cryo-EM Re-Refine

Table showing results for March 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DNX	27583	2025-03-06	2022-07-12	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4342	549	8	0	1	0	71	logfile
✘	7YG6	33809	2025-03-11	2022-07-11	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6025	727	3	9	2	0	0	logfile
✘	7YG9	33812	2025-03-13	2022-07-11	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8630	0	4	404	8	0	0	logfile
✘	7YGC	33815	2025-03-13	2022-07-11	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8690	0	4	407	6	0	0	logfile
✘	7YGA	33813	2025-03-13	2022-07-11	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8692	0	4	407	8	0	0	logfile
✘	7YGB	33814	2025-03-13	2022-07-11	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8738	0	5	407	54	0	0	logfile
✘	8DM6	27528	2025-03-11	2022-07-08	2.77	3.36	2.82	3.3	0.006	0.94	0.0	0.06	14.08	0.01	2.282	3.28	0.57	1.6	98.4	0.0	-0.08	0.77	0.83	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6559	796	4	0	7	0	0	logfile
✘	7YFQ	33797	2025-03-11	2022-07-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6719	733	4	41	2	0	0	logfile
✘	8DKW	27492	2025-03-06	2022-07-06	3.09	3.64	3.05	3.6	0.006	0.71	1.0	0.06	13.84	0.00	2.097	8.61	0.41	6.2	93.8	0.0	-2.92	0.60	0.83	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4370	553	3	0	0	0	0	logfile
✘	7Y4S	33606	2025-03-06	2022-06-16	3.5	3.72	3.46	3.8	0.004	0.74	0.0	0.04	12.74	0.01	2.373	5.20	0.46	2.9	97.1	0.0	1.47	0.69	0.77	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4940	686	2	0	0	0	0	logfile
✘	8DAD	27270	2025-03-06	2022-06-13	3.85	4.05	3.88	4.0	0.004	0.83	1.0	0.05	17.77	0.01	2.238	16.32	0.63	5.0	95.0	0.0	-0.96	0.65	0.73	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3255	424	5	0	4	0	0	logfile
✘	7Y1B	33559	2025-03-06	2022-06-08	3.23	3.55	3.33	3.5	0.006	0.64	0.0	0.05	14.26	0.01	2.340	4.92	0.00	9.8	90.2	0.0	-1.42	0.74	0.84	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4137	541	3	0	0	0	0	logfile
✘	7XW2	33489	2025-03-12	2022-05-26	3.04	3.31	3.11	3.3	0.007	1.05	2.0	0.07	17.35	0.01	1.891	7.50	0.92	4.8	95.2	0.0	-3.30	0.66	0.71	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6992	725	3	54	2	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2025-03-12	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.01	—	—	—	1.91	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7URC	26708	2025-03-11	2022-04-21	3.14	3.74	3.25	3.6	0.018	1.00	0.0	0.88	25.59	0.00	2.248	10.09	0.00	3.5	96.5	0.0	-3.02	0.58	0.86	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5561	658	4	0	12	0	0	logfile
✘	7XK2	33241	2025-03-13	2022-04-19	3.1	3.31	3.12	3.3	0.005	1.02	0.0	0.06	16.48	0.01	2.251	6.29	0.32	6.7	93.3	0.0	-2.41	0.64	0.76	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8791	1128	6	0	1	0	0	logfile
✘	7ZKi	14763	2025-03-12	2022-04-13	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7120	688	5	77	2	0	0	logfile
✘	7XiB	33201	2025-03-12	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-03-12	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	7XGY	33189	2025-03-06	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile