Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QN6	18508	2024-02-21	2023-09-25	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32010	4180	110	0	0	0	0	logfile
✘	8WC7	37433	2024-02-14	2023-09-11	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8532	1122	6	0	1	0	0	logfile
✘	8WC3	37429	2024-02-14	2023-09-11	3.0	3.02	2.90	3.0	0.007	0.95	2.0	0.07	13.95	0.01	1.356	8.37	1.40	5.2	94.8	0.0	-1.08	0.66	0.73	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8418	1119	6	0	1	0	0	logfile
✘	8QEC	18351	2024-02-17	2023-08-31	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17802	1101	6	0	12	0	8699	logfile
✘	8TZR	41767	2024-02-14	2023-08-27	3.5	4.05	3.67	4.0	0.006	0.84	0.0	0.05	16.98	0.01	2.229	6.61	0.53	4.5	95.5	0.0	-0.18	0.55	0.74	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8821	1079	6	0	9	0	0	logfile
✘	8Q99	18272	2024-02-13	2023-08-20	2.7	2.49	2.59	2.7	0.011	1.82	0.0	0.10	11.76	0.01	2.486	0.00	0.00	2.7	97.3	0.0	-2.40	0.42	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6642	426	6	0	0	0	3396	logfile
✘	8TP9	41470	2024-02-17	2023-08-04	3.1	3.33	3.17	3.4	0.020	1.82	7.0	0.11	10.91	0.01	2.334	2.44	0.00	1.9	98.1	0.0	0.64	0.71	0.76	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17118	2142	15	0	15	0	0	logfile
✘	8PWL	17994	2024-02-15	2023-07-20	4.73	5.25	4.85	4.8	0.002	0.51	0.0	0.04	13.55	0.00	2.250	5.28	0.00	2.0	98.0	0.0	-0.12	0.83	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12266	1541	2	0	0	0	0	logfile
✘	8K3W	36863	2024-02-15	2023-07-17	2.91	3.20	3.02	3.2	0.009	1.12	0.0	0.07	17.13	0.01	2.285	10.08	2.89	3.7	96.3	0.0	-0.02	0.57	0.73	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10916	1388	4	0	6	0	0	logfile
✘	8PSJ	17853	2024-02-21	2023-07-13	3.4	3.41	3.38	3.3	0.014	1.91	0.0	0.09	14.92	0.01	2.072	5.29	0.62	7.7	92.0	0.3	-3.68	0.72	0.86	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29695	3788	5	0	2	0	0	logfile
✘	8JZR	36751	2024-02-13	2023-07-06	3.25	3.52	3.29	3.5	0.007	0.77	0.0	0.05	12.74	0.01	2.381	4.82	0.00	3.8	95.7	0.4	0.75	0.64	0.79	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3474	456	2	0	1	0	0	logfile
✘	8PoE	17789	2024-02-15	2023-07-04	4.2	4.40	4.17	4.5	0.003	0.64	0.0	0.04	14.20	0.00	2.265	9.34	0.00	2.8	97.2	0.0	1.48	0.57	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10947	1371	3	0	0	0	0	logfile
✘	8PoG	17791	2024-02-13	2023-07-04	4.15	4.36	4.10	4.3	0.003	0.59	0.0	0.04	15.83	0.01	2.242	5.44	0.00	2.3	97.7	0.0	0.40	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4964	624	4	0	0	0	0	logfile
✘	8JYM	36726	2024-02-19	2023-07-03	2.79	3.39	2.76	3.2	0.004	0.55	0.0	0.05	12.78	0.00	0.546	6.93	0.00	3.6	96.4	0.0	0.19	0.83	0.85	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24924	3099	12	0	48	0	0	logfile
✘	8PN7	17777	2024-02-22	2023-06-30	2.03	2.46	2.13	2.4	0.044	1.46	0.0	0.04	13.01	0.00	1.664	8.62	0.35	1.5	98.5	0.0	1.20	0.72	0.85	5.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34872	4308	36	0	12	1476	0	logfile
✘	8JVH	36674	2024-02-14	2023-06-28	3.19	3.79	3.33	3.7	0.005	0.78	0.0	0.05	9.56	0.00	2.195	2.24	0.18	8.6	91.4	0.0	-4.48	0.65	0.74	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9699	1205	1	0	0	0	0	logfile
✘	8JVM	36677	2024-02-13	2023-06-28	3.86	4.13	3.89	3.9	0.006	1.08	1.0	0.06	14.54	0.01	2.138	27.03	1.75	16.3	82.1	1.6	-3.56	0.64	0.54	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3726	498	3	0	0	0	0	logfile
✘	8PKD	17735	2024-02-13	2023-06-26	2.33	2.42	2.31	2.4	0.003	0.44	0.0	0.04	15.00	0.00	2.246	3.95	0.00	2.7	97.3	0.0	1.55	0.65	0.81	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4844	600	8	0	0	16	0	logfile
✘	8JT9	36637	2024-02-13	2023-06-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2872	384	2	0	1	0	0	logfile
✘	8JSW	36628	2024-02-13	2023-06-20	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2859	384	2	0	1	0	0	logfile

• Page 1 of 46
• next →