Table showing results for March 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7oZU	13135	2025-03-13	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2025-03-05	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2025-03-06	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	7N7P	24230	2025-03-06	2021-06-10	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5400	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7N76	24221	2025-03-12	2021-06-09	2.9	3.57	2.96	3.3	0.005	0.64	0.0	0.07	12.16	0.00	2.074	5.80	0.00	3.3	96.7	0.0	0.22	0.70	0.83	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7399	1036	2	0	0	3	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2025-03-13	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2025-03-06	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7N0C	24103	2025-03-11	2021-05-25	3.4	3.71	—	3.7	0.009	1.00	0.0	0.05	16.67	0.01	2.180	6.79	0.00	1.3	98.7	0.0	-3.80	0.72	0.80	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6088	644	6	49	7	1	0	logfile
✘	7LQ6	23482	2025-03-06	2021-02-13	3.28	4.07	3.15	3.5	0.005	0.76	0.0	0.05	15.77	0.00	1.987	9.45	1.41	5.5	94.4	0.2	-4.83	0.90	0.85	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5267	672	1	0	0	0	0	logfile
✘	7LKF	23405	2025-03-06	2021-02-02	2.9	2.97	—	3.0	0.005	0.67	0.0	0.05	12.76	0.01	2.101	5.26	0.00	4.6	95.4	0.0	-0.59	0.70	0.83	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4139	511	4	0	2	0	0	logfile
✘	7LD3	23280	2025-03-12	2021-01-12	3.2	3.49	3.04	3.5	0.006	1.02	0.0	0.06	12.92	0.01	2.277	3.63	0.13	3.3	96.7	0.0	-1.50	0.59	0.82	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7016	888	5	0	2	1	0	logfile
✘	7BH9	12187	2025-03-11	2021-01-11	2.9	3.58	2.91	3.4	0.007	0.77	0.0	0.05	13.18	0.00	2.021	5.17	0.33	4.9	95.1	0.0	-3.10	0.85	0.88	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5876	730	3	0	4	0	0	logfile
✘	7DSK	30835	2025-03-12	2020-12-31	2.9	3.17	—	3.2	0.011	1.12	0.0	0.49	23.27	0.01	1.969	4.94	0.63	8.2	91.3	0.5	-3.42	0.69	0.86	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7524	935	8	0	12	12	0	logfile
✘	7DSL	30837	2025-03-12	2020-12-31	2.9	3.28	—	3.2	0.013	1.26	0.0	0.49	22.64	0.01	2.055	6.20	1.14	9.1	90.0	0.9	-3.74	0.70	0.86	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7522	935	8	0	12	8	0	logfile
✘	7L1U	23118	2025-03-13	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7B6E	12053	2025-03-05	2020-12-07	4.5	2.79	—	5.1	0.005	1.03	0.0	0.05	15.04	0.01	2.129	36.05	0.00	10.9	89.1	0.0	-3.88	0.62	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2205	269	1	0	0	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2025-03-13	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7DCR	30640	2025-03-06	2020-10-26	3.15	3.27	—	3.2	0.005	0.89	1.0	0.06	10.49	0.01	2.260	4.10	0.63	3.0	96.7	0.3	-4.71	0.66	0.78	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5653	711	2	0	0	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2025-03-13	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2025-03-13	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 10
• next →