Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RWA	24712	2025-01-21	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2025-01-15	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7FJQ	31627	2025-01-14	2021-08-04	3.6	3.86	—	3.8	0.019	2.03	44.0	0.17	13.67	0.01	1.980	10.56	6.77	10.2	88.1	1.7	-3.67	0.64	0.75	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7086	973	2	0	1	0	0	logfile
✘	7Fii	31598	2025-01-16	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.66	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	0	0	logfile
✘	7P9V	13267	2025-01-14	2021-07-28	3.4	3.60	3.36	3.5	0.005	0.82	0.0	0.05	15.25	0.01	2.104	15.53	0.00	11.5	88.5	0.0	-2.67	0.62	0.78	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7286	919	6	0	8	0	0	logfile
✘	7RL4	24514	2025-01-13	2021-07-23	2.86	2.50	—	3.1	0.015	1.16	0.0	0.07	16.04	0.01	2.535	12.04	0.00	12.5	87.5	0.0	-4.62	0.39	0.82	4.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4620	680	20	0	0	0	0	logfile
✘	7RLi	24531	2025-01-23	2021-07-23	3.1	3.39	—	2.6	0.005	0.95	0.0	0.05	16.84	0.01	1.481	17.49	0.00	5.3	94.4	0.3	-1.57	0.88	0.82	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69768	8820	24	0	24	0	0	logfile
✘	7RJE	24486	2025-01-18	2021-07-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57232	3818	24	0	10	0	27924	logfile
✘	7FEC	31552	2025-01-25	2021-07-19	3.64	3.94	—	3.9	0.004	0.83	0.0	0.06	14.62	0.00	2.217	14.41	0.34	2.7	97.3	0.0	-1.99	0.76	0.83	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24075	3024	9	0	0	0	0	logfile
✘	7FEB	31551	2025-01-26	2021-07-19	2.11	2.54	—	2.6	0.004	0.65	0.0	0.05	15.91	0.01	2.211	11.24	0.30	1.5	98.5	0.0	0.07	0.75	0.82	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24075	3024	9	0	0	0	0	logfile
✘	7RGM	24452	2025-01-18	2021-07-15	2.8	2.86	—	2.9	0.014	1.69	0.0	0.08	17.17	0.01	2.328	1.94	3.63	5.2	94.6	0.3	-1.77	0.62	0.86	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59928	3872	16	0	32	0	29736	logfile
✘	7RBU	24402	2025-01-13	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.81	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	7P1H	13159	2025-01-19	2021-07-01	3.9	4.12	—	3.9	0.005	1.01	0.0	0.05	14.38	0.01	2.016	12.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.60	0.81	0.60	0.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13966	898	4	0	2	0	6926	logfile
✘	7oZU	13135	2025-01-15	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2025-01-15	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7R78	24295	2025-01-20	2021-06-24	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15238	1881	5	18	7	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2025-01-13	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7R77	24294	2025-01-20	2021-06-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14980	1830	4	25	5	0	0	logfile
✘	7NAF	24271	2025-01-22	2021-06-21	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18868	1342	18	378	0	2	0	logfile
✘	7F3T	31440	2025-01-14	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 25 of 39
• next →