Table showing results for April 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8AZT	15771	2025-04-27	2022-09-06	3.7	3.48	2.89	4.2	0.011	1.93	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	7YVM	34132	2025-04-26	2022-08-19	3.5	3.56	3.30	3.6	0.009	1.77	6.0	0.09	13.48	0.01	2.166	28.59	1.57	9.2	90.3	0.5	-4.19	0.55	0.72	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3126	420	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YR5	34046	2025-04-27	2022-08-08	3.63	3.97	3.62	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	13.92	0.00	2.250	8.97	0.00	5.5	94.5	0.0	-0.05	0.57	0.78	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	622	2	0	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2025-04-30	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.08	—	—	—	1.46	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2025-04-30	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.28	—	—	—	3.10	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2025-04-30	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	7YKJ	33892	2025-04-27	2022-07-22	3.5	3.71	3.61	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile
✘	7YHP	33835	2025-04-26	2022-07-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3815	374	4	38	1	0	0	logfile
✘	8DNX	27583	2025-04-27	2022-07-12	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4342	549	8	0	1	0	71	logfile
✘	8DNY	27584	2025-04-27	2022-07-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4428	558	8	0	1	0	97	logfile
✘	7YGA	33813	2025-04-29	2022-07-11	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8692	0	4	407	8	0	0	logfile
✘	7YG6	33809	2025-04-27	2022-07-11	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6025	727	3	9	2	0	0	logfile
✘	7YG9	33812	2025-04-29	2022-07-11	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8630	0	4	404	8	0	0	logfile
✘	7YGC	33815	2025-04-29	2022-07-11	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8690	0	4	407	6	0	0	logfile
✘	7YGB	33814	2025-04-29	2022-07-11	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8738	0	5	407	54	0	0	logfile
✘	7YFQ	33797	2025-04-27	2022-07-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6719	733	4	41	2	0	0	logfile
✘	8DM0	27522	2025-04-26	2022-07-08	3.21	3.62	3.12	3.5	0.006	1.01	0.0	0.06	12.72	0.01	2.288	0.83	0.00	3.5	96.5	0.0	-1.78	0.59	0.80	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2480	314	3	0	1	0	0	logfile
✘	7Y4S	33606	2025-04-27	2022-06-16	3.5	3.72	3.46	3.8	0.004	0.74	0.0	0.04	12.74	0.01	2.373	5.20	0.46	2.9	97.1	0.0	1.47	0.69	0.77	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4940	686	2	0	0	0	0	logfile
✘	8DBZ	27318	2025-04-28	2022-06-15	4.1	4.31	4.13	4.2	0.003	0.74	0.0	0.05	12.61	0.01	2.101	19.43	0.00	6.5	93.4	0.1	-1.42	0.62	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7960	1184	9	0	0	0	0	logfile
✘	7XW2	33489	2025-04-28	2022-05-26	3.04	3.31	3.11	3.3	0.007	1.05	2.0	0.07	17.35	0.01	1.891	7.50	0.92	4.8	95.2	0.0	-3.30	0.66	0.71	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6992	725	3	54	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 12
• next →