3.28	2.35	3.0	0.007	0.68	0.0	0.05	15.09	0.01	2.055	14.66	1.06	4.4	95.6	0.0	0.77	0.72	0.82	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7961	1008	6	0	1	0	0	logfile
✘	7ZKi	14763	2025-01-15	2022-04-13	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7120	688	5	77	2	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-01-15	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	7XiB	33201	2025-01-14	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	7XGY	33189	2025-01-13	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile
✘	7ZHG	14731	2025-01-19	2022-04-06	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64278	3601	69	1533	96	2083	0	logfile
✘	7XG2	33183	2025-01-23	2022-04-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19904	2282	12	118	1	0	0	logfile
✘	7XG0	33181	2025-01-23	2022-04-02	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19893	2280	12	118	1	0	0	logfile
✘	7XFJ	33174	2025-01-18	2022-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12805	943	11	262	0	0	0	logfile
✘	7ZFW	14704	2025-01-19	2022-04-01	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13188	0	1	615	0	0	0	logfile
✘	7XFM	33176	2025-01-18	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	0	logfile
✘	7XFH	33172	2025-01-18	2022-04-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12969	957	11	264	0	0	0	logfile
✘	7UiF	26544	2025-01-19	2022-03-29	4.6	5.63	4.34	6.7	0.004	0.69	0.0	0.05	13.63	0.01	1.462	9.76	0.06	1.9	98.0	0.1	0.62	0.48	0.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63137	7857	33	0	0	0	0	logfile
✘	7UHG	26514	2025-01-23	2022-03-26	3.0	3.13	—	3.1	0.004	0.58	0.0	0.05	16.29	0.00	2.167	7.48	0.09	4.4	95.5	0.1	-1.09	0.60	0.83	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20414	2502	11	0	23	0	0	logfile
✘	7XD1	33132	2025-01-18	2022-03-26	3.2	2.74	3.19	3.1	0.009	0.87	0.0	0.05	26.77	0.01	2.339	2.77	1.59	1.3	98.7	0.0	-5.83	0.76	0.83	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12048	760	10	294	0	0	0	logfile
✘	7UGV	26497	2025-01-14	2022-03-25	2.94	3.59	2.94	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	9.13	0.00	2.111	3.29	0.00	0.7	99.3	0.0	2.34	0.50	0.85	4.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	418	2	0	3	0	0	logfile
✘	7XCK	33123	2025-01-16	2022-03-24	2.5	2.98	2.85	3.0	0.004	0.71	0.0	0.05	12.63	0.01	2.179	4.89	0.00	4.6	95.3	0.1	-0.89	0.61	0.81	4.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5488	704	4	0	3	0	0	logfile