Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8UW3	42637	2025-01-18	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8WZH	37952	2025-01-21	2023-11-01	3.7	3.32	3.68	3.6	0.013	1.38	0.0	0.07	15.63	0.00	2.311	6.48	0.93	4.8	95.2	0.0	-2.69	0.64	0.73	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16368	1988	8	0	8	0	0	logfile
✘	8UTV	42551	2025-01-19	2023-10-31	3.0	2.58	3.11	3.2	0.005	0.85	0.0	0.05	17.97	0.01	2.091	4.84	0.70	4.1	95.9	0.1	-0.10	0.59	0.82	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13337	1679	9	1	6	0	0	logfile
✘	8UTU	42550	2025-01-19	2023-10-31	3.0	2.25	2.97	2.2	0.006	0.97	1.0	0.05	18.78	0.01	1.969	5.30	1.50	3.7	96.1	0.2	-0.42	0.57	0.83	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13615	1709	9	1	7	0	0	logfile
✘	8WVY	37876	2025-01-14	2023-10-24	3.29	2.32	—	3.2	0.013	1.34	0.0	0.05	8.91	0.01	2.054	14.51	2.80	5.9	94.1	0.0	-1.42	0.71	0.66	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7241	930	3	0	0	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2025-01-24	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8WUV	37861	2025-01-25	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18899	1779	6	213	0	0	0	logfile
✘	8WUT	37859	2025-01-24	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18316	1766	6	190	0	0	0	logfile
✘	8Uo1	42424	2025-01-14	2023-10-19	3.6	3.92	3.71	3.9	0.006	0.92	0.0	0.06	13.48	0.00	2.233	5.01	0.18	2.1	97.9	0.0	0.78	0.65	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6915	1006	6	0	3	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2025-01-14	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8QU9	18658	2025-01-23	2023-10-15	2.88	2.61	2.88	2.8	0.003	0.56	0.0	0.03	17.55	0.00	0.000	10.00	0.00	0.0	100.0	0.0	-2.00	0.74	0.87	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72756	8836	141	0	94	47	0	logfile
✘	8UKD	42352	2025-01-26	2023-10-12	2.9	3.06	3.10	3.1	0.006	0.83	0.0	0.06	14.07	0.01	2.280	2.78	0.04	4.7	95.3	0.0	-1.52	0.68	0.79	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24777	3123	6	0	27	0	0	logfile
✘	8UK1	42342	2025-01-26	2023-10-11	3.0	3.18	3.02	3.2	0.004	0.75	0.0	0.05	13.80	0.01	2.297	2.34	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.95	0.67	0.81	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24806	3097	15	0	46	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2025-01-21	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8WPF	37715	2025-01-21	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8Ui8	42288	2025-01-23	2023-10-10	3.1	3.26	3.14	3.2	0.005	0.85	0.0	0.05	17.83	0.01	2.003	7.70	0.91	2.5	97.5	0.0	-1.06	0.77	0.86	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19822	2499	12	0	8	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2025-01-21	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8QRV	18627	2025-01-13	2023-10-09	2.9	3.28	2.88	3.3	0.004	0.57	0.0	0.04	14.31	0.00	2.373	6.73	0.61	1.2	98.8	0.0	2.08	0.55	0.83	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3111	419	2	0	1	0	0	logfile
✘	8QRo	18621	2025-01-16	2023-10-09	2.6	3.08	2.53	2.9	0.002	0.52	0.0	0.04	11.99	0.00	2.231	6.31	0.31	1.5	98.5	0.0	0.95	0.65	0.87	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9273	1245	6	0	9	0	0	logfile
✘	8UHB	42268	2025-01-21	2023-10-08	3.35	4.22	3.36	3.8	0.004	0.62	0.0	0.04	14.11	0.00	2.015	9.46	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.42	0.70	0.72	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16561	1075	6	0	1	0	8144	logfile

• ← previous
• Page 7 of 39
• next →