Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8VBE	43122	2025-01-15	2023-12-12	2.6	3.21	2.56	3.1	0.004	0.68	0.0	0.05	19.82	0.00	2.052	4.72	4.46	4.0	95.4	0.5	-0.35	0.79	0.86	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8421	931	4	39	3	0	0	logfile
✘	8VBA	43118	2025-01-16	2023-12-12	3.29	3.69	3.34	3.8	0.010	1.31	0.0	0.12	12.48	0.00	2.200	14.87	0.51	4.6	94.9	0.5	-0.19	0.67	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9416	1260	4	0	39	0	0	logfile
✘	8VBi	43126	2025-01-15	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8V9R	43081	2025-01-25	2023-12-09	2.8	3.45	2.86	3.2	0.005	0.73	1.0	0.04	12.76	0.00	2.007	2.71	0.00	0.5	99.5	0.0	-1.66	0.83	0.81	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.69	—	—	—	2.43	77537	4955	28	0	11	0	38883	logfile
✘	8XBX	38232	2025-01-14	2023-12-07	4.36	6.89	4.04	7.5	0.005	0.90	0.0	0.04	18.16	0.01	2.260	13.70	0.00	0.9	99.1	0.0	-0.16	0.65	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5873	663	5	38	0	0	0	logfile
✘	8RCF	19051	2025-01-23	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile
✘	8RCD	19050	2025-01-23	2023-12-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19680	2480	17	23	24	0	0	logfile
✘	8V6U	42999	2025-01-15	2023-12-03	3.0	2.35	—	3.0	0.011	1.67	3.0	0.09	14.06	0.01	1.999	1.24	1.31	4.1	95.8	0.1	0.40	0.83	0.79	4.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8211	1090	6	0	1	0	0	logfile
✘	8V5R	42984	2025-01-20	2023-11-30	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15338	1743	6	43	1	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-01-13	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2025-01-21	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8V1Q	42887	2025-01-18	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8V1R	42888	2025-01-18	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	8R64	18946	2025-01-19	2023-11-20	3.2	3.36	3.32	3.3	0.002	0.49	0.0	0.05	11.85	0.00	1.940	4.62	0.29	1.4	98.6	0.0	2.70	0.83	0.85	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13429	1765	13	0	12	0	0	logfile
✘	8V0T	42869	2025-01-26	2023-11-17	3.1	3.35	3.20	3.4	0.006	0.82	1.0	0.06	14.43	0.01	2.310	3.20	0.04	5.8	94.1	0.0	-1.84	0.68	0.80	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24777	3123	6	0	27	0	0	logfile
✘	8V0L	42860	2025-01-26	2023-11-17	3.0	3.23	3.06	3.2	0.004	0.77	0.0	0.05	14.19	0.01	2.299	2.62	0.00	4.9	95.1	0.0	-1.01	0.67	0.81	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24849	3105	15	0	45	0	0	logfile
✘	8V0o	42863	2025-01-26	2023-11-17	3.3	3.45	3.42	3.5	0.005	0.77	1.0	0.06	14.09	0.01	2.264	2.93	0.00	4.7	95.3	0.1	-1.71	0.69	0.81	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24879	3105	15	0	48	0	0	logfile
✘	8V0N	42862	2025-01-26	2023-11-17	3.4	3.60	3.40	3.6	0.004	0.77	0.0	0.06	14.36	0.01	2.286	2.85	0.00	5.5	94.5	0.0	-1.17	0.69	0.80	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24690	3084	15	0	45	0	0	logfile
✘	8UY7	42794	2025-01-19	2023-11-13	2.93	3.21	3.00	3.2	0.005	0.74	3.0	0.05	12.81	0.01	2.057	8.32	0.34	3.7	96.3	0.0	0.34	0.71	0.89	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14033	1796	6	0	6	200	0	logfile
✘	8UXW	42787	2025-01-25	2023-11-11	2.7	2.92	2.78	3.0	0.013	1.92	15.0	0.10	15.35	0.02	1.860	0.28	2.69	3.0	97.0	0.0	-1.20	0.48	0.72	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77359	4916	25	0	20	0	38330	logfile

• ← previous
• Page 6 of 39
• next →