Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8C8Q	16491	2023-04-23	2023-01-20	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14787	1798	17	0	37	0	0	logfile
✘	8FHD	29082	2023-04-22	2022-12-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12686	1467	6	0	35	0	0	logfile
✘	8FE1	29019	2023-04-23	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-04-20	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	8F7D	28903	2023-04-20	2022-11-18	4.2	4.28	4.25	4.2	0.005	1.00	0.0	0.05	15.55	0.01	2.264	19.74	0.53	6.7	93.3	0.0	-2.71	0.60	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6578	811	2	0	0	0	0	logfile
✘	8F6C	28879	2023-04-25	2022-11-16	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19344	2396	12	0	12	0	0	logfile
✘	8F68	28877	2023-04-21	2022-11-16	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9666	1198	6	0	6	0	0	logfile
✘	8HGo	34744	2023-04-21	2022-11-15	3.31	2.35	3.32	2.2	0.004	0.71	0.0	0.05	7.94	0.01	2.284	4.45	0.00	8.0	91.8	0.2	-3.74	0.71	0.68	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9227	1178	6	0	8	0	0	logfile
✘	8F0A	28754	2023-04-24	2022-11-02	2.6	3.77	2.61	3.4	0.031	1.77	0.0	0.13	9.86	0.01	2.388	0.56	0.00	0.8	99.2	0.0	0.72	0.68	0.66	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18060	1212	9	0	0	0	9189	logfile
✘	8EY2	28666	2023-04-20	2022-10-26	3.5	3.71	3.55	3.8	0.003	0.60	0.0	0.04	13.04	0.00	2.149	14.08	0.00	5.8	94.2	0.0	-0.29	0.78	0.80	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4908	634	4	0	0	0	0	logfile
✘	8ERA	28551	2023-04-28	2022-10-11	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29054	3644	6	0	2	0	0	logfile
✘	8EP0	28494	2023-04-27	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8EoS	28466	2023-04-27	2022-10-04	3.1	3.84	3.11	3.5	0.005	0.57	0.0	0.04	14.88	0.00	1.840	20.11	3.59	5.2	94.7	0.2	-0.81	0.90	0.89	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25606	3069	11	87	5	0	0	logfile
✘	8EoE	28373	2023-04-27	2022-10-03	3.2	3.93	3.21	3.5	0.003	0.63	0.0	0.05	22.19	0.01	1.984	5.34	17.34	9.0	90.4	0.5	-3.14	0.88	0.86	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25301	3030	10	88	3	0	0	logfile
✘	8ENo	28275	2023-04-24	2022-09-30	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16485	2047	9	0	9	0	0	logfile
✘	8H0X	34417	2023-04-27	2022-09-30	2.57	2.80	2.62	2.7	0.008	0.93	0.0	0.06	12.74	0.01	2.257	1.76	1.11	3.3	96.7	0.0	-0.82	0.81	0.86	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25122	3117	6	0	48	0	0	logfile
✘	8ENM	28273	2023-04-24	2022-09-30	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17722	1999	12	0	8	1693	0	logfile
✘	8ENN	28274	2023-04-24	2022-09-30	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16749	1974	12	0	9	858	0	logfile
✘	8EL7	28223	2023-04-20	2022-09-23	2.8	3.11	2.95	3.1	0.006	0.61	0.0	0.04	13.13	0.00	2.295	2.43	0.00	1.7	98.3	0.0	0.97	0.57	0.80	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4562	604	2	0	0	5	0	logfile
✘	8B4o	15851	2023-04-20	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile

• Page 1 of 36
• next →