Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9B1K	44082	2025-01-13	2024-03-13	3.3	3.55	3.32	3.5	0.006	0.74	0.0	0.04	10.55	0.00	2.265	1.26	0.00	1.8	98.2	0.0	0.11	0.55	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3911	512	2	0	1	0	0	logfile
✘	9AYX	44001	2025-01-26	2024-03-08	3.0	3.22	3.09	3.3	0.004	0.71	0.0	0.05	13.83	0.01	2.313	3.10	0.00	4.0	96.0	0.0	-1.09	0.66	0.79	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24813	3123	6	0	30	0	0	logfile
✘	8YGJ	39253	2025-01-25	2024-02-26	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19466	1777	6	241	0	0	0	logfile
✘	9ARF	43780	2025-01-25	2024-02-23	3.13	3.32	3.17	3.3	0.010	1.16	42.0	0.08	11.19	0.01	1.985	8.25	5.16	4.6	95.3	0.1	-3.34	0.69	0.76	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23032	3166	10	0	6	0	0	logfile
✘	8W2Q	43755	2025-01-23	2024-02-21	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20757	2307	7	82	1	0	0	logfile
✘	8W2P	43754	2025-01-23	2024-02-20	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20780	2306	9	82	2	5	0	logfile
✘	8W0E	43707	2025-01-18	2024-02-13	3.4	3.92	3.68	3.8	0.002	0.54	0.0	0.04	14.57	0.00	1.908	6.90	0.63	5.0	95.0	0.0	-0.01	0.77	0.80	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59772	3647	14	50	15	0	29690	logfile
✘	8W0P	43711	2025-01-22	2024-02-13	3.26	4.11	3.49	3.5	0.003	0.63	0.0	0.04	14.73	0.00	2.158	10.53	0.14	4.3	95.4	0.2	-0.11	0.82	0.70	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19116	2307	5	0	2	0	0	logfile
✘	8Y91	39066	2025-01-16	2024-02-06	3.13	3.47	3.24	3.4	0.004	0.55	0.0	0.04	11.48	0.00	1.938	9.24	5.04	4.4	95.6	0.0	-1.65	0.48	0.65	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9072	1130	4	0	6	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-01-14	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y8B	39040	2025-01-14	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile
✘	8RWY	19568	2025-01-19	2024-02-05	3.02	3.74	3.11	3.5	0.003	0.49	0.0	0.04	13.42	0.00	2.218	5.36	0.07	2.2	97.6	0.1	1.41	0.88	0.90	3.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14109	1837	12	0	6	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2025-01-14	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8VX4	43607	2025-01-13	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	0	logfile
✘	8VX6	43609	2025-01-19	2024-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14984	1085	11	312	0	0	0	logfile
✘	8RW5	19543	2025-01-14	2024-02-02	2.94	3.11	2.94	3.1	0.003	0.54	0.0	0.04	15.69	0.00	2.179	5.79	0.29	2.5	97.5	0.0	0.66	0.67	0.85	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6753	872	1	0	0	0	0	logfile
✘	8VWT	43596	2025-01-21	2024-02-02	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14451	1061	11	294	0	0	0	logfile
✘	8VWS	43595	2025-01-21	2024-02-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11907	743	10	294	0	0	0	logfile
✘	8VWU	43600	2025-01-21	2024-02-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12021	757	10	294	0	0	0	logfile
✘	8VWV	43601	2025-01-22	2024-02-02	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14474	1066	11	294	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 39
• next →