Table showing results for March 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9HNW	52316	2025-03-14	2024-12-11	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9349	1178	6	0	2	0	0	logfile
✘	9J53	61141	2025-03-11	2024-08-11	3.3	3.55	3.36	3.5	0.003	0.57	0.0	0.04	14.75	0.00	2.117	11.26	4.13	8.6	91.4	0.0	-0.49	0.49	0.71	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6598	764	4	0	6	0	0	logfile
✘	9iY8	60990	2025-03-13	2024-07-30	3.01	2.61	3.04	3.1	0.003	0.79	0.0	0.05	16.61	0.01	2.102	16.87	0.30	4.4	95.6	0.0	0.01	0.82	0.83	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9014	1141	5	0	0	0	0	logfile
✘	9CMH	45748	2025-03-05	2024-07-15	4.0	4.53	4.01	4.1	0.004	0.87	0.0	0.05	14.79	0.00	2.092	27.43	0.77	5.8	94.2	0.0	-1.26	0.61	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3553	466	2	0	0	0	0	logfile
✘	9CDE	45469	2025-03-11	2024-06-24	3.44	3.63	3.44	3.7	0.009	1.15	0.0	0.08	25.59	0.01	2.031	23.67	1.46	7.1	92.9	0.0	1.12	0.56	0.72	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6822	720	6	0	24	36	0	logfile
✘	9CB3	45413	2025-03-06	2024-06-18	3.47	3.78	3.64	3.8	0.015	1.61	1.0	0.05	18.76	0.01	1.293	12.53	1.46	5.0	95.0	0.0	0.03	0.57	0.68	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4995	672	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2025-03-12	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-03-12	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYA	60560	2025-03-12	2024-06-16	2.5	3.15	2.97	3.1	0.004	0.73	0.0	0.05	14.03	0.01	2.290	4.34	0.13	4.5	95.4	0.1	-1.47	0.58	0.75	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7306	884	6	0	8	0	0	logfile
✘	9C9Y	45376	2025-03-11	2024-06-16	3.35	2.51	3.35	2.2	0.005	0.66	0.0	0.04	16.02	0.01	2.041	6.79	0.15	6.0	93.9	0.1	-0.01	0.77	0.79	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6225	773	4	8	2	0	0	logfile
✘	9C48	45177	2025-03-13	2024-06-03	2.4	2.10	2.43	1.8	0.006	0.90	0.0	0.06	16.10	0.00	2.232	5.54	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.49	0.77	0.84	4.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8481	993	18	0	36	249	0	logfile
✘	9FHB	50444	2025-03-11	2024-05-27	3.87	4.06	3.87	4.0	0.005	0.96	0.0	0.05	15.86	0.01	2.140	16.76	3.25	4.1	95.1	0.8	-0.41	0.70	0.77	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6751	862	8	0	7	0	0	logfile
✘	8ZMS	60255	2025-03-05	2024-05-23	3.7	3.97	3.82	4.0	0.007	1.15	0.0	0.05	9.68	0.01	2.349	3.51	0.00	5.0	95.0	0.0	-3.71	0.44	0.76	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2920	386	2	0	1	0	0	logfile
✘	8ZHG	60102	2025-03-06	2024-05-10	3.51	3.69	3.43	3.7	0.003	0.66	0.0	0.04	17.55	0.01	2.273	4.79	1.11	4.3	95.7	0.0	-1.47	0.61	0.72	1.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3326	425	4	0	2	0	0	logfile
✘	8ZFE	60058	2025-03-05	2024-05-07	2.56	2.41	2.34	2.2	0.008	0.76	1.0	0.06	12.27	0.01	2.278	10.52	0.48	8.2	91.8	0.0	-2.16	0.80	0.80	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2198	293	1	0	0	0	0	logfile
✘	9BKJ	44642	2025-03-11	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.75	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	0	logfile
✘	8ZC1	39919	2025-03-06	2024-04-28	4.17	4.43	4.20	4.3	0.003	0.75	0.0	0.05	13.38	0.01	2.313	5.92	0.00	4.3	95.7	0.0	-1.66	0.73	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4570	597	3	0	0	0	0	logfile
✘	8Z7U	39828	2025-03-05	2024-04-21	3.1	3.31	3.03	3.3	0.014	0.90	1.0	0.05	19.01	0.01	2.218	15.72	0.90	3.1	96.9	0.0	-0.32	0.58	0.82	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3135	387	2	0	1	0	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-03-11	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2025-03-06	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile

• Page 1 of 10
• next →